转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 21 / 128 下载 TSV

上一页 21 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G000416 Chr08 NC_080394.1:2971430-2971444promoter 内 2392-2406 bp - 1595 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 2963632-2969835(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACGGCCACCGCCA
SmilChr07G003831 Chr07 NC_080393.1:47411122-47411136promoter 内 2379-2393 bp - 1608 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 47392305-47409514(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACGGCCACCGCCA
SmilChr02G000875 Chr02 NC_080388.1:15079756-15079770promoter 内 2316-2330 bp - 1671 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 15075885-15078085(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACGGCCACCGCCA
SmilChr04G001636 Chr04 NC_080390.1:27168930-27168944promoter 内 2302-2316 bp + 1685 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 27170629-27173270(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACGGCCACCGCCA
SmilChr02G000775 Chr02 NC_080388.1:12725400-12725414promoter 内 2077-2091 bp + 1910 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 12722107-12723490(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCAGAGG
SmilChr03G000999 Chr03 NC_080389.1:11322021-11322035promoter 内 2076-2090 bp - 1911 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 11318754-11320110(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCTGCCACCGCCG
SmilChr04G002536 Chr04 NC_080390.1:40530266-40530280promoter 内 1768-1782 bp - 2219 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 40532499-40534077(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCCGTGG
SmilChr03G000519 Chr03 NC_080389.1:5587229-5587243promoter 内 1640-1654 bp - 2347 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 5582001-5584882(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCTGCCACCGCCG
SmilChr01G003209 Chr01 NC_080387.1:50862533-50862547promoter 内 1580-1594 bp + 2407 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 50864954-50866673(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCATCCACCGCCG
SmilChr07G001855 Chr07 NC_080393.1:16084895-16084909promoter 内 1530-1544 bp - 2457 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 16076869-16082438(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACGGCCACCGCCA
SmilChr01G005891 Chr01 NC_080387.1:74849974-74849988promoter 内 1483-1497 bp - 2504 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 74852492-74855151(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGACGGTGGAGGCGG
SmilChr01G005404 Chr01 NC_080387.1:71306797-71306811promoter 内 1451-1465 bp - 2536 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 71303109-71304261(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCTGCCACCGCCG
SmilChr01G002539 Chr01 NC_080387.1:43441612-43441626promoter 内 1351-1365 bp + 2636 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 43444262-43446750(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCACCTCCACCGCCA
SmilChr04G003072 Chr04 NC_080390.1:47274410-47274424promoter 内 1234-1248 bp - 2753 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 47267863-47271657(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACGGCCACCGCCA
SmilChr06G001511 Chr06 NC_080392.1:16129119-16129133promoter 内 1074-1088 bp + 2913 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 16132046-16133257(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACGGCCACCGCCA
SmilChr03G003586 Chr03 NC_080389.1:54495399-54495413promoter 内 1066-1080 bp + 2921 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 54490323-54492478(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGACGGTGGAGGCGG
SmilChr01G004487 Chr01 NC_080387.1:63003357-63003371promoter 内 873-887 bp - 3114 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 63006485-63009676(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCCGTGG
SmilChr02G005472 Chr02 NC_080388.1:74978303-74978317promoter 内 561-575 bp + 3426 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 74981743-74983403(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCACCTCCACCGCCA
SmilChr04G003681 Chr04 NC_080390.1:53259176-53259190promoter 内 544-558 bp + 3443 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 53253577-53255733(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCAGAGG
SmilChr01G004797 Chr01 NC_080387.1:66192439-66192453promoter 内 493-507 bp + 3494 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 66195947-66196019(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCCCCGCCACCGCCT
SmilChr07G000102 Chr07 NC_080393.1:544492-544506promoter 内 368-382 bp + 3619 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 548125-549914(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCTGCCACCGCCG
SmilChr08G002149 Chr08 NC_080394.1:19346726-19346740promoter 内 2982-2996 bp - 1005 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 7 19341711-19345721(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCAACGCCACCGCCG
SmilChr06G000725 Chr06 NC_080392.1:6681442-6681456promoter 内 2905-2919 bp - 1082 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 6 6682538-6705928(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGTTGG
SmilChr01G003205 Chr01 NC_080387.1:50814615-50814629promoter 内 2781-2795 bp + 1206 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 6 50811557-50813409(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGTTGG
SmilChr01G005814 Chr01 NC_080387.1:74137635-74137649promoter 内 2418-2432 bp - 1569 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 6 74139218-74141307(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGTGGCGG
SmilChr05G004292 Chr05 NC_080391.1:56676967-56676981promoter 内 3678-3692 bp + 309 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 5 56674063-56676658(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGTGGCGG
SmilChr01G005813 Chr01 NC_080387.1:74137635-74137649promoter 内 3157-3171 bp - 830 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 5 74130223-74136805(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCACCACCGCCC
SmilChr05G004293 Chr05 NC_080391.1:56677864-56677878promoter 内 2900-2914 bp - 1087 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 5 56678965-56680666(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGTGGCGG
SmilChr04G003359 Chr04 NC_080390.1:50188309-50188323promoter 内 1866-1880 bp - 2121 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 5 50190444-50193928(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGTGGCGG
SmilChr07G002622 Chr07 NC_080393.1:25287836-25287850promoter 内 1710-1724 bp - 2277 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 5 25282843-25285559(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCAACGCCACCGCCG
SmilChr07G001559 Chr07 NC_080393.1:12737197-12737211promoter 内 1028-1042 bp - 2959 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 5 12740170-12742662(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGTTGG
SmilChr06G000771 Chr06 NC_080392.1:7207919-7207933promoter 内 3702-3716 bp + 285 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 4 7202815-7207634(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGTGGCGG
SmilChr02G002259 Chr02 NC_080388.1:40025866-40025880promoter 内 3415-3429 bp - 572 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 4 40022937-40025294(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCAACGCCACCGCCG
SmilChr07G001056 Chr07 NC_080393.1:7705555-7705569promoter 内 3240-3254 bp + 747 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 4 7703301-7704808(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGTGGCGG
SmilChr01G005352 Chr01 NC_080387.1:70763778-70763792promoter 内 3075-3089 bp + 912 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 4 70761623-70762866(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGTGGCGG
SmilChr06G003005 Chr06 NC_080392.1:42922686-42922700promoter 内 2896-2910 bp - 1091 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 4 42916904-42921595(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCAACGCCACCGCCG
SmilChr08G001737 Chr08 NC_080394.1:14594315-14594329promoter 内 2569-2583 bp - 1418 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 4 14595747-14596454(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGTGGCGG
SmilChr04G001841 Chr04 NC_080390.1:29943851-29943865promoter 内 2181-2195 bp - 1806 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 4 29945671-29949750(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGATGCGG
SmilChr07G001495 Chr07 NC_080393.1:11844434-11844448promoter 内 1741-1755 bp - 2246 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 4 11846694-11855951(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGTGGCGG
SmilChr04G001724 Chr04 NC_080390.1:28490968-28490982promoter 内 1594-1608 bp - 2393 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 4 28493375-28494745(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGTGGCGG
SmilChr07G000464 Chr07 NC_080393.1:3272653-3272667promoter 内 1453-1467 bp - 2534 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 4 3268767-3270119(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCACCTCCGCCGCCG
SmilChr06G000740 Chr06 NC_080392.1:6854827-6854841promoter 内 701-715 bp - 3286 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 4 6846669-6851541(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCACCACCGCCC
SmilChr06G000633 Chr06 NC_080392.1:5596129-5596143promoter 内 3794-3808 bp - 193 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 3 5595075-5595936(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCACCACCGCTG
SmilChr06G000884 Chr06 NC_080392.1:8395086-8395100promoter 内 3618-3632 bp + 369 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 3 8389397-8394717(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGTGGCGG
SmilChr04G003570 Chr04 NC_080390.1:52080855-52080869promoter 内 3103-3117 bp + 884 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 3 52073314-52079971(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCAGAGG
SmilChr04G002367 Chr04 NC_080390.1:38159446-38159460promoter 内 2860-2874 bp - 1127 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 3 38160587-38162325(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGTGGCGG
SmilChr02G003621 Chr02 NC_080388.1:57522291-57522305promoter 内 2762-2776 bp - 1225 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 3 57523530-57524994(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGTGGCGG
SmilChr05G004042 Chr05 NC_080391.1:54397665-54397679promoter 内 2612-2626 bp + 1375 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 3 54399054-54401573(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCACCACCGCCC
SmilChr06G000885 Chr06 NC_080392.1:8395086-8395100promoter 内 2491-2505 bp + 1496 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 3 8396596-8398800(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCACCACCGCTG
SmilChr03G001089 Chr03 NC_080389.1:12589662-12589676promoter 内 1293-1307 bp + 2694 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 3 12583704-12586968(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGTGGCGG