转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004579; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010264-RA_Salv SmilChr01G004579 MYB XP_057787263.1 MP00132 CTTTTCCAACCACCTTTTC

可能结合的靶基因

9926 个结合位点 7583 个候选靶基因 第 24 / 152 下载 TSV

上一页 24 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000695 Chr01 NC_080387.1:15587658-15587676promoter 内 1345-1363 bp + 2638 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 15590314-15592030(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCAACCCAACCACTACCGA
SmilChr04G002916 Chr04 NC_080390.1:45362209-45362227promoter 内 1332-1350 bp - 2651 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 45352813-45359558(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGCCTTCAACCACCAGCTC
SmilChr01G004441 Chr01 NC_080387.1:62520485-62520503promoter 内 1223-1241 bp + 2760 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 62504638-62517725(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGGGGAGTGGTTGATGAGG
SmilChr03G004202 Chr03 NC_080389.1:60645941-60645959promoter 内 1136-1154 bp + 2847 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 60638345-60643094(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGAGAGGTGGTTGGTCTCT
SmilChr03G004203 Chr03 NC_080389.1:60645941-60645959promoter 内 1130-1148 bp + 2853 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 60641507-60643088(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGAGAGGTGGTTGGTCTCT
SmilChr05G003026 Chr05 NC_080391.1:37878968-37878986promoter 内 1112-1130 bp + 2871 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 37881857-37885266(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGGTTGCAACCACCATCTC
SmilChr05G002730 Chr05 NC_080391.1:31446158-31446176promoter 内 1078-1096 bp - 2905 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 31449081-31453089(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGAGTTGTGGTTGAAGATG
SmilChr03G002893 Chr03 NC_080389.1:45631609-45631627promoter 内 1072-1090 bp + 2911 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 45626127-45628698(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGGGGAGTGGTTGATGAGG
SmilChr01G000612 Chr01 NC_080387.1:13518848-13518866promoter 内 1024-1042 bp + 2959 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 13514420-13515889(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGAAATGTGGTTGGAATGG
SmilChr04G001338 Chr04 NC_080390.1:21597702-21597720promoter 内 988-1006 bp - 2995 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 21600715-21605879(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCGGTAGTGGTTGGGTTGG
SmilChr04G003690 Chr04 NC_080390.1:53300798-53300816promoter 内 987-1005 bp + 2996 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 53294673-53297802(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAGAGGGTGGTTGGGTATA
SmilChr01G005435 Chr01 NC_080387.1:71486855-71486873promoter 内 948-966 bp + 3035 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 71489908-71490550(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCTCATCAACCACTCCCCC
SmilChr01G004256 Chr01 NC_080387.1:60831492-60831510promoter 内 818-836 bp - 3165 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 60834675-60835611(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAAGCGGTGGTTGAGGTAA
SmilChr03G000166 Chr03 NC_080389.1:1817288-1817306promoter 内 810-828 bp - 3173 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 1820479-1822311(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGCGCGGTGGTTGAGAGAT
SmilChr02G002053 Chr02 NC_080388.1:36934008-36934026promoter 内 746-764 bp - 3237 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 36937263-36939768(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCGCCGGTGGTTGGCGGTA
SmilChr03G003108 Chr03 NC_080389.1:48216338-48216356promoter 内 709-727 bp - 3274 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 48208721-48213064(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CATGGCCAACCACTTCGAC
SmilChr02G000492 Chr02 NC_080388.1:6744289-6744307promoter 内 626-644 bp + 3357 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 6740582-6740932(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGAAATTGGTTGGGATGG
SmilChr01G000554 Chr01 NC_080387.1:11523287-11523305promoter 内 584-602 bp - 3399 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 11517300-11519888(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGTCGCCAACCACCAAAAT
SmilChr05G001893 Chr05 NC_080391.1:19244608-19244626promoter 内 580-598 bp - 3403 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 19248029-19249619(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGGGGAGTGGTTGATGAGG
SmilChr01G000545 Chr01 NC_080387.1:11259602-11259620promoter 内 525-543 bp + 3458 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 11263078-11263679(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCACTTCAACCACCCCAAG
SmilChr01G005954 Chr01 NC_080387.1:75243851-75243869promoter 内 487-505 bp + 3496 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 75238405-75240355(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACCAAAGTGGTTGGACATG
SmilChr04G001681 Chr04 NC_080390.1:27827368-27827386promoter 内 475-493 bp - 3508 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 27830894-27831947(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGGGGAGTGGTTGATGAGG
SmilChr01G001671 Chr01 NC_080387.1:30816121-30816139promoter 内 457-475 bp + 3526 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 30819665-30820468(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TATTTCCAACTACATCCTC
SmilChr04G000480 Chr04 NC_080390.1:5183720-5183738promoter 内 437-455 bp - 3546 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 5187284-5190588(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGGGGAGTGGTTGATGAGG
SmilChr05G001437 Chr05 NC_080391.1:13117696-13117714promoter 内 434-452 bp + 3549 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 13111503-13114147(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGGGGAGTGGTTGATGAGG
SmilChr02G002212 Chr02 NC_080388.1:39366697-39366715promoter 内 424-442 bp + 3559 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 39370274-39370975(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCCTACCAACCACCTTCCA
SmilChr01G003922 Chr01 NC_080387.1:57475256-57475274promoter 内 417-435 bp - 3566 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 57478840-57479592(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAAAATGTGGTTGGAACAG
SmilChr03G003109 Chr03 NC_080389.1:48216338-48216356promoter 内 228-246 bp - 3755 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 48211684-48212583(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CATGGCCAACCACTTCGAC
SmilChr01G005297 Chr01 NC_080387.1:70273408-70273426promoter 内 220-238 bp - 3763 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 70277189-70277889(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GATGAGGTGGTTGTAATAG
SmilChr02G000491 Chr02 NC_080388.1:6744289-6744307promoter 内 212-230 bp + 3771 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 6738437-6740518(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGAAATTGGTTGGGATGG
SmilChr01G003769 Chr01 NC_080387.1:56056167-56056185promoter 内 184-202 bp + 3799 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 56050375-56052368(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGGGGAGTGGTTGATGAGG
SmilChr02G002310 Chr02 NC_080388.1:40709419-40709437promoter 内 171-189 bp - 3812 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 40713249-40717348(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGGGGAGTGGTTGATGAGG
SmilChr05G001185 Chr05 NC_080391.1:9944034-9944052promoter 内 138-156 bp - 3845 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 9947897-9953939(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGATAGTGGTTGGATTAG
SmilChr01G005476 Chr01 NC_080387.1:71753480-71753498promoter 内 99-117 bp + 3884 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 71741721-71749596(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGGAAGGTGGGTGGAAGTC
SmilChr05G002274 Chr05 NC_080391.1:24452457-24452475promoter 内 51-69 bp - 3932 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 24444900-24448525(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATGCTCCAACCACCAGCGA
SmilChr01G002284 Chr01 NC_080387.1:39629069-39629087promoter 内 1660-1678 bp + 2323 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 5 39631410-39633211(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAGTCCCAACCACTAACCT
SmilChr05G002459 Chr05 NC_080391.1:27124982-27125000promoter 内 3512-3530 bp + 471 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 27121433-27124511(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCATGAGTGGTTGGAGCGG
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SmilChr04G003451 Chr04 NC_080390.1:51002819-51002837promoter 内 3891-3909 bp + 92 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 51002929-51005000(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGCCCACAACCACCTTTCT
SmilChr01G002612 Chr01 NC_080387.1:44374912-44374930promoter 内 3806-3824 bp + 177 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 44375107-44380066(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAATTCCAACCACCAACTT
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SmilChr05G001049 Chr05 NC_080391.1:8694487-8694505promoter 内 2380-2398 bp + 1603 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 8691529-8692884(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGTCTGGTGGTTGGAAGTT
SmilChr03G004432 Chr03 NC_080389.1:62466297-62466315promoter 内 2348-2366 bp - 1635 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 62462023-62464662(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATTTCCCAACCACATTTTT