转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 18 / 121 下载 TSV

上一页 18 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000245 Chr02 NC_080388.1:3173639-3173653promoter 内 2427-2441 bp - 1560 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 3169047-3172079(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCTTCGGATCTGAG
SmilChr03G003049 Chr03 NC_080389.1:47390699-47390713promoter 内 2098-2112 bp + 1889 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 47392602-47393188(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGATTTAGATCTAAA
SmilChr02G004939 Chr02 NC_080388.1:71364485-71364499promoter 内 2067-2081 bp - 1920 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 71360734-71362565(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTTCTAGATCTGAA
SmilChr04G001337 Chr04 NC_080390.1:21592728-21592742promoter 内 1909-1923 bp + 2078 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 21588943-21590650(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTGACTTC
SmilChr05G000846 Chr05 NC_080391.1:6680568-6680582promoter 内 1744-1758 bp - 2243 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 6682825-6684999(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTGATCTC
SmilChr02G000246 Chr02 NC_080388.1:3173639-3173653promoter 内 1572-1586 bp - 2415 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 3176068-3179826(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCGAAGAC
SmilChr04G001131 Chr04 NC_080390.1:16578934-16578948promoter 内 903-917 bp + 3084 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 16560355-16575850(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTGCATCG
SmilChr01G002040 Chr01 NC_080387.1:36068026-36068040promoter 内 825-839 bp - 3162 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 36071202-36076483(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGACCTT
SmilChr05G001441 Chr05 NC_080391.1:13163955-13163969promoter 内 799-813 bp + 3188 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 13158898-13160767(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCGGTTAG
SmilChr02G003012 Chr02 NC_080388.1:50811183-50811197promoter 内 255-269 bp - 3732 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 50804113-50807451(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCATGCGGATCTGAA
SmilChr02G001759 Chr02 NC_080388.1:32343147-32343161promoter 内 3071-3085 bp - 916 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 32344077-32354199(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCAGATCTAGACTC
SmilChr04G000086 Chr04 NC_080390.1:761046-761060promoter 内 2647-2661 bp + 1340 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 762400-766959(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGATCCCGATCTGAG
SmilChr01G004261 Chr01 NC_080387.1:60877368-60877382promoter 内 2612-2626 bp + 1375 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 60878757-60879745(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCTTCGGATCTGAG
SmilChr05G000342 Chr05 NC_080391.1:2552089-2552103promoter 内 2581-2595 bp + 1406 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 2548633-2550683(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCATCTCC
SmilChr01G005887 Chr01 NC_080387.1:74787273-74787287promoter 内 2550-2564 bp - 1437 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 74788724-74795607(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTAGATCTAGTTCT
SmilChr02G001319 Chr02 NC_080388.1:24528407-24528421promoter 内 2473-2487 bp - 1514 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 24525910-24526893(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCTTCGGATCTGAG
SmilChr03G004050 Chr03 NC_080389.1:59462993-59463007promoter 内 2156-2170 bp + 1831 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 59464838-59465778(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTTCTAGATCTGAA
SmilChr03G002054 Chr03 NC_080389.1:31141840-31141854promoter 内 1754-1768 bp - 2233 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 31144087-31147089(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCGAAGAC
SmilChr02G004942 Chr02 NC_080388.1:71364485-71364499promoter 内 1645-1659 bp - 2342 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 71366841-71374911(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTAGAAAT
SmilChr03G000840 Chr03 NC_080389.1:9599526-9599540promoter 内 1550-1564 bp + 2437 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 9601977-9604830(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCTTCGGATCTGAG
SmilChr01G001672 Chr01 NC_080387.1:30845967-30845981promoter 内 661-675 bp - 3326 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 30849307-30850327(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCTAGCTTC
SmilChr04G002465 Chr04 NC_080390.1:39479071-39479085promoter 内 418-432 bp + 3569 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 39482654-39487438(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGATGCGGATCTGAA
SmilChr01G005848 Chr01 NC_080387.1:74432569-74432583promoter 内 223-237 bp + 3764 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 74436347-74437790(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAAACTAGATCTAAG
SmilChr02G002823 Chr02 NC_080388.1:48346792-48346806promoter 内 3114-3128 bp - 873 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 5 48342138-48345919(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGTCTCGGATCTGAG
SmilChr03G001998 Chr03 NC_080389.1:29671192-29671206promoter 内 1202-1216 bp + 2785 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 4 29673991-29677766(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCTTCAGATCTGGC
SmilChr03G001591 Chr03 NC_080389.1:20164872-20164886promoter 内 2061-2075 bp - 1926 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 3 20166812-20167687(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACAGATCTGGATAC
SmilChr02G003345 Chr02 NC_080388.1:54678543-54678557promoter 内 2017-2031 bp + 1970 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 3 54672454-54676573(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTGCAATC
SmilChr03G001448 Chr03 NC_080389.1:17270299-17270313promoter 内 1348-1362 bp + 2639 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 3 17272952-17277546(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGATTTAGATCTAGA
SmilChr03G004417 Chr03 NC_080389.1:62333930-62333944promoter 内 3873-3887 bp + 114 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 62334058-62335778(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATATTTGGATCTGAA
SmilChr01G002183 Chr01 NC_080387.1:37960293-37960307promoter 内 3430-3444 bp - 557 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 37953853-37959736(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGAGTCAGATCTGAA
SmilChr02G004519 Chr02 NC_080388.1:67711232-67711246promoter 内 3399-3413 bp + 588 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 67710207-67710644(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGTTTGT
SmilChr04G001996 Chr04 NC_080390.1:32304235-32304249promoter 内 3210-3224 bp - 777 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 32298865-32303458(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCGCTGGATCTGAA
SmilChr01G001985 Chr01 NC_080387.1:35280703-35280717promoter 内 2907-2921 bp - 1080 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 35281797-35284169(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCAGCGCC
SmilChr01G004839 Chr01 NC_080387.1:66525759-66525773promoter 内 2899-2913 bp - 1088 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 66523337-66524671(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCTCCAGATCTGGT
SmilChr01G004096 Chr01 NC_080387.1:59413937-59413951promoter 内 2780-2794 bp + 1207 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 59415158-59418135(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAGTTCAGATCTGGC
SmilChr04G004077 Chr04 NC_080390.1:55840810-55840824promoter 内 2695-2709 bp + 1292 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 55842116-55846248(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGGACGAGATCTGAG
SmilChr01G004821 Chr01 NC_080387.1:66394723-66394737promoter 内 2542-2556 bp - 1445 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 66396182-66396252(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACCAGATCTGGAGAT
SmilChr05G001532 Chr05 NC_080391.1:14028224-14028238promoter 内 1699-1713 bp + 2288 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 14030526-14031701(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGCGCCAGATCTGAG
SmilChr05G001531 Chr05 NC_080391.1:14028224-14028238promoter 内 1675-1689 bp + 2312 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 14020095-14025912(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGGCGCG
SmilChr03G001269 Chr03 NC_080389.1:14724335-14724349promoter 内 1636-1650 bp + 2351 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 14726700-14727998(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CAATCCAGATCTGCA
SmilChr04G001087 Chr04 NC_080390.1:15596193-15596207promoter 内 1145-1159 bp + 2842 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 15599049-15601502(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCAACAGATCTGAG
SmilChr02G002783 Chr02 NC_080388.1:47915156-47915170promoter 内 603-617 bp + 3384 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 47911401-47911772(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTGAAGCA
SmilChr02G000466 Chr02 NC_080388.1:6290021-6290035promoter 内 509-523 bp + 3478 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 6293513-6297640(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCTCCAGATCTGGC
SmilChr02G003347 Chr02 NC_080388.1:54678543-54678557promoter 内 293-307 bp + 3694 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 54682251-54684804(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GATTGCAGATCTGGG
SmilChr01G002436 Chr01 NC_080387.1:41948418-41948432promoter 内 194-208 bp - 3793 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 41952225-41956509(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCCAGATCTGGCTGC
SmilChr04G002737 Chr04 NC_080390.1:43049383-43049397promoter 内 103-117 bp + 3884 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 43044312-43045499(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCGAGACC
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SmilChr04G003165 Chr04 NC_080390.1:48264748-48264762promoter 内 3636-3650 bp - 351 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 48265113-48266952(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTAGCTAC
SmilChr02G004078 Chr02 NC_080388.1:63067833-63067847promoter 内 3498-3512 bp + 489 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 63065814-63067344(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTAATTCA
SmilChr03G002101 Chr03 NC_080389.1:32543060-32543074promoter 内 3302-3316 bp + 685 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 32543759-32560923(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGAAACAGATCTGGG