转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000741; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002054-RA_Salv SmilChr05G000741 ARF XP_057764423.1 MP00021 TTGTCGGAAA

可能结合的靶基因

9812 个结合位点 7629 个候选靶基因 第 31 / 153 下载 TSV

上一页 31 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002010 Chr03 NC_080389.1:30025751-30025760promoter 内 2475-2484 bp + 1517 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 30019183-30024234(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ACTCCGACAA
SmilChr01G003204 Chr01 NC_080387.1:50805616-50805625promoter 内 2365-2374 bp - 1627 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 50807252-50810251(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ACTCCGACAA
SmilChr01G001143 Chr01 NC_080387.1:23377810-23377819promoter 内 2334-2343 bp - 1658 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 23372046-23376152(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGAGT
SmilChr04G001710 Chr04 NC_080390.1:28265771-28265780promoter 内 2291-2300 bp - 1701 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 28261211-28264070(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGAGT
SmilChr02G001490 Chr02 NC_080388.1:27869626-27869635promoter 内 2209-2218 bp + 1783 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 27864450-27867843(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ACTCCGACAA
SmilChr03G003281 Chr03 NC_080389.1:50831078-50831087promoter 内 2205-2214 bp + 1787 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 50828233-50829291(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ACTCCGACAA
SmilChr03G003313 Chr03 NC_080389.1:51372884-51372893promoter 内 2204-2213 bp - 1788 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 51370311-51371096(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGAGT
SmilChr02G000973 Chr02 NC_080388.1:17015567-17015576promoter 内 2130-2139 bp - 1862 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 17017438-17018094(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ACTCCGACAA
SmilChr02G001154 Chr02 NC_080388.1:21015862-21015871promoter 内 2093-2102 bp + 1899 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 21009999-21013963(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ACTCCGACAA
SmilChr01G003260 Chr01 NC_080387.1:51299790-51299799promoter 内 2000-2009 bp - 1992 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 51297136-51297798(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGAGT
SmilChr04G002061 Chr04 NC_080390.1:33359756-33359765promoter 内 1995-2004 bp + 1997 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 33354733-33357759(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ACTCCGACAA
SmilChr02G005335 Chr02 NC_080388.1:74195398-74195407promoter 内 1985-1994 bp + 2007 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 74191286-74193391(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ACTCCGACAA
SmilChr02G002285 Chr02 NC_080388.1:40324024-40324033promoter 内 1982-1991 bp - 2010 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 40318377-40322014(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGAGT
SmilChr01G006110 Chr01 NC_080387.1:76637732-76637741promoter 内 1976-1985 bp + 2016 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 76639757-76649941(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGAGT
SmilChr04G001146 Chr04 NC_080390.1:16885266-16885275promoter 内 1917-1926 bp + 2075 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 16887350-16894075(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGAGT
SmilChr03G000808 Chr03 NC_080389.1:9235052-9235061promoter 内 1885-1894 bp - 2107 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 9237168-9238748(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ACTCCGACAA
SmilChr02G001775 Chr02 NC_080388.1:32527932-32527941promoter 内 1820-1829 bp + 2172 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 32530113-32535470(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGAGT
SmilChr02G002871 Chr02 NC_080388.1:48907483-48907492promoter 内 1773-1782 bp + 2219 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 48893646-48905264(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ACTCCGACAA
SmilChr04G003679 Chr04 NC_080390.1:53241497-53241506promoter 内 1743-1752 bp + 2249 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 53243755-53246436(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGAGT
SmilChr03G001090 Chr03 NC_080389.1:12605709-12605718promoter 内 1733-1742 bp - 2259 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 12607977-12609094(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ACTCCGACAA
SmilChr04G001446 Chr04 NC_080390.1:23770396-23770405promoter 内 1713-1722 bp - 2279 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 23760582-23768117(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGAGT
SmilChr01G002726 Chr01 NC_080387.1:45618570-45618579promoter 内 1593-1602 bp + 2399 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 45620978-45622168(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGAGT
SmilChr03G002964 Chr03 NC_080389.1:46391837-46391846promoter 内 1565-1574 bp + 2427 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 46394273-46397932(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGAGT
SmilChr02G003012 Chr02 NC_080388.1:50809947-50809956promoter 内 1496-1505 bp + 2496 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 50804113-50807451(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ACTCCGACAA
SmilChr04G002734 Chr04 NC_080390.1:43002768-43002777promoter 内 1482-1491 bp - 2510 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 43005287-43006622(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ACTCCGACAA
SmilChr01G000487 Chr01 NC_080387.1:9945954-9945963promoter 内 1426-1435 bp - 2566 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 9942587-9943388(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGAGT
SmilChr03G001405 Chr03 NC_080389.1:16640670-16640679promoter 内 1414-1423 bp - 2578 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 16634872-16638092(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGAGT
SmilChr05G000607 Chr05 NC_080391.1:4577544-4577553promoter 内 1357-1366 bp - 2635 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 4573761-4574909(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGAGT
SmilChr01G001441 Chr01 NC_080387.1:28088140-28088149promoter 内 1342-1351 bp - 2650 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 28075259-28085490(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGAGT
SmilChr04G000734 Chr04 NC_080390.1:8771325-8771334promoter 内 1319-1328 bp - 2673 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 8774007-8775761(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ACTCCGACAA
SmilChr03G002738 Chr03 NC_080389.1:43525929-43525938promoter 内 1308-1317 bp + 2684 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 43519917-43523245(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ACTCCGACAA
SmilChr02G005357 Chr02 NC_080388.1:74307917-74307926promoter 内 1233-1242 bp - 2759 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 74302413-74305158(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGAGT
SmilChr02G003734 Chr02 NC_080388.1:58976259-58976268promoter 内 1222-1231 bp + 2770 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 58971007-58973489(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ACTCCGACAA
SmilChr02G001555 Chr02 NC_080388.1:28854934-28854943promoter 内 1153-1162 bp + 2839 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 28857782-28868220(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGAGT
SmilChr03G001614 Chr03 NC_080389.1:20527999-20528008promoter 内 1117-1126 bp + 2875 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 20530883-20533147(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGAGT
SmilChr03G003400 Chr03 NC_080389.1:52382648-52382657promoter 内 1049-1058 bp - 2943 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 52378405-52379705(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGAGT
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