转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005217; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00006334-RA_Salv SmilChr02G005217 G2-like XP_057792502.1 MP00022 GAGAATCTGT

可能结合的靶基因

9720 个结合位点 6959 个候选靶基因 第 22 / 140 下载 TSV

上一页 22 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002752 Chr03 NC_080389.1:43747811-43747820promoter 内 2853-2862 bp - 1139 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 11 43741341-43746672(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 AAGAATCTGT
SmilChr01G005841 Chr01 NC_080387.1:74409052-74409061promoter 内 2936-2945 bp + 1056 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 4 74406422-74407996(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACAGATTCTT
SmilChr03G000250 Chr03 NC_080389.1:2941066-2941075promoter 内 831-840 bp + 3161 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 4 2944236-2951268(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 AAGAATCTGT
SmilChr01G001467 Chr01 NC_080387.1:28458935-28458944promoter 内 3881-3890 bp - 111 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 28456924-28458824(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 AAGAATCTGT
SmilChr01G000838 Chr01 NC_080387.1:18113232-18113241promoter 内 3001-3010 bp - 991 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 18104236-18112241(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 AAGAATCTGT
SmilChr03G003444 Chr03 NC_080389.1:52811746-52811755promoter 内 2940-2949 bp - 1052 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 52812807-52814357(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACAGATTCTT
SmilChr03G003446 Chr03 NC_080389.1:52819868-52819877promoter 内 2940-2949 bp - 1052 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 52820929-52822479(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACAGATTCTT
SmilChr04G000670 Chr04 NC_080390.1:7570140-7570149promoter 内 2906-2915 bp + 1086 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 7566103-7569054(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACAGATTCTT
SmilChr03G003152 Chr03 NC_080389.1:48881558-48881567promoter 内 2592-2601 bp - 1400 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 48879391-48880158(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 AAGAATCTGT
SmilChr02G001467 Chr02 NC_080388.1:27408510-27408519promoter 内 2502-2511 bp - 1490 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 27403928-27407020(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 AAGAATCTGT
SmilChr01G001935 Chr01 NC_080387.1:34546332-34546341promoter 内 2112-2121 bp + 1880 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 34548221-34549926(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 AAGAATCTGT
SmilChr02G003675 Chr02 NC_080388.1:58135671-58135680promoter 内 1982-1991 bp - 2010 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 58133575-58133661(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 AAGAATCTGT
SmilChr02G003676 Chr02 NC_080388.1:58135671-58135680promoter 内 1744-1753 bp - 2248 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 58137928-58139963(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACAGATTCTT
SmilChr02G003127 Chr02 NC_080388.1:52295432-52295441promoter 内 1521-1530 bp - 2471 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 52297912-52299027(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACAGATTCTT
SmilChr03G000374 Chr03 NC_080389.1:4186328-4186337promoter 内 1384-1393 bp - 2608 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 4181939-4183720(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 AAGAATCTGT
SmilChr03G004044 Chr03 NC_080389.1:59434863-59434872promoter 内 753-762 bp + 3239 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 59430620-59431624(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACAGATTCTT
SmilChr02G004026 Chr02 NC_080388.1:62543437-62543446promoter 内 646-655 bp + 3346 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 62536394-62540091(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACAGATTCTT
SmilChr02G002679 Chr02 NC_080388.1:46378001-46378010promoter 内 639-648 bp + 3353 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 46381363-46381773(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 AAGAATCTGT
SmilChr02G001329 Chr02 NC_080388.1:24754922-24754931promoter 内 500-509 bp + 3492 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 24748839-24751430(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACAGATTCTT
SmilChr01G003084 Chr01 NC_080387.1:49677506-49677515promoter 内 3842-3851 bp - 150 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 49671147-49677356(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 AAGAATCTGT
SmilChr03G003350 Chr03 NC_080389.1:51831871-51831880promoter 内 3450-3459 bp - 542 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 51832422-51834098(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACAGATTCTT
SmilChr01G000698 Chr01 NC_080387.1:15673308-15673317promoter 内 3368-3377 bp - 624 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 15673941-15675703(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACAGATTCTT
SmilChr01G001075 Chr01 NC_080387.1:22163279-22163288promoter 内 3336-3345 bp + 656 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 22163944-22168094(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 AAGAATCTGT
SmilChr01G005764 Chr01 NC_080387.1:73746604-73746613promoter 内 3311-3320 bp - 681 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 73742587-73745923(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 AAGAATCTGT
SmilChr03G002550 Chr03 NC_080389.1:40692782-40692791promoter 内 2991-3000 bp - 1001 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 40690547-40691781(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 AAGAATCTGT
SmilChr01G001735 Chr01 NC_080387.1:31951792-31951801promoter 内 2932-2941 bp + 1060 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 31952861-31954060(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 AAGAATCTGT
SmilChr03G001374 Chr03 NC_080389.1:16200420-16200429promoter 内 2801-2810 bp - 1191 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 16196523-16199229(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 AAGAATCTGT
SmilChr01G004468 Chr01 NC_080387.1:62767817-62767826promoter 内 2800-2809 bp + 1192 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 62762008-62766625(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACAGATTCTT
SmilChr01G005166 Chr01 NC_080387.1:69430314-69430323promoter 内 2755-2764 bp - 1237 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 69431560-69432940(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACAGATTCTT
SmilChr04G000734 Chr04 NC_080390.1:8772737-8772746promoter 内 2731-2740 bp + 1261 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 8774007-8775761(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 AAGAATCTGT
SmilChr02G000964 Chr02 NC_080388.1:16855849-16855858promoter 内 2551-2560 bp + 1441 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 16829226-16854408(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACAGATTCTT
SmilChr01G001468 Chr01 NC_080387.1:28458935-28458944promoter 内 2521-2530 bp - 1471 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 28460415-28464252(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACAGATTCTT
SmilChr02G004532 Chr02 NC_080388.1:67895783-67895792promoter 内 1743-1752 bp - 2249 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 67890055-67893534(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 AAGAATCTGT
SmilChr01G004072 Chr01 NC_080387.1:59127736-59127745promoter 内 1738-1747 bp + 2254 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 59120898-59125482(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACAGATTCTT
SmilChr01G001443 Chr01 NC_080387.1:28136774-28136783promoter 内 1695-1704 bp + 2297 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 28133035-28134477(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACAGATTCTT
SmilChr03G003918 Chr03 NC_080389.1:58255923-58255932promoter 内 1432-1441 bp + 2560 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 58258492-58262037(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 AAGAATCTGT
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