转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003688; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003637-RA_Salv SmilChr02G003688 MYB XP_057794248.1 MP00028 GGCTCAGCGCG

可能结合的靶基因

9024 个结合位点 6764 个候选靶基因 第 34 / 136 下载 TSV

上一页 34 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G002449 Chr08 NC_080394.1:23314552-23314562promoter 内 1151-1161 bp - 2840 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 23302920-23311712(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCCTCAGCGGC
SmilChr07G003265 Chr07 NC_080393.1:34425866-34425876promoter 内 1125-1135 bp + 2866 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 34422867-34423000(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCCCTGAGCC
SmilChr08G002026 Chr08 NC_080394.1:18072344-18072354promoter 内 806-816 bp + 3185 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 18075539-18079658(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGGGGG
SmilChr01G002194 Chr01 NC_080387.1:38109101-38109111promoter 内 630-640 bp + 3361 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 38103707-38105740(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCGCTGAGGA
SmilChr07G001620 Chr07 NC_080393.1:13597570-13597580promoter 内 589-599 bp + 3402 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 13600982-13603404(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCCTCAGCGGC
SmilChr05G004153 Chr05 NC_080391.1:55455650-55455660promoter 内 498-508 bp - 3493 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 55459153-55461097(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCGCTGAGGA
SmilChr01G004255 Chr01 NC_080387.1:60827699-60827709promoter 内 469-479 bp + 3522 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 60831231-60832355(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCCTCAGCGGC
SmilChr04G001416 Chr04 NC_080390.1:23016208-23016218promoter 内 157-167 bp + 3834 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 23020052-23023145(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGGGCC
SmilChr08G003542 Chr08 NC_080394.1:38071853-38071863promoter 内 138-148 bp - 3853 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 38066815-38068000(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCCTCAGCGGC
SmilChr06G001537 Chr06 NC_080392.1:16631845-16631855promoter 内 121-131 bp + 3870 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 16625597-16627975(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCGCTGAGGA
SmilChr07G000098 Chr07 NC_080393.1:533488-533498promoter 内 115-125 bp - 3876 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 537374-539143(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCCCTGAGCC
SmilChr04G003077 Chr04 NC_080390.1:47370574-47370584promoter 内 102-112 bp + 3889 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 47374473-47377356(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGGGCC
SmilChr07G002074 Chr07 NC_080393.1:18864873-18864883promoter 内 50-60 bp + 3941 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 18868824-18872559(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCCTCAGCGGC
SmilChr07G002916 Chr07 NC_080393.1:29560416-29560426promoter 内 40-50 bp + 3951 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 29552249-29556465(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 ACCGCTGAGGG
SmilChr06G001696 Chr06 NC_080392.1:19394208-19394218promoter 内 4-14 bp - 3987 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 19383692-19390221(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCCTCAGCGGC
SmilChr08G000868 Chr08 NC_080394.1:6438769-6438779promoter 内 1617-1627 bp - 2374 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 3 6441153-6442376(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GACGCTGAGGG
SmilChr06G003259 Chr06 NC_080392.1:45248092-45248102promoter 内 3006-3016 bp + 985 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 45241997-45247107(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GACGCTGAGGG
SmilChr01G000756 Chr01 NC_080387.1:16627894-16627904promoter 内 2500-2510 bp - 1491 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 16629395-16630636(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GACGCTGAGGG
SmilChr01G002123 Chr01 NC_080387.1:37232627-37232637promoter 内 1578-1588 bp - 2413 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 37227166-37230214(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCCTCAGCGTC
SmilChr04G004179 Chr04 NC_080390.1:56373748-56373758promoter 内 808-818 bp - 3183 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 56376941-56383053(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GACGCTGAGGG
SmilChr08G003892 Chr08 NC_080394.1:46259100-46259110promoter 内 3135-3145 bp + 856 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 46259966-46260039(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCCTCAGCGTC
SmilChr02G000548 Chr02 NC_080388.1:7598863-7598873promoter 内 2646-2656 bp - 1345 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 7596257-7597518(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCCTCAGCGTC
SmilChr08G003896 Chr08 NC_080394.1:46288723-46288733promoter 内 2063-2073 bp + 1928 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 46290661-46292549(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCCTCAGCGTC
SmilChr04G001785 Chr04 NC_080390.1:29275471-29275481promoter 内 1954-1964 bp + 2037 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 29264863-29273434(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GACGCTGAGGG
SmilChr07G000840 Chr07 NC_080393.1:5978668-5978678promoter 内 1876-1886 bp + 2115 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 5980793-5985184(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCCTCAGCGTC
SmilChr01G004545 Chr01 NC_080387.1:63591134-63591144promoter 内 1549-1559 bp + 2442 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 63593586-63593657(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCCTCAGCGTC
SmilChr08G003895 Chr08 NC_080394.1:46288723-46288733promoter 内 1425-1435 bp + 2566 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 46270602-46286157(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GACGCTGAGGG
SmilChr08G001942 Chr08 NC_080394.1:17054448-17054458promoter 内 893-903 bp - 3098 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 17048853-17051350(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCCTCAGCGTC
SmilChr03G001803 Chr03 NC_080389.1:24624065-24624075promoter 内 782-792 bp - 3209 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 24618859-24620856(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCCTCAGCGTC
SmilChr04G003555 Chr04 NC_080390.1:51935831-51935841promoter 内 502-512 bp - 3489 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 51939330-51948223(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GACGCTGAGGG
SmilChr01G002290 Chr01 NC_080387.1:39741264-39741274promoter 内 160-170 bp + 3831 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 39735727-39737433(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GACGCTGAGGG
SmilChr07G004103 Chr07 NC_080393.1:52600619-52600629promoter 内 2139-2149 bp + 1852 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 3 52578023-52598767(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGAGTC
SmilChr03G001847 Chr03 NC_080389.1:25406561-25406571promoter 内 3910-3920 bp - 81 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 25406652-25407376(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGAGTC
SmilChr06G002070 Chr06 NC_080392.1:27313777-27313787promoter 内 2539-2549 bp + 1452 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 27315239-27318545(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GACTCAGCGCT
SmilChr07G002253 Chr07 NC_080393.1:20714385-20714395promoter 内 3088-3098 bp + 903 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 20713402-20713482(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGAGTC
SmilChr07G002765 Chr07 NC_080393.1:27511018-27511028promoter 内 2844-2854 bp - 1147 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 27512175-27514043(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGAGTC
SmilChr02G002074 Chr02 NC_080388.1:37328262-37328272promoter 内 2765-2775 bp - 1226 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 37329498-37330279(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGAGTC
SmilChr05G000055 Chr05 NC_080391.1:259517-259527promoter 内 1961-1971 bp + 2030 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 261557-262674(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GACTCAGCGCT
SmilChr03G002086 Chr03 NC_080389.1:32135134-32135144promoter 内 724-734 bp + 3267 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 32138411-32140303(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GACTCAGCGCT
SmilChr01G002436 Chr01 NC_080387.1:41948255-41948265promoter 内 31-41 bp - 3960 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 41952225-41956509(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGAGTC
SmilChr06G001693 Chr06 NC_080392.1:19353623-19353633promoter 内 3463-3473 bp + 528 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 14 19354161-19354634(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GACTCAGCGTG
SmilChr08G003392 Chr08 NC_080394.1:35702293-35702303promoter 内 3220-3230 bp + 771 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 14 35703074-35705513(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GACTCAGCGTG
SmilChr03G001067 Chr03 NC_080389.1:12382053-12382063promoter 内 1935-1945 bp - 2056 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 12384119-12390927(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGGGCTGAGCC
SmilChr08G004492 Chr08 NC_080394.1:54542374-54542384promoter 内 3930-3940 bp + 61 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 54542445-54544795(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCGGA
SmilChr08G003841 Chr08 NC_080394.1:44752183-44752193promoter 内 3634-3644 bp + 357 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 44750649-44751826(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGGGCTGAGCC
SmilChr06G002743 Chr06 NC_080392.1:39774189-39774199promoter 内 3495-3505 bp - 496 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 39774695-39776534(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCGCTGAGGA
SmilChr07G002297 Chr07 NC_080393.1:21264987-21264997promoter 内 3420-3430 bp + 571 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 21265568-21273929(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCGGA
SmilChr02G005479 Chr02 NC_080388.1:75006370-75006380promoter 内 3150-3160 bp + 841 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 75007221-75009530(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCCCC
SmilChr08G001823 Chr08 NC_080394.1:15580169-15580179promoter 内 2997-3007 bp + 994 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 15577976-15579175(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCGCTGAGGA
SmilChr08G001824 Chr08 NC_080394.1:15586009-15586019promoter 内 2951-2961 bp + 1040 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 15583803-15584969(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCGCTGAGGA