转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001980; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003923-RA_Salv SmilChr05G001980 ARF XP_057766076.1 MP00153 GCCGACAAAA

可能结合的靶基因

9706 个结合位点 6534 个候选靶基因 第 45 / 131 下载 TSV

上一页 45 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002830 Chr02 NC_080388.1:48397040-48397049promoter 内 1770-1779 bp - 2222 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 48390894-48394818(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACATGC
SmilChr01G005252 Chr01 NC_080387.1:70031901-70031910promoter 内 1766-1775 bp - 2226 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 70034136-70036176(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCATGTCGGC
SmilChr01G005287 Chr01 NC_080387.1:70218697-70218706promoter 内 1611-1620 bp + 2381 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 70221087-70222094(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACACAA
SmilChr01G004049 Chr01 NC_080387.1:58942972-58942981promoter 内 1579-1588 bp - 2413 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 58927254-58940559(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACACAA
SmilChr02G002097 Chr02 NC_080388.1:37656645-37656654promoter 内 1455-1464 bp - 2537 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 37652262-37654108(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACATGC
SmilChr02G002106 Chr02 NC_080388.1:37757430-37757439promoter 内 1448-1457 bp - 2544 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 37759983-37770656(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCATGTCGGC
SmilChr02G003960 Chr02 NC_080388.1:61767942-61767951promoter 内 1394-1403 bp + 2598 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 61770549-61774436(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACATGC
SmilChr01G006051 Chr01 NC_080387.1:76010100-76010109promoter 内 1316-1325 bp + 2676 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 76012785-76016993(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACATGC
SmilChr01G003258 Chr01 NC_080387.1:51291754-51291763promoter 内 1255-1264 bp + 2737 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 51287959-51289017(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCATGTCGGC
SmilChr02G000619 Chr02 NC_080388.1:9065384-9065393promoter 内 1055-1064 bp - 2937 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 9068330-9069128(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCATGTCGGC
SmilChr01G002048 Chr01 NC_080387.1:36295542-36295551promoter 内 1048-1057 bp - 2944 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 36289954-36292598(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACACAA
SmilChr03G000863 Chr03 NC_080389.1:9834385-9834394promoter 内 911-920 bp + 3081 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 9837475-9839163(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACATGC
SmilChr01G003961 Chr01 NC_080387.1:57999757-57999766promoter 内 785-794 bp - 3207 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 58002973-58005486(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCATGTCGGC
SmilChr02G000753 Chr02 NC_080388.1:12268453-12268462promoter 内 782-791 bp + 3210 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 12271672-12277517(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACACAA
SmilChr01G002947 Chr01 NC_080387.1:48347882-48347891promoter 内 535-544 bp + 3457 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 48339572-48344425(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCATGTCGGC
SmilChr02G004533 Chr02 NC_080388.1:67906614-67906623promoter 内 533-542 bp + 3459 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 67898323-67903155(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCATGTCGGC
SmilChr01G003828 Chr01 NC_080387.1:56623992-56624001promoter 内 481-490 bp + 3511 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 56627512-56628928(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACATGC
SmilChr01G001450 Chr01 NC_080387.1:28193223-28193232promoter 内 478-487 bp + 3514 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 28196746-28198342(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACATGC
SmilChr01G004509 Chr01 NC_080387.1:63175465-63175474promoter 内 424-433 bp + 3568 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 63179042-63182578(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACACAA
SmilChr01G005247 Chr01 NC_080387.1:69978806-69978815promoter 内 303-312 bp - 3689 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 69982504-69983413(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTGTGTCGGC
SmilChr02G000819 Chr02 NC_080388.1:13794987-13794996promoter 内 3392-3401 bp - 600 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 4 13793998-13794387(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAGAG
SmilChr02G000384 Chr02 NC_080388.1:4793335-4793344promoter 内 3375-3384 bp + 617 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 4 4793961-4795480(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAATT
SmilChr02G003895 Chr02 NC_080388.1:61044331-61044340promoter 内 2261-2270 bp + 1731 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 4 61046071-61049536(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAGAG
SmilChr02G003007 Chr02 NC_080388.1:50703808-50703817promoter 内 3625-3634 bp + 367 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 3 50704184-50705021(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAATT
SmilChr03G000044 Chr03 NC_080389.1:492111-492120promoter 内 3461-3470 bp - 531 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 3 487964-491580(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAATT
SmilChr01G003268 Chr01 NC_080387.1:51362470-51362479promoter 内 3398-3407 bp - 594 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 3 51363073-51369146(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CATTGTCGGC
SmilChr01G005571 Chr01 NC_080387.1:72478293-72478302promoter 内 3331-3340 bp + 661 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 3 72478963-72481254(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACATAG
SmilChr02G001348 Chr02 NC_080388.1:25182066-25182075promoter 内 3214-3223 bp + 778 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 3 25182853-25183197(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAGAG
SmilChr02G000272 Chr02 NC_080388.1:3514395-3514404promoter 内 2966-2975 bp + 1026 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 3 3509153-3513369(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATATGTCGGC
SmilChr02G000264 Chr02 NC_080388.1:3421561-3421570promoter 内 2936-2945 bp - 1056 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 3 3422626-3423363(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATCTGTCGGC
SmilChr01G005177 Chr01 NC_080387.1:69505629-69505638promoter 内 2656-2665 bp + 1336 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 3 69506974-69508217(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAATT
SmilChr02G001114 Chr02 NC_080388.1:20110433-20110442promoter 内 2407-2416 bp + 1585 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 3 20105086-20108848(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CATTGTCGGC
SmilChr02G003697 Chr02 NC_080388.1:58430166-58430175promoter 内 2359-2368 bp + 1633 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 3 58431808-58433480(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAATG
SmilChr02G005034 Chr02 NC_080388.1:72055291-72055300promoter 内 1844-1853 bp - 2148 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 3 72057448-72058671(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AATTGTCGGC
SmilChr01G001604 Chr01 NC_080387.1:30207136-30207145promoter 内 1777-1786 bp + 2215 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 3 30200381-30204921(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATATGTCGGC
SmilChr01G004950 Chr01 NC_080387.1:67586814-67586823promoter 内 1656-1665 bp + 2336 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 3 67582362-67584478(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CTATGTCGGC
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