靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr04G004136; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00000866-RA_Salv |
SmilChr04G004136 |
MYB | XP_057806072.1 |
MP00627 |
TTACCTACCG |
9835 个结合位点 8075 个候选靶基因 第 40 / 162 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr07G004339 |
Chr07 | NC_080393.1:55942628-55942637promoter 内 589-598 bp |
- | 3403 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.9/ 100 | 1 | 55946040-55948455(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
CGGTAGGTTA |
SmilChr02G002526 |
Chr02 | NC_080388.1:43950263-43950272promoter 内 459-468 bp |
- | 3533 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.9/ 100 | 1 | 43953805-43955960(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
CGGTAGGTTA |
SmilChr07G004349 |
Chr07 | NC_080393.1:56028723-56028732promoter 内 437-446 bp |
+ | 3555 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.9/ 100 | 1 | 56022695-56025168(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
CGGTAGGTTA |
SmilChr06G002068 |
Chr06 | NC_080392.1:27245890-27245899promoter 内 385-394 bp |
- | 3607 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.9/ 100 | 1 | 27249506-27250123(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
CGGTAGGTTA |
SmilChr07G003146 |
Chr07 | NC_080393.1:33363606-33363615promoter 内 265-274 bp |
+ | 3727 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.9/ 100 | 1 | 33367342-33369404(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TAACCTACCG |
SmilChr06G002872 |
Chr06 | NC_080392.1:41548285-41548294promoter 内 45-54 bp |
- | 3947 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.9/ 100 | 1 | 41552241-41553529(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
CGGTAGGTTA |
SmilChr04G003269 |
Chr04 | NC_080390.1:49399614-49399623promoter 内 3274-3283 bp |
- | 718 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.7/ 100 | 4 | 49389698-49398896(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGACCTACCG |
SmilChr04G003732 |
Chr04 | NC_080390.1:53630883-53630892promoter 内 3327-3336 bp |
- | 665 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.7/ 100 | 3 | 53627892-53630218(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGACCTACCG |
SmilChr05G000059 |
Chr05 | NC_080391.1:275591-275600promoter 内 2617-2626 bp |
+ | 1375 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.7/ 100 | 3 | 276975-279943(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGACCTACCG |
SmilChr06G000460 |
Chr06 | NC_080392.1:3720873-3720882promoter 内 2873-2882 bp |
- | 1119 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.7/ 100 | 2 | 3722001-3729421(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
CGGTAGGTCA |
SmilChr04G003181 |
Chr04 | NC_080390.1:48524536-48524545promoter 内 1991-2000 bp |
+ | 2001 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.7/ 100 | 2 | 48521543-48522535(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
CGGTAGGTCA |
SmilChr06G001978 |
Chr06 | NC_080392.1:25117220-25117229promoter 内 1699-1708 bp |
- | 2293 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.7/ 100 | 2 | 25112193-25114927(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGACCTACCG |
SmilChr03G003816 |
Chr03 | NC_080389.1:57195209-57195218promoter 内 1682-1691 bp |
+ | 2310 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.7/ 100 | 2 | 57181844-57192899(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
CGGTAGGTCA |
SmilChr01G001220 |
Chr01 | NC_080387.1:24475325-24475334promoter 内 1667-1676 bp |
- | 2325 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.7/ 100 | 2 | 24477659-24478409(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
CGGTAGGTCA |
SmilChr06G001411 |
Chr06 | NC_080392.1:14810348-14810357promoter 内 3987-3996 bp |
- | 5 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.7/ 100 | 1 | 14808143-14810343(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGACCTACCG |
SmilChr06G001371 |
Chr06 | NC_080392.1:14378142-14378151promoter 内 3943-3952 bp |
- | 49 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.7/ 100 | 1 | 14375962-14378093(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGACCTACCG |
SmilChr02G001751 |
Chr02 | NC_080388.1:32188550-32188559promoter 内 3326-3335 bp |
+ | 666 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.7/ 100 | 1 | 32189225-32190205(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGACCTACCG |
SmilChr04G003934 |
Chr04 | NC_080390.1:54984746-54984755promoter 内 3317-3326 bp |
- | 675 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.7/ 100 | 1 | 54975636-54984071(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGACCTACCG |
SmilChr04G000799 |
Chr04 | NC_080390.1:9878743-9878752promoter 内 3273-3282 bp |
+ | 719 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.7/ 100 | 1 | 9879471-9882187(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGACCTACCG |
SmilChr05G000454 |
Chr05 | NC_080391.1:3442952-3442961promoter 内 2724-2733 bp |
- | 1268 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.7/ 100 | 1 | 3440706-3441684(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGACCTACCG |
SmilChr01G001177 |
Chr01 | NC_080387.1:23823153-23823162promoter 内 2338-2347 bp |
- | 1654 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.7/ 100 | 1 | 23824816-23825470(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
CGGTAGGTCA |
SmilChr01G004019 |
Chr01 | NC_080387.1:58586439-58586448promoter 内 2318-2327 bp |
+ | 1674 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.7/ 100 | 1 | 58578309-58584765(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
CGGTAGGTCA |
SmilChr01G001179 |
Chr01 | NC_080387.1:23845524-23845533promoter 内 2154-2163 bp |
+ | 1838 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.7/ 100 | 1 | 23836130-23843686(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
CGGTAGGTCA |
SmilChr01G004164 |
Chr01 | NC_080387.1:60131130-60131139promoter 内 2063-2072 bp |
- | 1929 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.7/ 100 | 1 | 60133068-60134915(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
CGGTAGGTCA |
SmilChr02G000490 |
Chr02 | NC_080388.1:6698899-6698908promoter 内 1956-1965 bp |
+ | 2036 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.7/ 100 | 1 | 6700944-6705414(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGACCTACCG |
SmilChr02G000154 |
Chr02 | NC_080388.1:2022728-2022737promoter 内 1899-1908 bp |
+ | 2093 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.7/ 100 | 1 | 2018728-2020635(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
CGGTAGGTCA |
SmilChr02G005542 |
Chr02 | NC_080388.1:75427077-75427086promoter 内 1893-1902 bp |
- | 2099 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.7/ 100 | 1 | 75429185-75435963(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
CGGTAGGTCA |
SmilChr06G001977 |
Chr06 | NC_080392.1:25085707-25085716promoter 内 1773-1782 bp |
- | 2219 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.7/ 100 | 1 | 25080759-25083488(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGACCTACCG |
SmilChr03G001975 |
Chr03 | NC_080389.1:28573843-28573852promoter 内 1741-1750 bp |
- | 2251 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.7/ 100 | 1 | 28569082-28571592(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGACCTACCG |
SmilChr01G000026 |
Chr01 | NC_080387.1:485072-485081promoter 内 1720-1729 bp |
- | 2272 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.7/ 100 | 1 | 480225-482800(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGACCTACCG |
SmilChr02G000192 |
Chr02 | NC_080388.1:2408576-2408585promoter 内 1653-1662 bp |
- | 2339 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.7/ 100 | 1 | 2410924-2412487(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
CGGTAGGTCA |
SmilChr04G000783 |
Chr04 | NC_080390.1:9600408-9600417promoter 内 1622-1631 bp |
- | 2370 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.7/ 100 | 1 | 9595001-9598038(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGACCTACCG |
SmilChr04G002259 |
Chr04 | NC_080390.1:36542655-36542664promoter 内 1513-1522 bp |
- | 2479 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.7/ 100 | 1 | 36545143-36559440(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
CGGTAGGTCA |
SmilChr05G001540 |
Chr05 | NC_080391.1:14109024-14109033promoter 内 1450-1459 bp |
- | 2542 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.7/ 100 | 1 | 14099757-14106482(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGACCTACCG |
SmilChr03G001091 |
Chr03 | NC_080389.1:12609994-12610003promoter 内 1196-1205 bp |
- | 2796 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.7/ 100 | 1 | 12612799-12615022(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
CGGTAGGTCA |
SmilChr05G000456 |
Chr05 | NC_080391.1:3442952-3442961promoter 内 908-917 bp |
- | 3084 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.7/ 100 | 1 | 3446045-3448320(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
CGGTAGGTCA |
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Chr03 | NC_080389.1:55393236-55393245promoter 内 834-843 bp |
+ | 3158 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.7/ 100 | 1 | 55388151-55390078(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
CGGTAGGTCA |
SmilChr07G004452 |
Chr07 | NC_080393.1:57131853-57131862promoter 内 723-732 bp |
- | 3269 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.7/ 100 | 1 | 57135131-57137874(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
CGGTAGGTCA |
SmilChr04G000427 |
Chr04 | NC_080390.1:4533127-4533136promoter 内 616-625 bp |
- | 3376 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.7/ 100 | 1 | 4528979-4529751(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGACCTACCG |
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Chr06 | NC_080392.1:14378142-14378151promoter 内 547-556 bp |
- | 3445 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.7/ 100 | 1 | 14381596-14383368(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
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+ | 3539 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.7/ 100 | 1 | 45089431-45102529(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
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Chr02 | NC_080388.1:34143000-34143009promoter 内 216-225 bp |
+ | 3776 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.7/ 100 | 1 | 34137767-34139224(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
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+ | 3843 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.7/ 100 | 1 | 60530239-60533198(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGACCTACCG |
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Chr05 | NC_080391.1:51832375-51832384promoter 内 28-37 bp |
- | 3964 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.7/ 100 | 1 | 51836348-51840193(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
CGGTAGGTCA |
SmilChr02G001339 |
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+ | 2354 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 5 | 24903546-24904931(-) |
SMil_00000866-RA_Salv |
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+ | 211 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 4 | 18153612-18154909(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TCACCTACCA |
SmilChr01G003617 |
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- | 1883 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 4 | 54702558-54706971(+) |
SMil_00000866-RA_Salv |
MP00627 |
TGGTAGGTGA |
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+ | 2836 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 4 | 51039238-51041256(-) |
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TGGTAGGTGA |
SmilChr04G002495 |
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- | 131 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 3 | 39849094-39851883(+) |
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TGGTAGGTGA |
SmilChr01G004719 |
Chr01 | NC_080387.1:65395619-65395628promoter 内 3188-3197 bp |
- | 804 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 3 | 65396432-65398435(+) |
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MP00627 |
TGGTAGGTGA |