转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G004136; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00000866-RA_Salv SmilChr04G004136 MYB XP_057806072.1 MP00627 TTACCTACCG

可能结合的靶基因

9835 个结合位点 8075 个候选靶基因 第 40 / 162 下载 TSV

上一页 40 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G004339 Chr07 NC_080393.1:55942628-55942637promoter 内 589-598 bp - 3403 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 55946040-55948455(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CGGTAGGTTA
SmilChr02G002526 Chr02 NC_080388.1:43950263-43950272promoter 内 459-468 bp - 3533 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 43953805-43955960(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CGGTAGGTTA
SmilChr07G004349 Chr07 NC_080393.1:56028723-56028732promoter 内 437-446 bp + 3555 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 56022695-56025168(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CGGTAGGTTA
SmilChr06G002068 Chr06 NC_080392.1:27245890-27245899promoter 内 385-394 bp - 3607 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 27249506-27250123(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CGGTAGGTTA
SmilChr07G003146 Chr07 NC_080393.1:33363606-33363615promoter 内 265-274 bp + 3727 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 33367342-33369404(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TAACCTACCG
SmilChr06G002872 Chr06 NC_080392.1:41548285-41548294promoter 内 45-54 bp - 3947 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 41552241-41553529(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CGGTAGGTTA
SmilChr04G003269 Chr04 NC_080390.1:49399614-49399623promoter 内 3274-3283 bp - 718 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 4 49389698-49398896(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGACCTACCG
SmilChr04G003732 Chr04 NC_080390.1:53630883-53630892promoter 内 3327-3336 bp - 665 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 3 53627892-53630218(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGACCTACCG
SmilChr05G000059 Chr05 NC_080391.1:275591-275600promoter 内 2617-2626 bp + 1375 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 3 276975-279943(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGACCTACCG
SmilChr06G000460 Chr06 NC_080392.1:3720873-3720882promoter 内 2873-2882 bp - 1119 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 3722001-3729421(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CGGTAGGTCA
SmilChr04G003181 Chr04 NC_080390.1:48524536-48524545promoter 内 1991-2000 bp + 2001 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 48521543-48522535(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CGGTAGGTCA
SmilChr06G001978 Chr06 NC_080392.1:25117220-25117229promoter 内 1699-1708 bp - 2293 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 25112193-25114927(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGACCTACCG
SmilChr03G003816 Chr03 NC_080389.1:57195209-57195218promoter 内 1682-1691 bp + 2310 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 57181844-57192899(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CGGTAGGTCA
SmilChr01G001220 Chr01 NC_080387.1:24475325-24475334promoter 内 1667-1676 bp - 2325 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 24477659-24478409(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CGGTAGGTCA
SmilChr06G001411 Chr06 NC_080392.1:14810348-14810357promoter 内 3987-3996 bp - 5 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 14808143-14810343(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGACCTACCG
SmilChr06G001371 Chr06 NC_080392.1:14378142-14378151promoter 内 3943-3952 bp - 49 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 14375962-14378093(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGACCTACCG
SmilChr02G001751 Chr02 NC_080388.1:32188550-32188559promoter 内 3326-3335 bp + 666 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 32189225-32190205(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGACCTACCG
SmilChr04G003934 Chr04 NC_080390.1:54984746-54984755promoter 内 3317-3326 bp - 675 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 54975636-54984071(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGACCTACCG
SmilChr04G000799 Chr04 NC_080390.1:9878743-9878752promoter 内 3273-3282 bp + 719 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 9879471-9882187(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGACCTACCG
SmilChr05G000454 Chr05 NC_080391.1:3442952-3442961promoter 内 2724-2733 bp - 1268 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 3440706-3441684(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGACCTACCG
SmilChr01G001177 Chr01 NC_080387.1:23823153-23823162promoter 内 2338-2347 bp - 1654 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 23824816-23825470(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CGGTAGGTCA
SmilChr01G004019 Chr01 NC_080387.1:58586439-58586448promoter 内 2318-2327 bp + 1674 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 58578309-58584765(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CGGTAGGTCA
SmilChr01G001179 Chr01 NC_080387.1:23845524-23845533promoter 内 2154-2163 bp + 1838 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 23836130-23843686(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CGGTAGGTCA
SmilChr01G004164 Chr01 NC_080387.1:60131130-60131139promoter 内 2063-2072 bp - 1929 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 60133068-60134915(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CGGTAGGTCA
SmilChr02G000490 Chr02 NC_080388.1:6698899-6698908promoter 内 1956-1965 bp + 2036 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 6700944-6705414(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGACCTACCG
SmilChr02G000154 Chr02 NC_080388.1:2022728-2022737promoter 内 1899-1908 bp + 2093 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 2018728-2020635(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CGGTAGGTCA
SmilChr02G005542 Chr02 NC_080388.1:75427077-75427086promoter 内 1893-1902 bp - 2099 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 75429185-75435963(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CGGTAGGTCA
SmilChr06G001977 Chr06 NC_080392.1:25085707-25085716promoter 内 1773-1782 bp - 2219 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 25080759-25083488(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGACCTACCG
SmilChr03G001975 Chr03 NC_080389.1:28573843-28573852promoter 内 1741-1750 bp - 2251 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 28569082-28571592(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGACCTACCG
SmilChr01G000026 Chr01 NC_080387.1:485072-485081promoter 内 1720-1729 bp - 2272 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 480225-482800(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGACCTACCG
SmilChr02G000192 Chr02 NC_080388.1:2408576-2408585promoter 内 1653-1662 bp - 2339 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 2410924-2412487(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CGGTAGGTCA
SmilChr04G000783 Chr04 NC_080390.1:9600408-9600417promoter 内 1622-1631 bp - 2370 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 9595001-9598038(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGACCTACCG
SmilChr04G002259 Chr04 NC_080390.1:36542655-36542664promoter 内 1513-1522 bp - 2479 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 36545143-36559440(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CGGTAGGTCA
SmilChr05G001540 Chr05 NC_080391.1:14109024-14109033promoter 内 1450-1459 bp - 2542 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 14099757-14106482(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGACCTACCG
SmilChr03G001091 Chr03 NC_080389.1:12609994-12610003promoter 内 1196-1205 bp - 2796 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 12612799-12615022(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CGGTAGGTCA
SmilChr05G000456 Chr05 NC_080391.1:3442952-3442961promoter 内 908-917 bp - 3084 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 3446045-3448320(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CGGTAGGTCA
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