转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 38 / 128 下载 TSV

上一页 38 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G003176 Chr05 NC_080391.1:40672427-40672441promoter 内 2609-2623 bp - 1378 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 3 40673819-40674872(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGCTA
SmilChr04G000452 Chr04 NC_080390.1:4806122-4806136promoter 内 1899-1913 bp + 2088 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 3 4800931-4804034(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGTGGTGC
SmilChr05G002045 Chr05 NC_080391.1:21284779-21284793promoter 内 3819-3833 bp - 168 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 21284961-21285030(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGTGATGG
SmilChr07G002716 Chr07 NC_080393.1:26618579-26618593promoter 内 3694-3708 bp + 293 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 26618886-26619735(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCGTCACCGCCG
SmilChr03G003343 Chr03 NC_080389.1:51766155-51766169promoter 内 3258-3272 bp + 729 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 51757803-51765426(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGTGATGG
SmilChr05G002046 Chr05 NC_080391.1:21284779-21284793promoter 内 2624-2638 bp - 1363 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 21286156-21286228(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGTGATGG
SmilChr04G003939 Chr04 NC_080390.1:55013340-55013354promoter 内 2557-2571 bp - 1430 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 55010158-55011910(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GTGCCGCCACCGCCG
SmilChr07G002715 Chr07 NC_080393.1:26618579-26618593promoter 内 1880-1894 bp + 2107 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 26612754-26616472(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGACGGTGG
SmilChr07G001465 Chr07 NC_080393.1:11487698-11487712promoter 内 1652-1666 bp + 2335 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 11490047-11497428(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCACCACCGCTT
SmilChr05G004354 Chr05 NC_080391.1:57143424-57143438promoter 内 1313-1327 bp - 2674 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 57138695-57140750(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GTGCCGCCACCGCCG
SmilChr01G002692 Chr01 NC_080387.1:45166171-45166185promoter 内 1176-1190 bp - 2811 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 45162758-45163360(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GAGCCGCCACCGCCG
SmilChr04G001689 Chr04 NC_080390.1:27942821-27942835promoter 内 863-877 bp - 3124 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 27936161-27939697(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GAGCCGCCACCGCCG
SmilChr01G005552 Chr01 NC_080387.1:72350255-72350269promoter 内 518-532 bp + 3469 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 72353738-72354907(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGTCGCCACCGCCG
SmilChr05G001611 Chr05 NC_080391.1:14828485-14828499promoter 内 3936-3950 bp - 51 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 14828550-14829011(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGACTG
SmilChr01G002892 Chr01 NC_080387.1:47609257-47609271promoter 内 3618-3632 bp + 369 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 47602304-47608888(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGCAA
SmilChr04G002398 Chr04 NC_080390.1:38527338-38527352promoter 内 3430-3444 bp - 557 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 38527909-38529959(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGACTG
SmilChr02G001512 Chr02 NC_080388.1:28144148-28144162promoter 内 3381-3395 bp - 606 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 28144768-28222538(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGCTC
SmilChr01G003845 Chr01 NC_080387.1:56772125-56772139promoter 内 3324-3338 bp + 663 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 56767810-56771462(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGCGGCAG
SmilChr08G000438 Chr08 NC_080394.1:3140747-3140761promoter 内 3121-3135 bp - 866 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 3137946-3139881(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCCGCCACCGCTG
SmilChr07G000327 Chr07 NC_080393.1:2225719-2225733promoter 内 3104-3118 bp + 883 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 2226616-2232780(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCTCCACCGACG
SmilChr03G001799 Chr03 NC_080389.1:24610663-24610677promoter 内 3030-3044 bp + 957 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 24605563-24609706(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGTGGTGC
SmilChr01G001341 Chr01 NC_080387.1:26652167-26652181promoter 内 3023-3037 bp + 964 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 26653145-26656117(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCCTCACCACCGCCA
SmilChr02G004859 Chr02 NC_080388.1:70724271-70724285promoter 内 2969-2983 bp - 1018 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 70720193-70723253(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCCTCACCACCGCCA
SmilChr02G004860 Chr02 NC_080388.1:70724271-70724285promoter 内 2801-2815 bp - 1186 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 70725471-70736174(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGAGGG
SmilChr08G000603 Chr08 NC_080394.1:4475675-4475689promoter 内 2720-2734 bp - 1267 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 4476956-4477027(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGACAG
