转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G002757; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00005037-RA_Salv SmilChr04G002757 MIKC_MADS XP_057807158.1 MP00272 ACTTTCCTTTTTTGG

可能结合的靶基因

9889 个结合位点 7172 个候选靶基因 第 25 / 144 下载 TSV

上一页 25 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G000928 Chr04 NC_080390.1:12093916-12093930promoter 内 2026-2040 bp - 1961 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 12089431-12091955(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCTTTCCATTTTTGG
SmilChr03G003265 Chr03 NC_080389.1:50587434-50587448promoter 内 2012-2026 bp - 1975 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 50589423-50590130(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAATGGAAAGA
SmilChr01G006021 Chr01 NC_080387.1:75792150-75792164promoter 内 2009-2023 bp - 1978 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 75794142-75800189(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAATGGAAAGA
SmilChr01G005460 Chr01 NC_080387.1:71619213-71619227promoter 内 2001-2015 bp - 1986 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 71615057-71617227(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TTTTTCCTTTTTGGG
SmilChr03G002599 Chr03 NC_080389.1:41282471-41282485promoter 内 1987-2001 bp - 2000 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 41284485-41287215(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAATGGAAAGA
SmilChr06G000319 Chr06 NC_080392.1:2337724-2337738promoter 内 1987-2001 bp + 2000 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 2333583-2335724(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAATGGAAAGA
SmilChr02G001413 Chr02 NC_080388.1:26759961-26759975promoter 内 1971-1985 bp + 2016 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 26761991-26762626(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TTTTTCCTTTTTGGG
SmilChr03G003345 Chr03 NC_080389.1:51776145-51776159promoter 内 1925-1939 bp - 2062 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 51778221-51781009(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAATGGAAAGA
SmilChr02G004472 Chr02 NC_080388.1:67105070-67105084promoter 内 1909-1923 bp + 2078 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 67107162-67112851(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCTTTCCATTTTTGG
SmilChr01G004067 Chr01 NC_080387.1:59098144-59098158promoter 内 1908-1922 bp + 2079 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 59095174-59096065(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAATGGAAAGA
SmilChr05G002917 Chr05 NC_080391.1:35134965-35134979promoter 内 1885-1899 bp - 2102 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 35131519-35132863(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TTTTTCCTTTTTGGG
SmilChr01G003462 Chr01 NC_080387.1:53201585-53201599promoter 内 1743-1757 bp - 2244 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 53203843-53208512(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAATGGAAAGA
SmilChr04G003330 Chr04 NC_080390.1:50013888-50013902promoter 内 1722-1736 bp + 2265 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 50016167-50018450(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCTTTCCATTTTTGG
SmilChr02G001740 Chr02 NC_080388.1:31984060-31984074promoter 内 1694-1708 bp + 2293 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 31979120-31981767(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAATGGAAAGA
SmilChr04G001208 Chr04 NC_080390.1:18712212-18712226promoter 内 1678-1692 bp - 2309 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 18714535-18721749(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAATGGAAAGA
SmilChr03G002628 Chr03 NC_080389.1:41708324-41708338promoter 内 1632-1646 bp - 2355 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 41710693-41718773(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAATGGAAAGA
SmilChr03G004353 Chr03 NC_080389.1:61762547-61762561promoter 内 1617-1631 bp + 2370 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 61764931-61771322(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TTTTTCCTTTTTGGG
SmilChr05G001419 Chr05 NC_080391.1:12836449-12836463promoter 内 1582-1596 bp + 2405 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 12829427-12834044(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCAAAAAGGAAAAA
SmilChr03G003892 Chr03 NC_080389.1:58010423-58010437promoter 内 1558-1572 bp + 2429 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 58012866-58013804(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCTTTCCATTTTTGG
SmilChr03G003285 Chr03 NC_080389.1:50903277-50903291promoter 内 1469-1483 bp - 2518 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 50899609-50900759(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TTTTTCCTTTTTGGG
SmilChr02G003497 Chr02 NC_080388.1:56198790-56198804promoter 内 1453-1467 bp + 2534 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 56201338-56201897(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TTTTTCCTTTTTGGG
SmilChr04G001396 Chr04 NC_080390.1:22747262-22747276promoter 内 1440-1454 bp - 2547 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 22749823-22755087(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAATGGAAAGA
SmilChr01G002240 Chr01 NC_080387.1:38946713-38946727promoter 内 1401-1415 bp + 2586 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 38949313-38953240(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TTTTTCCTTTTTGGG
SmilChr02G001689 Chr02 NC_080388.1:31140714-31140728promoter 内 1287-1301 bp - 2700 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 31133228-31138014(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 AATTTCCTTTTTGGG
SmilChr01G005345 Chr01 NC_080387.1:70679674-70679688promoter 内 1280-1294 bp + 2707 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 70672390-70676967(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAATGGAAAGA
SmilChr04G002141 Chr04 NC_080390.1:34426844-34426858promoter 内 1275-1289 bp + 2712 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 34429570-34437474(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCTTTCCATTTTTGG
SmilChr02G002258 Chr02 NC_080388.1:40015032-40015046promoter 内 1266-1280 bp + 2721 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 40010445-40012311(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAATGGAAAGA
SmilChr06G001391 Chr06 NC_080392.1:14545219-14545233promoter 内 1237-1251 bp + 2750 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 14537228-14542469(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAATGGAAAGA
SmilChr06G001352 Chr06 NC_080392.1:14076910-14076924promoter 内 1232-1246 bp + 2755 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 14070929-14074155(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAATGGAAAGA
SmilChr03G002947 Chr03 NC_080389.1:46201629-46201643promoter 内 1221-1235 bp + 2766 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 46204409-46206841(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TTTTTCCTTTTTGGG
SmilChr03G003033 Chr03 NC_080389.1:47236486-47236500promoter 内 1214-1228 bp - 2773 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 47239273-47243559(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAATGGAAAGA
SmilChr05G004260 Chr05 NC_080391.1:56407065-56407079promoter 内 1196-1210 bp + 2791 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 56396303-56404274(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAATGGAAAGA
SmilChr02G001412 Chr02 NC_080388.1:26759961-26759975promoter 内 1147-1161 bp + 2840 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 26752421-26757121(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCAAAAAGGAAAAA
SmilChr02G002658 Chr02 NC_080388.1:46010660-46010674promoter 内 1135-1149 bp - 2852 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 46013526-46016442(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAATGGAAAGA
SmilChr05G000006 Chr05 NC_080391.1:21766-21780promoter 内 1095-1109 bp + 2892 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 24672-28103(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCTTTCCATTTTTGG
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