转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007215-RA_Salv SmilChr01G003955 WRKY XP_057779712.1 MP00450 AGCGTTGACTTTTT

可能结合的靶基因

9901 个结合位点 8044 个候选靶基因 第 20 / 161 下载 TSV

上一页 20 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004905 Chr02 NC_080388.1:71037539-71037552promoter 内 2898-2911 bp - 1090 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 71033826-71036449(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGCTTTGACTTTTC
SmilChr05G001054 Chr05 NC_080391.1:8734719-8734732promoter 内 2859-2872 bp - 1129 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 8735861-8739073(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TAAAAGTCAACTAA
SmilChr05G003005 Chr05 NC_080391.1:37234596-37234609promoter 内 2785-2798 bp - 1203 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 37235812-37246644(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGAAAGTCAACTGA
SmilChr01G004455 Chr01 NC_080387.1:62673108-62673121promoter 内 2736-2749 bp + 1252 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 62668522-62671856(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAGCA
SmilChr01G003328 Chr01 NC_080387.1:51968228-51968241promoter 内 2626-2639 bp + 1362 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 51969603-51972266(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACCTTTGACTTTTG
SmilChr01G003491 Chr01 NC_080387.1:53461707-53461720promoter 内 2448-2461 bp - 1540 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 53457578-53460167(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACCTTTGACTTTTG
SmilChr01G003345 Chr01 NC_080387.1:52223826-52223839promoter 内 2273-2286 bp + 1715 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 52220336-52222111(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAGAAGTCAACTCC
SmilChr01G000554 Chr01 NC_080387.1:11522276-11522289promoter 内 1600-1613 bp + 2388 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 11517300-11519888(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAGAAGTCAACTCC
SmilChr07G003689 Chr07 NC_080393.1:44424301-44424314promoter 内 1574-1587 bp + 2414 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 44420679-44421887(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAGAAGTCAACGAG
SmilChr07G000059 Chr07 NC_080393.1:265328-265341promoter 内 1515-1528 bp + 2473 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 267814-270133(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGAGTTGACTTCTT
SmilChr05G002607 Chr05 NC_080391.1:29306705-29306718promoter 内 1472-1485 bp - 2516 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 29309234-29309340(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACAAAGTCAACTTT
SmilChr06G002319 Chr06 NC_080392.1:33460836-33460849promoter 内 1129-1142 bp + 2859 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 33456850-33457977(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACAAAGTCAACTTT
SmilChr04G001947 Chr04 NC_080390.1:31609540-31609553promoter 内 1128-1141 bp + 2860 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 31598935-31606680(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACAAAGTCAACTTT
SmilChr03G001147 Chr03 NC_080389.1:13227493-13227506promoter 内 1061-1074 bp + 2927 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 13222908-13224566(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACAAAGTCAACTTT
SmilChr05G001053 Chr05 NC_080391.1:8723535-8723548promoter 内 736-749 bp - 3252 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 8718649-8720283(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTAGTTGACTTTTA
SmilChr01G003016 Chr01 NC_080387.1:49184869-49184882promoter 内 575-588 bp + 3413 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 49188295-49190988(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTGGTTGACTTTTA
SmilChr06G001168 Chr06 NC_080392.1:11901435-11901448promoter 内 194-207 bp - 3794 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 11905242-11907813(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAAAGGT
SmilChr03G001441 Chr03 NC_080389.1:17149551-17149564promoter 内 39-52 bp - 3949 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 17144939-17145602(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GTAGTTGACTTTGA
SmilChr06G000956 Chr06 NC_080392.1:9215748-9215761promoter 内 15-28 bp + 3973 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 9219734-9222178(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTAGTTGACTTTTA
SmilChr06G000174 Chr06 NC_080392.1:1207349-1207362promoter 内 1799-1812 bp + 2189 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 3 1204193-1205160(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAGGTCAACGGG
SmilChr07G000074 Chr07 NC_080393.1:345913-345926promoter 内 1720-1733 bp - 2268 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 3 348194-354599(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAACAAT
SmilChr04G001670 Chr04 NC_080390.1:27658391-27658404promoter 内 2469-2482 bp - 1519 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 27655301-27656872(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACAGTTGACTTTGA
SmilChr07G003503 Chr07 NC_080393.1:39906980-39906993promoter 内 2287-2300 bp + 1701 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 39908694-39910141(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAGTTGACTTTGG
SmilChr01G005169 Chr01 NC_080387.1:69458142-69458155promoter 内 2028-2041 bp - 1960 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 69460115-69467600(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAACAAT
SmilChr06G003031 Chr06 NC_080392.1:43132248-43132261promoter 内 1868-1881 bp + 2120 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 43134381-43140020(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGCGTTGACTTCGA
SmilChr04G001762 Chr04 NC_080390.1:28983710-28983723promoter 内 936-949 bp + 3052 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 28986775-28987281(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GCCGTTGACCTTGT
SmilChr06G001529 Chr06 NC_080392.1:16537572-16537585promoter 内 28-41 bp + 3960 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 16532992-16533612(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACAAAGTCAACTAA
SmilChr05G002490 Chr05 NC_080391.1:27563245-27563258promoter 内 3923-3936 bp + 65 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 27562330-27563180(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TGAAAGTCAACCCG
SmilChr03G002340 Chr03 NC_080389.1:36889146-36889159promoter 内 3801-3814 bp - 187 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 36885893-36888959(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATTGTTGACTTTTT
SmilChr08G000346 Chr08 NC_080394.1:2402135-2402148promoter 内 3521-3534 bp + 467 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 2400007-2401668(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CCAAAGTCAACTTT
SmilChr06G002692 Chr06 NC_080392.1:38844878-38844891promoter 内 3203-3216 bp - 785 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 38833658-38844093(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GCAGTTGACTTTAG
SmilChr01G001379 Chr01 NC_080387.1:27188979-27188992promoter 内 3069-3082 bp - 919 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 27187377-27188060(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GCAGTTGACTTTAG
SmilChr04G002350 Chr04 NC_080390.1:37941956-37941969promoter 内 2948-2961 bp + 1040 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 37943009-37947546(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAGTTGACTTTGG
SmilChr02G005476 Chr02 NC_080388.1:75000935-75000948promoter 内 2663-2676 bp + 1325 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 74998728-74999610(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAACAAT
SmilChr01G001035 Chr01 NC_080387.1:21501547-21501560promoter 内 2649-2662 bp - 1339 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 21502899-21503822(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TCGAAGTCAACGGC
SmilChr02G005477 Chr02 NC_080388.1:75000935-75000948promoter 内 2635-2648 bp + 1353 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 75002301-75004018(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATTGTTGACTTTTT
SmilChr02G002536 Chr02 NC_080388.1:44138454-44138467promoter 内 2562-2575 bp + 1426 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 44134396-44137028(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACAAAGTCAACCAA
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SmilChr06G002712 Chr06 NC_080392.1:39203046-39203059promoter 内 1935-1948 bp - 2053 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 39196364-39200993(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GATGTTGACTTTTT
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SmilChr01G002278 Chr01 NC_080387.1:39545640-39545653promoter 内 1717-1730 bp - 2271 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 39547924-39548787(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACAAGGTCAACGGC
SmilChr05G003692 Chr05 NC_080391.1:50031661-50031674promoter 内 1652-1665 bp + 2336 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 50034010-50035487(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CCCGTTGACCTTTG
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SmilChr01G003540 Chr01 NC_080387.1:53999767-53999780promoter 内 1520-1533 bp - 2468 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 53997176-53997299(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACAGTTGACTTTGA