转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G001252; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00025976-RA_Salv SmilChr03G001252 bZIP XP_057802461.1 MP00291 AATGGTCACGTGGCA

可能结合的靶基因

9321 个结合位点 6894 个候选靶基因 第 27 / 138 下载 TSV

上一页 27 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G003183 Chr05 NC_080391.1:40737081-40737095promoter 内 228-242 bp - 3759 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 40740854-40741900(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTGTCACGC
SmilChr03G002621 Chr03 NC_080389.1:41611877-41611891promoter 内 171-185 bp - 3816 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 41602122-41608061(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TTGTGACACGTGGCA
SmilChr03G004032 Chr03 NC_080389.1:59329133-59329147promoter 内 98-112 bp + 3889 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 59323750-59325244(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTCAGAGGC
SmilChr04G003790 Chr04 NC_080390.1:54075689-54075703promoter 内 24-38 bp + 3963 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 54079666-54080493(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TTCGATCACGTGGCA
SmilChr08G000458 Chr08 NC_080394.1:3289651-3289665promoter 内 3085-3099 bp - 902 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 5 3285619-3288749(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GAAACTGACGTGGCA
SmilChr01G000021 Chr01 NC_080387.1:395671-395685promoter 内 2923-2937 bp + 1064 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 4 392106-394607(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTCACTGCC
SmilChr08G000459 Chr08 NC_080394.1:3289651-3289665promoter 内 2521-2535 bp - 1466 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 3 3291131-3296298(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTCAGTTTC
SmilChr06G002418 Chr06 NC_080392.1:34927168-34927182promoter 内 1747-1761 bp + 2240 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 3 34929422-34930033(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGTGGTCACGTGGCT
SmilChr08G002658 Chr08 NC_080394.1:26051197-26051211promoter 内 567-581 bp - 3420 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 3 26054631-26060065(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TTCCACGTGGCCAAC
SmilChr06G001800 Chr06 NC_080392.1:21167878-21167892promoter 内 68-82 bp + 3919 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 3 21171811-21173884(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GAGTGACACGTGGCG
SmilChr04G003253 Chr04 NC_080390.1:49279342-49279356promoter 内 3931-3945 bp + 56 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 49278281-49279286(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTGTACTCT
SmilChr05G002043 Chr05 NC_080391.1:21268500-21268514promoter 内 3258-3272 bp - 729 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 21269243-21274259(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TTCCACGTGGCCAAC
SmilChr08G002607 Chr08 NC_080394.1:25446812-25446826promoter 内 3217-3231 bp + 770 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 25435501-25446042(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TTCCACGTGGCCAAC
SmilChr07G004078 Chr07 NC_080393.1:52227185-52227199promoter 内 2984-2998 bp - 1003 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 52228202-52230806(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTCAGTTTC
SmilChr01G004275 Chr01 NC_080387.1:60985939-60985953promoter 内 2963-2977 bp + 1024 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 60984478-60984915(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGCCACGTGGCAGCA
SmilChr05G000977 Chr05 NC_080391.1:7895997-7896011promoter 内 2842-2856 bp + 1145 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 7891031-7894852(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGCCACGTCGGCGTC
SmilChr07G001534 Chr07 NC_080393.1:12423390-12423404promoter 内 2705-2719 bp + 1282 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 12424686-12426489(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GAAACTGACGTGGCA
SmilChr05G001524 Chr05 NC_080391.1:13956952-13956966promoter 内 2677-2691 bp - 1310 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 13958276-13962817(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTCGCTCCT
SmilChr03G002787 Chr03 NC_080389.1:44379601-44379615promoter 内 2489-2503 bp + 1498 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 44374577-44378103(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TTCCACGTGGCCAAC
SmilChr08G003260 Chr08 NC_080394.1:33586701-33586715promoter 内 2203-2217 bp - 1784 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 33582202-33584917(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GTTGGCCACGTGGAA
SmilChr01G004661 Chr01 NC_080387.1:64717129-64717143promoter 内 2189-2203 bp - 1798 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 64718941-64721423(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TTCCACGTGGCCAAC
SmilChr04G003254 Chr04 NC_080390.1:49279342-49279356promoter 内 2012-2026 bp + 1975 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 49281331-49283072(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGAGTACACGTGGCA
SmilChr08G000586 Chr08 NC_080394.1:4366140-4366154promoter 内 1848-1862 bp + 2139 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 4359356-4364001(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTGTACATG
SmilChr05G003658 Chr05 NC_080391.1:49285160-49285174promoter 内 1844-1858 bp + 2143 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 49267757-49283017(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TTCCACGTGGCCAAC
SmilChr05G003666 Chr05 NC_080391.1:49570246-49570260promoter 内 1816-1830 bp - 2171 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 49572431-49592701(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TTCCACGTGGCCAAC
SmilChr01G005507 Chr01 NC_080387.1:71926233-71926247promoter 内 1769-1783 bp - 2218 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 71928465-71932381(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTCAGTTTC
SmilChr08G001571 Chr08 NC_080394.1:12924418-12924432promoter 内 1767-1781 bp - 2220 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 12920866-12922198(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TATGTAGACGTGGCA
SmilChr06G002772 Chr06 NC_080392.1:40321406-40321420promoter 内 1741-1755 bp - 2246 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 40307238-40319160(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GTTGGCCACGTGGAA
SmilChr02G002353 Chr02 NC_080388.1:41319508-41319522promoter 内 1439-1453 bp - 2548 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 41314921-41316960(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GTTGGCCACGTGGAA
SmilChr05G000913 Chr05 NC_080391.1:7243478-7243492promoter 内 1021-1035 bp + 2966 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 7236666-7240512(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGCCACGTCGGCGTC
SmilChr04G002320 Chr04 NC_080390.1:37496387-37496401promoter 内 795-809 bp + 3192 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 37490730-37493195(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TTCCACGTGGCCAAC
SmilChr01G000826 Chr01 NC_080387.1:17805252-17805266promoter 内 438-452 bp - 3549 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 17795788-17801703(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GTTGGCCACGTGGAA
SmilChr02G002106 Chr02 NC_080388.1:37756053-37756067promoter 内 71-85 bp + 3916 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 37759983-37770656(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GTTGGCCACGTGGAA
SmilChr02G004865 Chr02 NC_080388.1:70763793-70763807promoter 内 3979-3993 bp + 8 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 70763815-70766556(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TATTCTGACGTGGCG
SmilChr04G003903 Chr04 NC_080390.1:54801805-54801819promoter 内 3945-3959 bp - 42 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 54801861-54808607(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGCCACGTCAGCAAT
SmilChr01G003663 Chr01 NC_080387.1:55056980-55056994promoter 内 3935-3949 bp - 52 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 55057046-55061669(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGCCACGTGGGCTAT
SmilChr03G004444 Chr03 NC_080389.1:62573761-62573775promoter 内 3932-3946 bp + 55 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 62573830-62580339(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AAAGCCGACGTGGCC
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SmilChr08G000117 Chr08 NC_080394.1:727523-727537promoter 内 3004-3018 bp - 983 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 725782-726540(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 ACAGATGACGTGGCA
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