转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G003761; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009735-RA_Salv SmilChr03G003761 WRKY XP_057798625.1 MP00525 AAAGTCAACGC

可能结合的靶基因

9838 个结合位点 7235 个候选靶基因 第 5 / 145 下载 TSV

上一页 5 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G001983 Chr04 NC_080390.1:32094482-32094492promoter 内 452-462 bp - 3539 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 2 32098031-32108776(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCGTTGACTTT
SmilChr01G002525 Chr01 NC_080387.1:43221246-43221256promoter 内 416-426 bp - 3575 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 2 43224831-43231129(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCGTTGACTTT
SmilChr02G004771 Chr02 NC_080388.1:69891712-69891722promoter 内 411-421 bp + 3580 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 2 69880677-69888132(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCGTTGACTTT
SmilChr02G003714 Chr02 NC_080388.1:58747090-58747100promoter 内 344-354 bp + 3647 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 2 58741135-58743443(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCGTTGACTTT
SmilChr03G004737 Chr03 NC_080389.1:64506607-64506617promoter 内 331-341 bp + 3660 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 2 64495204-64502947(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCGTTGACTTT
SmilChr02G004287 Chr02 NC_080388.1:65184415-65184425promoter 内 234-244 bp + 3757 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 2 65174032-65180658(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCGTTGACTTT
SmilChr02G001393 Chr02 NC_080388.1:26466758-26466768promoter 内 3942-3952 bp + 49 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 26466817-26470187(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AAAGTCAACGA
SmilChr02G002600 Chr02 NC_080388.1:45123520-45123530promoter 内 3873-3883 bp - 118 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 45123648-45124607(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCGTTGACTTT
SmilChr04G000439 Chr04 NC_080390.1:4647794-4647804promoter 内 3821-3831 bp - 170 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 4647974-4659034(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCGTTGACTTT
SmilChr02G003968 Chr02 NC_080388.1:61824707-61824717promoter 内 3702-3712 bp + 289 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 61823186-61824418(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCGTTGACTTT
SmilChr01G004471 Chr01 NC_080387.1:62805073-62805083promoter 内 3694-3704 bp + 297 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 62801628-62804776(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCGTTGACTTT
SmilChr01G002760 Chr01 NC_080387.1:46001254-46001264promoter 内 3508-3518 bp - 483 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 46001747-46006775(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCGTTGACTTT
SmilChr04G002965 Chr04 NC_080390.1:46021076-46021086promoter 内 3401-3411 bp - 590 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 46016086-46020486(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AAAGTCAACGA
SmilChr01G001821 Chr01 NC_080387.1:33150082-33150092promoter 内 3379-3389 bp + 612 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 33147058-33149470(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCGTTGACTTT
SmilChr01G003216 Chr01 NC_080387.1:50947238-50947248promoter 内 3357-3367 bp - 634 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 50942992-50946604(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AAAGTCAACGA
SmilChr04G002344 Chr04 NC_080390.1:37802197-37802207promoter 内 3348-3358 bp + 643 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 37802850-37807900(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AAAGTCAACGA
SmilChr04G003131 Chr04 NC_080390.1:47906051-47906061promoter 内 3319-3329 bp - 672 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 47903741-47905379(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AAAGTCAACGA
SmilChr01G002447 Chr01 NC_080387.1:42064078-42064088promoter 内 3261-3271 bp + 730 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 42058999-42063348(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCGTTGACTTT
SmilChr02G003085 Chr02 NC_080388.1:51752937-51752947promoter 内 3167-3177 bp + 824 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 51753771-51754938(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AAAGTCAACGA
SmilChr04G002097 Chr04 NC_080390.1:33806830-33806840promoter 内 2995-3005 bp + 996 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 33807836-33814671(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AAAGTCAACGA
SmilChr03G000014 Chr03 NC_080389.1:142569-142579promoter 内 2981-2991 bp + 1010 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 143589-147616(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AAAGTCAACGA
SmilChr01G004623 Chr01 NC_080387.1:64254474-64254484promoter 内 2974-2984 bp - 1017 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 64255501-64262368(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCGTTGACTTT
SmilChr04G000158 Chr04 NC_080390.1:1383037-1383047promoter 内 2939-2949 bp + 1052 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 1379306-1381985(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCGTTGACTTT
SmilChr01G003039 Chr01 NC_080387.1:49384129-49384139promoter 内 2885-2895 bp + 1106 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 49382181-49383023(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCGTTGACTTT
SmilChr02G005160 Chr02 NC_080388.1:72945792-72945802promoter 内 2841-2851 bp - 1150 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 72946952-72949072(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCGTTGACTTT
SmilChr04G000159 Chr04 NC_080390.1:1383037-1383047promoter 内 2730-2740 bp + 1261 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 1384308-1388081(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AAAGTCAACGA
SmilChr01G001035 Chr01 NC_080387.1:21501549-21501559promoter 内 2651-2661 bp + 1340 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 21502899-21503822(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GAAGTCAACGG
SmilChr02G003086 Chr02 NC_080388.1:51752937-51752947promoter 内 2609-2619 bp + 1382 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 51754329-51754979(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AAAGTCAACGA
SmilChr01G003462 Chr01 NC_080387.1:53202401-53202411promoter 内 2559-2569 bp - 1432 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 53203843-53208512(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCGTTGACTTT
SmilChr04G003174 Chr04 NC_080390.1:48424425-48424435promoter 内 2523-2533 bp - 1468 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 48417993-48422957(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AAAGTCAACGA
SmilChr04G003041 Chr04 NC_080390.1:46910839-46910849promoter 内 2509-2519 bp + 1482 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 46912331-46916851(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AAAGTCAACGA
SmilChr04G000069 Chr04 NC_080390.1:626974-626984promoter 内 2436-2446 bp + 1555 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 622735-625419(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCGTTGACTTT
SmilChr04G003489 Chr04 NC_080390.1:51346892-51346902promoter 内 2420-2430 bp + 1571 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 51341850-51345321(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCGTTGACTTT
SmilChr02G002650 Chr02 NC_080388.1:45918397-45918407promoter 内 2413-2423 bp - 1578 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 45914689-45916819(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AAAGTCAACGA
SmilChr02G001852 Chr02 NC_080388.1:33739907-33739917promoter 内 2376-2386 bp - 1615 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 33741532-33744438(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 CCGTTGACTTC
SmilChr02G002605 Chr02 NC_080388.1:45195184-45195194promoter 内 2376-2386 bp - 1615 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 45191483-45193569(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AAAGTCAACGA
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