转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003745; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007655-RA_Salv SmilChr04G003745 C2H2 XP_057809144.1 MP00416 TGTAGTAG

可能结合的靶基因

9716 个结合位点 6433 个候选靶基因 第 41 / 129 下载 TSV

上一页 41 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003138 Chr01 NC_080387.1:50168081-50168088promoter 内 2502-2509 bp + 1492 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 50165129-50166589(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACT
SmilChr01G004013 Chr01 NC_080387.1:58546346-58546353promoter 内 2494-2501 bp - 1500 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 58544466-58544846(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAG
SmilChr01G003668 Chr01 NC_080387.1:55089535-55089542promoter 内 2493-2500 bp + 1501 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 55091043-55092374(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 AGTAGTAG
SmilChr01G005026 Chr01 NC_080387.1:68228346-68228353promoter 内 2489-2496 bp + 1505 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 68217077-68226841(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACA
SmilChr01G003807 Chr01 NC_080387.1:56448418-56448425promoter 内 2486-2493 bp + 1508 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 56449933-56452544(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 AGTAGTAG
SmilChr02G000422 Chr02 NC_080388.1:5413516-5413523promoter 内 2486-2493 bp - 1508 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 5410858-5412008(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 AGTAGTAG
SmilChr01G004584 Chr01 NC_080387.1:63879690-63879697promoter 内 2484-2491 bp - 1510 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 63876407-63878180(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 AGTAGTAG
SmilChr01G001568 Chr01 NC_080387.1:29686749-29686756promoter 内 2482-2489 bp - 1512 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 29683500-29685237(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAG
SmilChr02G000782 Chr02 NC_080388.1:12838412-12838419promoter 内 2477-2484 bp + 1517 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 12839936-12842759(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAG
SmilChr01G004750 Chr01 NC_080387.1:65680769-65680776promoter 内 2476-2483 bp + 1518 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 65682294-65684219(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAG
SmilChr02G000914 Chr02 NC_080388.1:15870209-15870216promoter 内 2475-2482 bp - 1519 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 15850486-15868690(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 AGTAGTAG
SmilChr01G001994 Chr01 NC_080387.1:35342920-35342927promoter 内 2466-2473 bp - 1528 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 35339808-35341392(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAG
SmilChr01G003119 Chr01 NC_080387.1:50005741-50005748promoter 内 2464-2471 bp + 1530 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 50002361-50004211(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACA
SmilChr01G005738 Chr01 NC_080387.1:73505688-73505695promoter 内 2462-2469 bp + 1532 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 73507227-73507982(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAG
SmilChr02G000915 Chr02 NC_080388.1:15870209-15870216promoter 内 2456-2463 bp - 1538 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 15852719-15868671(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 AGTAGTAG
SmilChr01G003816 Chr01 NC_080387.1:56524451-56524458promoter 内 2446-2453 bp + 1548 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 56526006-56526977(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAG
SmilChr01G004022 Chr01 NC_080387.1:58630647-58630654promoter 内 2444-2451 bp + 1550 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 58632204-58636130(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 AGTAGTAG
SmilChr01G005921 Chr01 NC_080387.1:75036896-75036903promoter 内 2443-2450 bp + 1551 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 75032688-75035345(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACT
SmilChr01G003255 Chr01 NC_080387.1:51254626-51254633promoter 内 2438-2445 bp - 1556 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 51256189-51261192(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACA
SmilChr01G006040 Chr01 NC_080387.1:75889661-75889668promoter 内 2432-2439 bp - 1562 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 75891230-75893857(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACT
SmilChr01G001843 Chr01 NC_080387.1:33372270-33372277promoter 内 2429-2436 bp - 1565 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 33369833-33370705(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 AGTAGTAG
SmilChr01G000210 Chr01 NC_080387.1:3704536-3704543promoter 内 2428-2435 bp - 1566 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 3706109-3707727(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACT
SmilChr02G000274 Chr02 NC_080388.1:3526198-3526205promoter 内 2422-2429 bp - 1572 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 3518093-3524626(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 AGTAGTAG
SmilChr02G004185 Chr02 NC_080388.1:64176896-64176903promoter 内 2418-2425 bp + 1576 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 64178479-64179812(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAG
SmilChr02G004749 Chr02 NC_080388.1:69694930-69694937promoter 内 2417-2424 bp - 1577 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 69690685-69693353(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 AGTAGTAG
SmilChr02G003208 Chr02 NC_080388.1:53239701-53239708promoter 内 2415-2422 bp - 1579 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 53241287-53244838(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACT
SmilChr03G000105 Chr03 NC_080389.1:1170469-1170476promoter 内 2412-2419 bp - 1582 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 1172058-1175844(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACA
SmilChr02G005139 Chr02 NC_080388.1:72823141-72823148promoter 内 2409-2416 bp - 1585 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 72817174-72821556(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAG
SmilChr02G000945 Chr02 NC_080388.1:16477829-16477836promoter 内 2408-2415 bp - 1586 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 16479422-16481071(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACT
SmilChr02G004119 Chr02 NC_080388.1:63472401-63472408promoter 内 2404-2411 bp - 1590 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 63473998-63478395(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACT
SmilChr01G004768 Chr01 NC_080387.1:65857137-65857144promoter 内 2401-2408 bp + 1593 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 65854747-65855544(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACT
SmilChr02G003281 Chr02 NC_080388.1:54118046-54118053promoter 内 2398-2405 bp - 1596 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 54119649-54123277(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACA
SmilChr01G001694 Chr01 NC_080387.1:31192469-31192476promoter 内 2395-2402 bp - 1599 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 31194075-31199123(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACA
SmilChr01G003666 Chr01 NC_080387.1:55089535-55089542promoter 内 2393-2400 bp + 1601 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 55080249-55087934(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACT
SmilChr02G005459 Chr02 NC_080388.1:74901718-74901725promoter 内 2389-2396 bp + 1605 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 74903330-74910479(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 AGTAGTAG
SmilChr01G002320 Chr01 NC_080387.1:40263197-40263204promoter 内 2385-2392 bp + 1609 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 40264813-40266502(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAG
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