转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003367; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001784-RA_Salv SmilChr04G003367 MYB XP_057804957.1 MP00191 ATTAACCTTATCCTC

可能结合的靶基因

9690 个结合位点 6736 个候选靶基因 第 34 / 135 下载 TSV

上一页 34 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000143 Chr01 NC_080387.1:2429937-2429951promoter 内 352-366 bp - 3635 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 2425303-2426302(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGTTTCTTATCCTC
SmilChr02G001290 Chr02 NC_080388.1:23729645-23729659promoter 内 279-293 bp + 3708 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 23724213-23725937(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGGGATAAGGTGTAT
SmilChr02G005183 Chr02 NC_080388.1:73128147-73128161promoter 内 270-284 bp - 3717 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 73131878-73133462(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGAATCAA
SmilChr01G004817 Chr01 NC_080387.1:66352522-66352536promoter 内 211-225 bp - 3776 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 66345812-66348746(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTCTTCCTTATCTTT
SmilChr01G002304 Chr01 NC_080387.1:39932296-39932310promoter 内 156-170 bp + 3831 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 39926329-39928465(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTTGATAAGGAGGGG
SmilChr03G000277 Chr03 NC_080389.1:3161543-3161557promoter 内 131-145 bp - 3856 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 5 3155663-3157687(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GGCAACATTATCCTC
SmilChr02G001811 Chr02 NC_080388.1:32933373-32933387promoter 内 1337-1351 bp + 2650 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 4 32925959-32930723(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGGATAAGAAAAAA
SmilChr01G004200 Chr01 NC_080387.1:60474767-60474781promoter 内 842-856 bp - 3145 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 4 60477926-60482479(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGGATAAGAAAAAA
SmilChr01G003661 Chr01 NC_080387.1:55036070-55036084promoter 内 571-585 bp + 3416 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 4 55031026-55032654(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACGGATAAGGTCAGC
SmilChr01G000893 Chr01 NC_080387.1:18975793-18975807promoter 内 528-542 bp - 3459 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 4 18979266-18980289(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATGATAAGGTTGTA
SmilChr01G000915 Chr01 NC_080387.1:19366670-19366684promoter 内 3849-3863 bp + 138 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 19361987-19366532(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGGGATAAGGAAATT
SmilChr03G002000 Chr03 NC_080389.1:29739099-29739113promoter 内 3709-3723 bp - 278 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 29739391-29740020(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGGGATAAGGAAATT
SmilChr03G002547 Chr03 NC_080389.1:40629035-40629049promoter 内 3186-3200 bp - 801 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 40629850-40631590(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAGAAACTA
SmilChr02G004794 Chr02 NC_080388.1:70146784-70146798promoter 内 2746-2760 bp + 1241 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 70142479-70145543(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CGGGATAAGGATAGG
SmilChr02G002130 Chr02 NC_080388.1:38148979-38148993promoter 内 2744-2758 bp + 1243 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 38146714-38147736(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAAGATAAGGATCTC
SmilChr02G004732 Chr02 NC_080388.1:69563571-69563585promoter 内 2142-2156 bp - 1845 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 69555676-69561726(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGCATTCTTATCCTT
SmilChr01G003479 Chr01 NC_080387.1:53350722-53350736promoter 内 1687-1701 bp + 2300 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 53353036-53357047(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATTTCCTTATCCCT
SmilChr01G002503 Chr01 NC_080387.1:42887897-42887911promoter 内 1642-1656 bp + 2345 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 42885479-42885552(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGGGATAAGGAGTGG
SmilChr02G000876 Chr02 NC_080388.1:15084740-15084754promoter 内 625-639 bp + 3362 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 15080626-15081378(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTGGATAAGCTTCAT
SmilChr02G000214 Chr02 NC_080388.1:2774739-2774753promoter 内 574-588 bp + 3413 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 2778166-2781351(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTTTTCTTATCCAT
SmilChr02G002852 Chr02 NC_080388.1:48686976-48686990promoter 内 3945-3959 bp - 42 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 48687032-48691166(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGGGATAAGGAAGCG
SmilChr03G000831 Chr03 NC_080389.1:9524542-9524556promoter 内 3937-3951 bp - 50 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 9523425-9524492(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GGCAACATTATCCTC
SmilChr02G000486 Chr02 NC_080388.1:6629743-6629757promoter 内 3776-3790 bp - 211 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 6629968-6632943(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAAGATAAGGAGAGT
SmilChr02G005363 Chr02 NC_080388.1:74345244-74345258promoter 内 3679-3693 bp + 308 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 74341412-74344936(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGGATAAGAAAAAA
SmilChr02G004670 Chr02 NC_080388.1:69056397-69056411promoter 内 3602-3616 bp + 385 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 69053031-69056012(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAAGATAAGGAGAGT
SmilChr02G004890 Chr02 NC_080388.1:70957535-70957549promoter 内 3437-3451 bp + 550 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 70954559-70956985(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAAGAAAAGT
SmilChr01G003933 Chr01 NC_080387.1:57625819-57625833promoter 内 3306-3320 bp + 681 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 57626514-57635669(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATATATCTTATCCAT
SmilChr01G001011 Chr01 NC_080387.1:21236088-21236102promoter 内 3293-3307 bp - 694 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 21236796-21236868(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACGGATAAGGTCAGC
SmilChr01G004363 Chr01 NC_080387.1:61817942-61817956promoter 内 2869-2883 bp + 1118 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 61814118-61816824(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGCTTAAT
SmilChr01G005451 Chr01 NC_080387.1:71570407-71570421promoter 内 2812-2826 bp + 1175 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 71563624-71569232(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAAGATCATA
SmilChr01G003670 Chr01 NC_080387.1:55133866-55133880promoter 内 2523-2537 bp - 1464 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 55135344-55138558(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTTGATAAGGAGGTG
SmilChr02G004019 Chr02 NC_080388.1:62501596-62501610promoter 内 2491-2505 bp + 1496 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 62498208-62500100(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAGGATAAGGAGATG
SmilChr01G003178 Chr01 NC_080387.1:50568240-50568254promoter 内 2361-2375 bp - 1626 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 50563449-50566614(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGTAGCCTTATCTTC
SmilChr02G000637 Chr02 NC_080388.1:9627911-9627925promoter 内 2350-2364 bp + 1637 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 9629562-9631322(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATAATGTTATCCTC
SmilChr02G003051 Chr02 NC_080388.1:51296425-51296439promoter 内 2152-2166 bp + 1835 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 51298274-51299990(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATAATGTTATCCTC
SmilChr03G002369 Chr03 NC_080389.1:37314004-37314018promoter 内 2035-2049 bp + 1952 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 37315970-37317665(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATAATGTTATCCTC
SmilChr02G002731 Chr02 NC_080388.1:47225076-47225090promoter 内 1798-1812 bp - 2189 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 47227279-47232620(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAGGGTTTAG
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SmilChr02G003974 Chr02 NC_080388.1:61984562-61984576promoter 内 1393-1407 bp - 2594 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 61976230-61981968(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCCTTCCTTATCCAG
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SmilChr01G001010 Chr01 NC_080387.1:21236088-21236102promoter 内 553-567 bp - 3434 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 21227796-21232654(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCTGACCTTATCCGT