转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G001094; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021820-RA_Salv SmilChr04G001094 WRKY XP_057804404.1 MP00408 AGCGTTGACTTTT

可能结合的靶基因

9902 个结合位点 8149 个候选靶基因 第 23 / 163 下载 TSV

上一页 23 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001989 Chr01 NC_080387.1:35319471-35319483promoter 内 2806-2818 bp + 1183 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 35312795-35318288(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 ACAAGTCAACGTG
SmilChr03G004592 Chr03 NC_080389.1:63752819-63752831promoter 内 2577-2589 bp - 1412 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 63748546-63751407(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GAAGTTGACTTTT
SmilChr08G002970 Chr08 NC_080394.1:29726407-29726419promoter 内 2464-2476 bp - 1525 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 29727944-29731570(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CCAAGTCAACGTT
SmilChr03G004715 Chr03 NC_080389.1:64393941-64393953promoter 内 2294-2306 bp + 1695 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 64395648-64397776(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CTCGTTGACTTGT
SmilChr05G001394 Chr05 NC_080391.1:12508025-12508037promoter 内 2132-2144 bp + 1857 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 12509894-12510662(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CTCGTTGACTTCG
SmilChr03G000269 Chr03 NC_080389.1:3106810-3106822promoter 内 2010-2022 bp + 1979 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 3100105-3104831(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 ACAAGTCAACGTG
SmilChr02G002781 Chr02 NC_080388.1:47901470-47901482promoter 内 1983-1995 bp + 2006 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 47903488-47904271(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CACGTTGACTTGT
SmilChr04G002830 Chr04 NC_080390.1:44424816-44424828promoter 内 1977-1989 bp + 2012 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 44420109-44422804(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 AAAAGTCAACTTC
SmilChr02G003522 Chr02 NC_080388.1:56393473-56393485promoter 内 1895-1907 bp + 2094 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 56395579-56397687(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CTCGTTGACTTCG
SmilChr04G000464 Chr04 NC_080390.1:4951255-4951267promoter 内 1837-1849 bp - 2152 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 4953419-4958842(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 AAAAGTCAACTTC
SmilChr03G002909 Chr03 NC_080389.1:45853723-45853735promoter 内 1670-1682 bp - 2319 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 45856054-45858775(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 AAAAGTCAACTTC
SmilChr08G000165 Chr08 NC_080394.1:1123105-1123117promoter 内 1635-1647 bp - 2354 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 1115719-1120751(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 TCGGTTGACTTTT
SmilChr02G005231 Chr02 NC_080388.1:73510641-73510653promoter 内 1623-1635 bp - 2366 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 73504800-73508275(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CTCGTTGACTTCG
SmilChr02G001292 Chr02 NC_080388.1:23748112-23748124promoter 内 1608-1620 bp - 2381 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 23739913-23745731(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CTCGTTGACTTCG
SmilChr02G000085 Chr02 NC_080388.1:1120126-1120138promoter 内 1566-1578 bp + 2423 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 1122561-1123919(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CTCGTTGACTTCG
SmilChr08G001314 Chr08 NC_080394.1:10477388-10477400promoter 内 1553-1565 bp - 2436 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 10468061-10474952(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GAAGTTGACTTTT
SmilChr03G002609 Chr03 NC_080389.1:41502711-41502723promoter 内 1472-1484 bp + 2517 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 41500089-41500194(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CAAGGTCAACGAG
SmilChr03G000270 Chr03 NC_080389.1:3106810-3106822promoter 内 1352-1364 bp + 2637 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 3109459-3112277(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CACGTTGACTTGT
SmilChr01G001824 Chr01 NC_080387.1:33189827-33189839promoter 内 1263-1275 bp + 2726 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 33184536-33187101(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GAGAGTCAACGGT
SmilChr02G005270 Chr02 NC_080388.1:73783273-73783285promoter 内 1263-1275 bp - 2726 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 73778442-73780547(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GAAGTTGACTTTT
SmilChr05G001058 Chr05 NC_080391.1:8753567-8753579promoter 内 1250-1262 bp + 2739 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 8750757-8750828(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CGAAGTCAACGAG
SmilChr05G001057 Chr05 NC_080391.1:8753567-8753579promoter 内 949-961 bp + 3040 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 8749200-8750527(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CGAAGTCAACGAG
SmilChr05G001059 Chr05 NC_080391.1:8753567-8753579promoter 内 924-936 bp + 3065 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 8756644-8762198(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CTCGTTGACTTCG
SmilChr03G004513 Chr03 NC_080389.1:63200531-63200543promoter 内 868-880 bp + 3121 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 63193169-63197410(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CCAAGTCAACGTT
SmilChr03G004593 Chr03 NC_080389.1:63752819-63752831promoter 内 674-686 bp - 3315 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 63756146-63757335(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 AAAAGTCAACTTC
SmilChr06G000567 Chr06 NC_080392.1:4825838-4825850promoter 内 659-671 bp + 3330 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 4829180-4836526(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GAAGTTGACTTTT
SmilChr06G000406 Chr06 NC_080392.1:3323018-3323030promoter 内 545-557 bp - 3444 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 3308612-3319574(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GAAGTTGACTTTT
SmilChr03G004516 Chr03 NC_080389.1:63200531-63200543promoter 内 520-532 bp + 3469 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 63204012-63205192(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 AACGTTGACTTGG
SmilChr02G005186 Chr02 NC_080388.1:73179710-73179722promoter 内 138-150 bp - 3851 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 73172860-73175859(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 TCGGTTGACTTTT
SmilChr05G003213 Chr05 NC_080391.1:41214052-41214064promoter 内 3277-3289 bp - 712 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 3 41202362-41213340(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GTGGTTGACTTTT
SmilChr02G002768 Chr02 NC_080388.1:47743582-47743594promoter 内 3252-3264 bp - 737 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 3 47744331-47750293(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CAAAGTCAACCCG
SmilChr01G000480 Chr01 NC_080387.1:9876427-9876439promoter 内 3522-3534 bp - 467 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 9876906-9879740(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CAAAGTCAACCCG
SmilChr08G000463 Chr08 NC_080394.1:3313306-3313318promoter 内 3415-3427 bp - 574 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 3313892-3316762(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CAAGGTCAACGAA
SmilChr08G002505 Chr08 NC_080394.1:24094935-24094947promoter 内 3036-3048 bp + 953 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 24092965-24093982(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GATAGTCAACGAC
SmilChr04G000603 Chr04 NC_080390.1:6825827-6825839promoter 内 2592-2604 bp + 1397 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 6827236-6830037(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 TCCGTTGACTTCA
SmilChr04G002404 Chr04 NC_080390.1:38575216-38575228promoter 内 2483-2495 bp + 1506 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 38576734-38627026(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CCAGTTGACTTTG
SmilChr07G002727 Chr07 NC_080393.1:26731015-26731027promoter 内 1570-1582 bp + 2419 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 26733446-26736267(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 TTCGTTGACTTGT
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SmilChr06G000837 Chr06 NC_080392.1:7883224-7883236promoter 内 3942-3954 bp + 47 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 7883283-7885072(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CGGGTTGACTTTG
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