转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004408; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00011278-RA_Salv SmilChr08G004408 MYB XP_057780613.1 MP00114 AAGTTGGTAGGTGAG

可能结合的靶基因

9897 个结合位点 8151 个候选靶基因 第 154 / 164 下载 TSV

上一页 154 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr05G000300 Chr05 NC_080391.1:2281832-2281846promoter 内 2037-2051 bp - 1950 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 2283796-2284997(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACTTATTG
SmilChr06G003148 Chr06 NC_080392.1:44506723-44506737promoter 内 2006-2020 bp + 1981 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 44502839-44504742(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGAACCTACCTGCTT
SmilChr03G003754 Chr03 NC_080389.1:56656715-56656729promoter 内 2005-2019 bp + 1982 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 56652733-56654733(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTAGCTACTT
SmilChr06G003096 Chr06 NC_080392.1:43809972-43809986promoter 内 1972-1986 bp + 2015 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 43812001-43817656(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GATTTGGTAGTTGCC
SmilChr02G001328 Chr02 NC_080388.1:24740765-24740779promoter 内 1941-1955 bp + 2046 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 24742825-24747007(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AACAAAGTAGGTGCA
SmilChr07G000666 Chr07 NC_080393.1:4506868-4506882promoter 内 1920-1934 bp + 2067 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 4508949-4511449(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAAATGGTAGGTTAT
SmilChr01G002425 Chr01 NC_080387.1:41770848-41770862promoter 内 1899-1913 bp + 2088 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 41763315-41768760(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATAACCTACCTCTTT
SmilChr06G001833 Chr06 NC_080392.1:21514547-21514561promoter 内 1899-1913 bp + 2088 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 21512097-21512459(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TAAACCTACCCCGTT
SmilChr06G001534 Chr06 NC_080392.1:16566915-16566929promoter 内 1886-1900 bp + 2101 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 16561197-16564814(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CGCACCTACTCGAAC
SmilChr05G003969 Chr05 NC_080391.1:53443359-53443373promoter 内 1880-1894 bp - 2107 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 53445480-53446070(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CGGACCTACCAATAT
SmilChr05G001549 Chr05 NC_080391.1:14216260-14216274promoter 内 1876-1890 bp + 2111 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 14218385-14220254(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCGTTGGTAGTTGAT
SmilChr01G005776 Chr01 NC_080387.1:73873388-73873402promoter 内 1862-1876 bp + 2125 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 73849965-73871263(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATCACCTAACAAAAA
SmilChr03G004524 Chr03 NC_080389.1:63294232-63294246promoter 内 1847-1861 bp - 2140 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 63289198-63292092(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTCTTGGTAGGAGGG
SmilChr02G002398 Chr02 NC_080388.1:41867749-41867763promoter 内 1712-1726 bp - 2275 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 41870038-41876295(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AATACCTACCTATCC
SmilChr05G001386 Chr05 NC_080391.1:12438204-12438218promoter 内 1660-1674 bp + 2327 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 12426322-12435877(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTAACCCACCAACTC
SmilChr07G004277 Chr07 NC_080393.1:55276112-55276126promoter 内 1629-1643 bp + 2358 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 55278484-55279518(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CGTTTGTTAGGTGAT
SmilChr05G000959 Chr05 NC_080391.1:7740712-7740726promoter 内 1613-1627 bp - 2374 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 7735670-7738338(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CGACGAGTAGGTGAA
SmilChr03G002071 Chr03 NC_080389.1:31603566-31603580promoter 内 1477-1491 bp + 2510 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 31606090-31607582(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGGGAAGTAGGTGCT
SmilChr08G001399 Chr08 NC_080394.1:11214534-11214548promoter 内 1451-1465 bp + 2536 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 11208532-11211998(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTAAACTACCAAAAA
SmilChr04G001111 Chr04 NC_080390.1:15947779-15947793promoter 内 1427-1441 bp + 2560 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 15944272-15945219(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACTTGTGG
SmilChr04G002215 Chr04 NC_080390.1:35836702-35836716promoter 内 1394-1408 bp - 2593 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 35839309-35843360(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCAACCTACCAGTGC
SmilChr07G001096 Chr07 NC_080393.1:8075627-8075641promoter 内 1370-1384 bp - 2617 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 8069374-8073010(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTTTGGTAGTTGAT
SmilChr01G003231 Chr01 NC_080387.1:51078545-51078559promoter 内 1341-1355 bp - 2646 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 51081205-51081873(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTAATACTCA
SmilChr06G001298 Chr06 NC_080392.1:13518930-13518944promoter 内 1264-1278 bp - 2723 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 13521667-13523891(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTAAACTACCAAGTT
SmilChr02G000035 Chr02 NC_080388.1:421783-421797promoter 内 1235-1249 bp + 2752 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 424549-426529(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATCAAGGTAGGTAAT
SmilChr03G002413 Chr03 NC_080389.1:38376518-38376532promoter 内 1225-1239 bp + 2762 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 38372638-38373756(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACTCTTAC
SmilChr03G002415 Chr03 NC_080389.1:38382810-38382824promoter 内 1225-1239 bp + 2762 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 38378930-38380048(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACTCTTAC
SmilChr04G003713 Chr04 NC_080390.1:53432245-53432259promoter 内 1151-1165 bp + 2836 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 53424719-53429409(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AATACCTACCATATC
SmilChr01G005643 Chr01 NC_080387.1:72857522-72857536promoter 内 1103-1117 bp + 2884 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 72852191-72854638(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCTCCTACCACTCT
SmilChr04G000183 Chr04 NC_080390.1:1633397-1633411promoter 内 1058-1072 bp + 2929 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 1629005-1630468(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATCAACTACCAAAAA
SmilChr01G004637 Chr01 NC_080387.1:64402875-64402889promoter 内 944-958 bp + 3043 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 64397448-64399832(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CGCACCTACTGACGT
SmilChr06G001882 Chr06 NC_080392.1:22420620-22420634promoter 内 914-928 bp - 3073 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 22423707-22426432(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTAAACTACCAAAAA
SmilChr07G004215 Chr07 NC_080393.1:54348176-54348190promoter 内 914-928 bp + 3073 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 54342933-54345103(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACTAGAAT
SmilChr04G001404 Chr04 NC_080390.1:22868533-22868547promoter 内 874-888 bp + 3113 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 22863697-22865420(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTAAACTACCAATTA
SmilChr07G004097 Chr07 NC_080393.1:52497393-52497407promoter 内 842-856 bp + 3145 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 52500552-52503329(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTTTGGTAGTTTAG
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