转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000040; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00000579-RA_Salv SmilChr04G000040 ERF XP_057808382.1 MP00312 AATTGTCGGTGGAGT

可能结合的靶基因

8490 个结合位点 7006 个候选靶基因 第 4 / 141 下载 TSV

上一页 4 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G002323 Chr05 NC_080391.1:25037378-25037392promoter 内 3223-3237 bp + 764 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 25035223-25036614(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GCTCCACCGACACTT
SmilChr08G000215 Chr08 NC_080394.1:1476935-1476949promoter 内 1757-1771 bp + 2230 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 1471203-1474705(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCTCCGCCGACAATG
SmilChr01G000777 Chr01 NC_080387.1:16891039-16891053promoter 内 1650-1664 bp + 2337 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 16887178-16888702(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCGCCACCGACATCG
SmilChr04G003502 Chr04 NC_080390.1:51425245-51425259promoter 内 1560-1574 bp + 2427 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 51421059-51422818(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ACTCCACCGACAATG
SmilChr01G004841 Chr01 NC_080387.1:66545167-66545181promoter 内 1037-1051 bp + 2950 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 66534842-66542217(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCGCCGCCGACAATT
SmilChr03G002541 Chr03 NC_080389.1:40572392-40572406promoter 内 867-881 bp + 3120 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 40575526-40577406(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AATTGTCGGCGGCGG
SmilChr04G001046 Chr04 NC_080390.1:14873395-14873409promoter 内 211-225 bp + 3776 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 14877185-14877936(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCTTGTCGGTGGCGG
SmilChr08G004199 Chr08 NC_080394.1:51370955-51370969promoter 内 30-44 bp - 3957 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 51374926-51376917(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCTCCACCGACAAAT
SmilChr07G000795 Chr07 NC_080393.1:5619186-5619200promoter 内 2312-2326 bp - 1675 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 3 5616209-5617511(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATTTGTCGGCGGCGG
SmilChr05G004337 Chr05 NC_080391.1:57035295-57035309promoter 内 2182-2196 bp + 1805 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 57037114-57039932(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGGCGTCGGTGGCGT
SmilChr03G001281 Chr03 NC_080389.1:14991654-14991668promoter 内 1474-1488 bp + 2513 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 14986288-14989141(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTTCCACCGACACCA
SmilChr08G001521 Chr08 NC_080394.1:12366119-12366133promoter 内 3868-3882 bp - 119 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 12360556-12366000(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGTCGTCGGTGGCGG
SmilChr02G003711 Chr02 NC_080388.1:58688915-58688929promoter 内 3409-3423 bp - 578 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 58689507-58689580(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCGCCGCCGACAAAT
SmilChr02G001582 Chr02 NC_080388.1:29545982-29545996promoter 内 2316-2330 bp + 1671 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 29534250-29544311(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CAGCCACCGACAGTG
SmilChr04G003125 Chr04 NC_080390.1:47859948-47859962promoter 内 2248-2262 bp + 1739 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 47861701-47866822(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGCCGTCGGTGGCGG
SmilChr06G001882 Chr06 NC_080392.1:22421399-22421413promoter 内 1693-1707 bp - 2294 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 22423707-22426432(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCGCCACCGACGGCT
SmilChr01G002902 Chr01 NC_080387.1:47702479-47702493promoter 内 1530-1544 bp + 2457 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 47698916-47700022(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCGCCACCGACGGCT
SmilChr06G001162 Chr06 NC_080392.1:11808800-11808814promoter 内 851-865 bp + 3136 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 11811950-11813174(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GGTTGTCGGTGGCGA
SmilChr04G003754 Chr04 NC_080390.1:53816514-53816528promoter 内 390-404 bp - 3597 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 53810593-53812917(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATTTGTCGGTGGTGG
SmilChr02G004838 Chr02 NC_080388.1:70500692-70500706promoter 内 335-349 bp + 3652 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 70495683-70497040(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCGCCACCGACGACA
SmilChr01G003020 Chr01 NC_080387.1:49215229-49215243promoter 内 2208-2222 bp + 1779 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 49212007-49213450(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GCACCACCGACGCCG
SmilChr04G001960 Chr04 NC_080390.1:31804722-31804736promoter 内 2171-2185 bp - 1816 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 31798910-31802906(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGGTGTCGGTGGAAT
SmilChr06G001422 Chr06 NC_080392.1:15017106-15017120promoter 内 1829-1843 bp + 2158 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 15019278-15021803(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTTTGTCGGCGGTGG
SmilChr02G000676 Chr02 NC_080388.1:10560225-10560239promoter 内 489-503 bp + 3498 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 10554034-10556727(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGCCCACCGACACTG
SmilChr02G001464 Chr02 NC_080388.1:27365181-27365195promoter 内 151-165 bp + 3836 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 27360610-27361345(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCACCGCCGACAAAG
SmilChr03G001286 Chr03 NC_080389.1:15060610-15060624promoter 内 3232-3246 bp + 755 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 15061379-15065070(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTTTGTCGGTGGTGG
SmilChr03G004242 Chr03 NC_080389.1:60932033-60932047promoter 内 3098-3112 bp + 889 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 60932936-60936598(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGGCGTCGGTGGTGA
SmilChr04G004179 Chr04 NC_080390.1:56375273-56375287promoter 内 2333-2347 bp + 1654 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 56376941-56383053(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GCTTGTCGGTGGCGG
SmilChr02G004497 Chr02 NC_080388.1:67457475-67457489promoter 内 1990-2004 bp + 1997 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 67459486-67477871(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TACTGTCGGTGGTGG
SmilChr05G003758 Chr05 NC_080391.1:50786606-50786620promoter 内 1736-1750 bp + 2251 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 50788871-50789814(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGGCGTCGGTGCCGG
SmilChr05G000415 Chr05 NC_080391.1:3142436-3142450promoter 内 724-738 bp + 3263 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 3137229-3139173(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GCGCCACCGACGACG
SmilChr05G001726 Chr05 NC_080391.1:16606616-16606630promoter 内 643-657 bp + 3344 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 16609974-16612520(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGGCGTCGGTGGTGC
SmilChr06G003084 Chr06 NC_080392.1:43708343-43708357promoter 内 475-489 bp + 3512 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 43711869-43720328(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGCCGTCGGTGGTGG
SmilChr02G000958 Chr02 NC_080388.1:16670244-16670258promoter 内 2610-2624 bp - 1377 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 6 16671635-16675520(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCGCCACCGACATAT
SmilChr01G004011 Chr01 NC_080387.1:58526956-58526970promoter 内 1433-1447 bp - 2554 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 3 58522849-58524402(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGCCGTCGGTGGGGG
SmilChr06G001319 Chr06 NC_080392.1:13704945-13704959promoter 内 2698-2712 bp - 1289 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 13701450-13703656(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGTTGTCGGCGGCAG
SmilChr08G003871 Chr08 NC_080394.1:45793397-45793411promoter 内 2270-2284 bp + 1717 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 45789266-45791680(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCGCCACCGACGACC
SmilChr01G003954 Chr01 NC_080387.1:57917534-57917548promoter 内 510-524 bp - 3477 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 57921025-57976435(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ACGCCGCCGACAAAG
SmilChr06G001490 Chr06 NC_080392.1:15927904-15927918promoter 内 488-502 bp + 3499 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 15922133-15924405(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CAACCACCGACACCT
SmilChr05G000300 Chr05 NC_080391.1:2282948-2282962promoter 内 3153-3167 bp + 834 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 2283796-2284997(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CAATGTCGGTGGCGT
SmilChr03G004630 Chr03 NC_080389.1:63950926-63950940promoter 内 2593-2607 bp + 1394 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 63945215-63949532(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCACCACCGACACAT
SmilChr05G000602 Chr05 NC_080391.1:4536123-4536137promoter 内 1780-1794 bp + 2207 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 4531464-4533916(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCGCCACCGACAATA
SmilChr04G002536 Chr04 NC_080390.1:40530008-40530022promoter 内 1510-1524 bp + 2477 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 40532499-40534077(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGTTGTCGGTGGCTG
SmilChr02G003814 Chr02 NC_080388.1:59764400-59764414promoter 内 1119-1133 bp + 2868 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 59759174-59761532(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCGGCACCGACACAT
SmilChr02G003786 Chr02 NC_080388.1:59523642-59523656promoter 内 1082-1096 bp + 2905 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 59518475-59520737(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCGGCACCGACACAT
SmilChr05G000298 Chr05 NC_080391.1:2282948-2282962promoter 内 946-960 bp + 3041 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 2279826-2279907(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ACGCCACCGACATTG
SmilChr08G004852 Chr08 NC_080394.1:57730085-57730099promoter 内 931-945 bp + 3056 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 57724406-57727029(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCGCCACCGACGCCA
SmilChr02G003788 Chr02 NC_080388.1:59523642-59523656promoter 内 611-625 bp + 3376 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 59527032-59529805(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATGTGTCGGTGCCGG
SmilChr05G001588 Chr05 NC_080391.1:14580015-14580029promoter 内 3764-3778 bp - 223 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 14579370-14579792(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGATGTCGGTGGCAG
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