转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 5 / 121 下载 TSV

上一页 5 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000674 Chr03 NC_080389.1:7543064-7543078promoter 内 3190-3204 bp + 797 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 7540437-7542267(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTAGACTC
SmilChr01G000203 Chr01 NC_080387.1:3482226-3482240promoter 内 2918-2932 bp - 1069 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 3483309-3484678(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTAGACTC
SmilChr02G001880 Chr02 NC_080388.1:34124660-34124674promoter 内 2735-2749 bp - 1252 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 34122199-34123408(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCTCCAGATCTGAA
SmilChr03G000710 Chr03 NC_080389.1:7887957-7887971promoter 内 2734-2748 bp - 1253 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 7889224-7889565(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTGGAGCC
SmilChr03G000709 Chr03 NC_080389.1:7887957-7887971promoter 内 1634-1648 bp - 2353 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 7878409-7885604(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCTCCAGATCTGGA
SmilChr04G002238 Chr04 NC_080390.1:36145629-36145643promoter 内 1309-1323 bp + 2678 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 36142056-36142951(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTAGACTC
SmilChr02G001881 Chr02 NC_080388.1:34124660-34124674promoter 内 1156-1170 bp - 2831 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 34127505-34128953(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTGGAGCT
SmilChr01G001744 Chr01 NC_080387.1:32130973-32130987promoter 内 774-788 bp - 3213 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 32127392-32127760(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCTCCAGATCTGAA
SmilChr05G001653 Chr05 NC_080391.1:15606753-15606767promoter 内 691-705 bp - 3296 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 15610063-15611712(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGGACAC
SmilChr02G002279 Chr02 NC_080388.1:40285026-40285040promoter 内 130-144 bp + 3857 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 40280312-40281169(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTGGAGCT
SmilChr02G001067 Chr02 NC_080388.1:18997288-18997302promoter 内 3890-3904 bp + 97 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 18990958-18997191(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTAGACTC
SmilChr02G001954 Chr02 NC_080388.1:35254075-35254089promoter 内 3861-3875 bp + 126 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 35252986-35253949(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTAGACTC
SmilChr03G001854 Chr03 NC_080389.1:25528018-25528032promoter 内 3467-3481 bp + 520 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 25527080-25527498(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTAGACTC
SmilChr01G000732 Chr01 NC_080387.1:16288681-16288695promoter 内 3354-3368 bp + 633 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 16287167-16288048(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTAGACTC
SmilChr04G001586 Chr04 NC_080390.1:26362123-26362137promoter 内 2878-2892 bp - 1109 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 26363246-26364595(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTAGACTC
SmilChr02G000655 Chr02 NC_080388.1:9937086-9937100promoter 内 2671-2685 bp + 1316 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 9933779-9935770(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTAGATTT
SmilChr04G000536 Chr04 NC_080390.1:5957429-5957443promoter 内 2592-2606 bp - 1395 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 5958838-5964118(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTAGATAT
SmilChr02G001983 Chr02 NC_080388.1:35781455-35781469promoter 内 1497-1511 bp + 2490 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 35777989-35778965(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTAGACTC
SmilChr02G001068 Chr02 NC_080388.1:18997288-18997302promoter 内 1019-1033 bp + 2968 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 18992446-18994320(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTAGACTC
SmilChr03G002641 Chr03 NC_080389.1:42015682-42015696promoter 内 3143-3157 bp + 844 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 5 42016540-42016929(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGATTCAGATCTGGG
SmilChr03G002642 Chr03 NC_080389.1:42015682-42015696promoter 内 2543-2557 bp + 1444 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 5 42017140-42020606(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGATTCAGATCTGGG
SmilChr01G000024 Chr01 NC_080387.1:450481-450495promoter 内 3436-3450 bp - 551 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 451046-452337(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGAAACT
SmilChr04G000733 Chr04 NC_080390.1:8734164-8734178promoter 内 2619-2633 bp + 1368 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 8728890-8732796(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTGGCTCT
SmilChr05G001045 Chr05 NC_080391.1:8556107-8556121promoter 内 2262-2276 bp - 1725 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 8557846-8559583(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTAGTTCT
SmilChr04G003465 Chr04 NC_080390.1:51133850-51133864promoter 内 931-945 bp - 3056 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 51136920-51144915(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTGGATCG
SmilChr01G005590 Chr01 NC_080387.1:72562904-72562918promoter 内 3387-3401 bp - 600 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 72558686-72562304(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGTTTCGGATCTGAG
SmilChr01G005589 Chr01 NC_080387.1:72562904-72562918promoter 内 693-707 bp - 3294 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 72558686-72559610(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGTTTCGGATCTGAG
SmilChr02G002124 Chr02 NC_080388.1:38009499-38009513promoter 内 242-256 bp + 3745 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 38013258-38015255(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGAATCGGATCTGAG
SmilChr01G005781 Chr01 NC_080387.1:73928104-73928118promoter 内 215-229 bp + 3772 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 73921078-73924332(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTAAATCT
SmilChr01G005782 Chr01 NC_080387.1:73931978-73931992promoter 内 205-219 bp + 3782 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 73924827-73928196(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTAAATCT
SmilChr04G003965 Chr04 NC_080390.1:55144297-55144311promoter 内 57-71 bp - 3930 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 55138128-55140367(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGATCCGGATCTGAA
SmilChr04G002605 Chr04 NC_080390.1:41456401-41456415promoter 内 2360-2374 bp - 1627 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 5 41458042-41461411(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGCAGATCTGGTTCT
SmilChr04G001988 Chr04 NC_080390.1:32181442-32181456promoter 内 1629-1643 bp + 2358 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 5 32177864-32179084(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCAAATCC
SmilChr04G002742 Chr04 NC_080390.1:43079092-43079106promoter 内 331-345 bp - 3656 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 5 43082762-43085372(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGCAGATCTGGTTCT
SmilChr02G001236 Chr02 NC_080388.1:22725723-22725737promoter 内 3518-3532 bp - 469 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 3 22717250-22725254(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGAACCAGATCTGCG
SmilChr03G000450 Chr03 NC_080389.1:4816240-4816254promoter 内 3462-3476 bp - 525 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 3 4816779-4817934(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTAAATCT
SmilChr01G000015 Chr01 NC_080387.1:309349-309363promoter 内 2682-2696 bp - 1305 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 3 304530-308044(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GATTCTAGATCTGAG
SmilChr02G002998 Chr02 NC_080388.1:50663225-50663239promoter 内 2524-2538 bp + 1463 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 3 50658167-50661762(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CACAGATCTAGATCC
SmilChr02G000302 Chr02 NC_080388.1:3833677-3833691promoter 内 2102-2116 bp - 1885 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 3 3828212-3831792(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGAACCAGATCTGCG
SmilChr03G001483 Chr03 NC_080389.1:17887104-17887118promoter 内 1505-1519 bp - 2482 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 3 17889600-17890909(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTTAGATCTAGATCT
SmilChr03G002255 Chr03 NC_080389.1:35495948-35495962promoter 内 3514-3528 bp - 473 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 35496435-35498673(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTTAGATCTAGATCT
SmilChr02G000303 Chr02 NC_080388.1:3833677-3833691promoter 内 3423-3437 bp - 564 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 3834255-3838689(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGCAGATCTGGTTCT
SmilChr03G001029 Chr03 NC_080389.1:12010388-12010402promoter 内 3335-3349 bp + 652 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 12008590-12009736(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTAAATCT
SmilChr01G002494 Chr01 NC_080387.1:42692253-42692267promoter 内 1948-1962 bp + 2039 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 42685787-42690214(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGCAGATCTGGTTCT
SmilChr02G005577 Chr02 NC_080388.1:75621691-75621705promoter 内 1539-1553 bp + 2448 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 75624153-75625917(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGATATAGATCTGAG
SmilChr02G001151 Chr02 NC_080388.1:20967277-20967291promoter 内 773-787 bp + 3214 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 20970505-20972712(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGAACCAGATCTGCG
SmilChr02G002999 Chr02 NC_080388.1:50663225-50663239promoter 内 11-25 bp + 3976 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 50667215-50669990(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGATCTAGATCTGTG
SmilChr02G000795 Chr02 NC_080388.1:13141406-13141420promoter 内 3980-3994 bp + 7 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 13140986-13141399(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCAAATCC
SmilChr03G003268 Chr03 NC_080389.1:50613491-50613505promoter 内 2154-2168 bp - 1833 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 50609797-50611658(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATCTGGATCTGAA
SmilChr04G000234 Chr04 NC_080390.1:2082116-2082130promoter 内 1763-1777 bp + 2224 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 2074561-2079892(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCGGACCG