转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G001252; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00025976-RA_Salv SmilChr03G001252 bZIP XP_057802461.1 MP00291 AATGGTCACGTGGCA

可能结合的靶基因

9321 个结合位点 6894 个候选靶基因 第 47 / 138 下载 TSV

上一页 47 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G000116 Chr07 NC_080393.1:647297-647311promoter 内 2766-2780 bp - 1221 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 645957-646076(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TTTGCCCACGTGGCT
SmilChr07G000117 Chr07 NC_080393.1:647297-647311promoter 内 2681-2695 bp - 1306 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 648617-654539(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTGGGCAAA
SmilChr07G002350 Chr07 NC_080393.1:21815696-21815710promoter 内 2663-2677 bp + 1324 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 21817034-21822704(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TTTGCCCACGTGGCT
SmilChr06G001208 Chr06 NC_080392.1:12360684-12360698promoter 内 2537-2551 bp + 1450 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 12362148-12366041(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TTTGCCCACGTGGCT
SmilChr06G001165 Chr06 NC_080392.1:11873343-11873357promoter 内 2333-2347 bp - 1654 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 11868929-11871689(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 ATCACTGACGTGGCA
SmilChr01G003464 Chr01 NC_080387.1:53216073-53216087promoter 内 2226-2240 bp - 1761 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 53217848-53222611(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTAGGCTAA
SmilChr01G003465 Chr01 NC_080387.1:53216073-53216087promoter 内 2221-2235 bp - 1766 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 53217853-53218458(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTAGGCTAA
SmilChr06G000762 Chr06 NC_080392.1:7069777-7069791promoter 内 2187-2201 bp + 1800 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 7058574-7067977(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTAGGCTAA
SmilChr07G002527 Chr07 NC_080393.1:23936787-23936801promoter 内 2071-2085 bp + 1916 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 23933438-23934871(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTGTGTTTT
SmilChr04G000767 Chr04 NC_080390.1:9385215-9385229promoter 内 1875-1889 bp + 2112 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 9387341-9389181(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TTTGCCCACGTGGCT
SmilChr01G004990 Chr01 NC_080387.1:67929343-67929357promoter 内 1873-1887 bp - 2114 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 67924853-67927229(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TTAGCCTACGTGGCA
SmilChr07G000115 Chr07 NC_080393.1:647297-647311promoter 内 1660-1674 bp - 2327 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 644810-644970(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TTTGCCCACGTGGCT
SmilChr08G001681 Chr08 NC_080394.1:14036787-14036801promoter 内 1625-1639 bp - 2362 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 14039163-14040107(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTCGAATAA
SmilChr05G002132 Chr05 NC_080391.1:22413159-22413173promoter 内 1522-1536 bp + 2465 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 22415638-22421688(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CTTGGTCACGTGGAA
SmilChr02G002241 Chr02 NC_080388.1:39756016-39756030promoter 内 1495-1509 bp + 2492 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 39758522-39774632(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TTAGCCTACGTGGCA
SmilChr02G000205 Chr02 NC_080388.1:2652401-2652415promoter 内 1483-1497 bp + 2504 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 2654919-2668502(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TTAGCCTACGTGGCA
SmilChr01G004600 Chr01 NC_080387.1:63992884-63992898promoter 内 1476-1490 bp - 2511 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 63989068-63990373(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGTGCACACGTGGCT
SmilChr01G004601 Chr01 NC_080387.1:63992884-63992898promoter 内 1458-1472 bp - 2529 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 63995427-64002877(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTGTGCACC
SmilChr07G000094 Chr07 NC_080393.1:511168-511182promoter 内 1273-1287 bp - 2714 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 513896-516133(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTGGATAAC
SmilChr05G000748 Chr05 NC_080391.1:5794325-5794339promoter 内 1041-1055 bp + 2946 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 5797285-5801799(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TTAGCCTACGTGGCA
SmilChr04G001760 Chr04 NC_080390.1:28928598-28928612promoter 内 1039-1053 bp + 2948 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 28931560-28934161(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TTAGCCTACGTGGCA
SmilChr07G001476 Chr07 NC_080393.1:11608680-11608694promoter 内 968-982 bp + 3019 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 11601920-11605661(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTAGGCTAA
SmilChr03G003569 Chr03 NC_080389.1:54344003-54344017promoter 内 958-972 bp + 3029 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 54340606-54340974(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTAGGCTAA
SmilChr02G002668 Chr02 NC_080388.1:46183844-46183858promoter 内 920-934 bp + 3067 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 46186925-46187875(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TTTGCCCACGTGGCT
SmilChr03G004430 Chr03 NC_080389.1:62454400-62454414promoter 内 881-895 bp - 3106 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 62457520-62460404(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTAGGCTAA
SmilChr02G004564 Chr02 NC_080388.1:68160129-68160143promoter 内 341-355 bp - 3646 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 68151567-68156483(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TTAGCCTACGTGGCA
SmilChr05G004181 Chr05 NC_080391.1:55722140-55722154promoter 内 3914-3928 bp + 73 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 55717150-55722067(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTCAGTGAT
SmilChr07G002479 Chr07 NC_080393.1:23389692-23389706promoter 内 3902-3916 bp - 85 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 23389791-23391061(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGCCACGTCACAAGC
SmilChr04G000302 Chr04 NC_080390.1:2792793-2792807promoter 内 3865-3879 bp - 122 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 2792929-2793843(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTCTAATTC
SmilChr02G004853 Chr02 NC_080388.1:70681298-70681312promoter 内 3773-3787 bp + 214 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 70681526-70683890(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TTTGCCCACGTGGCT
SmilChr05G001098 Chr05 NC_080391.1:9145233-9145247promoter 内 3759-3773 bp - 228 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 9145475-9147912(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTGTGTTTT
SmilChr04G002662 Chr04 NC_080390.1:42024399-42024413promoter 内 3676-3690 bp + 311 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 42023639-42024088(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTCTGTGCC
SmilChr04G001005 Chr04 NC_080390.1:14006549-14006563promoter 内 3626-3640 bp + 361 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 14006924-14011746(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AACTTCGACGTGGCA
SmilChr07G001956 Chr07 NC_080393.1:17017078-17017092promoter 内 3605-3619 bp - 382 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 17015538-17016696(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TTTGCCCACGTGGCT
SmilChr07G003311 Chr07 NC_080393.1:35146031-35146045promoter 内 3587-3601 bp + 400 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 35146445-35153528(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TTTGCCCACGTGGCT
SmilChr05G003516 Chr05 NC_080391.1:46973625-46973639promoter 内 3572-3586 bp + 415 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 46974054-46983052(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TCTACTGACGTGGCA
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