SmilChr02G004571 Chr02 NC_080388.1:68211690-68211704promoter 内 2511-2525 bp - 1476 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 68213180-68218239(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGCTC
SmilChr05G001937 Chr05 NC_080391.1:19722872-19722886promoter 内 2507-2521 bp - 1480 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 19724366-19724698(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGTGATGG
SmilChr02G004570 Chr02 NC_080388.1:68211690-68211704promoter 内 2392-2406 bp - 1595 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 68207567-68210095(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GAGCCGCCACCGCCG
SmilChr05G000916 Chr05 NC_080391.1:7276428-7276442promoter 内 2291-2305 bp - 1696 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 7278138-7278922(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGCTC
SmilChr01G002760 Chr01 NC_080387.1:45999883-45999897promoter 内 2137-2151 bp + 1850 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 46001747-46006775(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGTTGCCACCGCCG
SmilChr06G000167 Chr06 NC_080392.1:1157235-1157249promoter 内 2107-2121 bp - 1880 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 1152679-1155355(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GAGCCGCCACCGCCG
SmilChr08G000604 Chr08 NC_080394.1:4475675-4475689promoter 内 2036-2050 bp - 1951 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 4477640-4479389(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGACAG
SmilChr01G005806 Chr01 NC_080387.1:74110726-74110740promoter 内 1978-1992 bp - 2009 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 74108120-74108717(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCACCACCGCTT
SmilChr06G002183 Chr06 NC_080392.1:30180490-30180504promoter 内 1801-1815 bp - 2186 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 30173892-30178304(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCCCGTCCACCGCCG
SmilChr02G004018 Chr02 NC_080388.1:62474247-62474261promoter 内 1750-1764 bp + 2237 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 62476498-62479981(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCGTCACCGCCG
SmilChr01G002512 Chr01 NC_080387.1:43023555-43023569promoter 内 1629-1643 bp - 2358 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 43025927-43027437(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGCTA
SmilChr06G000168 Chr06 NC_080392.1:1157235-1157249promoter 内 1473-1487 bp - 2514 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 1159763-1171695(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGCTC
SmilChr05G000917 Chr05 NC_080391.1:7276428-7276442promoter 内 1459-1473 bp - 2528 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 7278970-7281358(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGCTC
SmilChr01G003892 Chr01 NC_080387.1:57226092-57226106promoter 内 1427-1441 bp - 2560 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 57216925-57223532(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCTCCACCGACG
SmilChr02G003460 Chr02 NC_080388.1:55894358-55894372promoter 内 1411-1425 bp - 2576 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 55896948-55897020(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGAGGG
SmilChr06G001444 Chr06 NC_080392.1:15262771-15262785promoter 内 1327-1341 bp - 2660 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 15265445-15268458(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGACTG
SmilChr03G002254 Chr03 NC_080389.1:35467735-35467749promoter 内 1285-1299 bp - 2702 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 35470451-35472772(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGACGGGG
SmilChr05G004356 Chr05 NC_080391.1:57143424-57143438promoter 内 985-999 bp - 3002 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 57146440-57149704(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGCAC
SmilChr06G001442 Chr06 NC_080392.1:15262771-15262785promoter 内 780-794 bp - 3207 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 15254927-15259564(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGTCGCCACCGCCG
SmilChr04G001156 Chr04 NC_080390.1:17072583-17072597promoter 内 640-654 bp - 3347 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 17067232-17069236(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCCGCCACCGCCC
SmilChr08G003020 Chr08 NC_080394.1:30335671-30335685promoter 内 516-530 bp + 3471 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 30339156-30339241(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCATCACCACCGCCT
SmilChr02G004858 Chr02 NC_080388.1:70724271-70724285promoter 内 271-285 bp - 3716 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 70719282-70720555(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCCTCACCACCGCCA
SmilChr01G003120 Chr01 NC_080387.1:50017245-50017259promoter 内 185-199 bp - 3802 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 50021061-50021720(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGCGGCTG
SmilChr05G000082 Chr05 NC_080391.1:440257-440271promoter 内 27-41 bp - 3960 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 444231-446288(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGCGGCAG
SmilChr05G002047 Chr05 NC_080391.1:21284779-21284793promoter 内 20-34 bp - 3967 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 21288760-21292660(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGTGATGG