转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G003597; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008984-RA_Salv SmilChr07G003597 Nin-like XP_057773587.1 MP00449 ATTTGGCTTTTCGGA

可能结合的靶基因

9453 个结合位点 8096 个候选靶基因 第 54 / 162 下载 TSV

上一页 54 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002895 Chr02 NC_080388.1:49220891-49220905promoter 内 1124-1138 bp + 2863 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 49223768-49231532(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TAATGGCTTTTGAAC
SmilChr04G002529 Chr04 NC_080390.1:40366809-40366823promoter 内 1087-1101 bp + 2900 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 40362913-40363909(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GTCGAAAAGGCAGAA
SmilChr08G000507 Chr08 NC_080394.1:3704350-3704364promoter 内 981-995 bp + 3006 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 3707370-3709422(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TAATGGCTTTTGATA
SmilChr07G002300 Chr07 NC_080393.1:21310700-21310714promoter 内 884-898 bp - 3103 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 21313817-21317402(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CACGAAAAGCCGGAG
SmilChr01G001784 Chr01 NC_080387.1:32725648-32725662promoter 内 850-864 bp + 3137 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 32728799-32731830(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ATTTGGCTTTTTGAA
SmilChr02G004533 Chr02 NC_080388.1:67906309-67906323promoter 内 833-847 bp + 3154 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 67898323-67903155(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ATCGAAAAGGCAGAA
SmilChr02G004234 Chr02 NC_080388.1:64516663-64516677promoter 内 824-838 bp + 3163 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 64519840-64521118(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CATCGGCTTTTCGTC
SmilChr05G002220 Chr05 NC_080391.1:23736428-23736442promoter 内 795-809 bp + 3192 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 23731269-23733236(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ATCGAAAAGTCGAAA
SmilChr02G004535 Chr02 NC_080388.1:67906309-67906323promoter 内 691-705 bp + 3296 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 67909619-67911240(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTCTGCCTTTTCGAT
SmilChr05G003418 Chr05 NC_080391.1:45405323-45405337promoter 内 646-660 bp - 3341 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 45400912-45401982(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CATCGGCTTTTCGTT
SmilChr07G003956 Chr07 NC_080393.1:50145233-50145247promoter 内 567-581 bp - 3420 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 50148667-50156310(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ATCGAAAAGACAATA
SmilChr07G001248 Chr07 NC_080393.1:9590648-9590662promoter 内 546-560 bp - 3441 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 9594103-9598473(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCCGAAACGGCACTA
SmilChr04G000137 Chr04 NC_080390.1:1172424-1172438promoter 内 536-550 bp - 3451 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 1175889-1178517(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AGCGAAAAGTCAGCT
SmilChr04G003402 Chr04 NC_080390.1:50591033-50591047promoter 内 517-531 bp - 3470 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 50594517-50595143(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ATCGAAAAGTCACGC
SmilChr04G001751 Chr04 NC_080390.1:28831165-28831179promoter 内 438-452 bp - 3549 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 28826880-28827616(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTTTGGCTTTTGCTG
SmilChr04G003454 Chr04 NC_080390.1:51028606-51028620promoter 内 430-444 bp - 3557 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 51021581-51025049(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTCCGACTTTTCGGC
SmilChr04G001775 Chr04 NC_080390.1:29184313-29184327promoter 内 425-439 bp + 3562 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 29187889-29190742(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTTTGGCTTTTGCTG
SmilChr08G000926 Chr08 NC_080394.1:6834538-6834552promoter 内 424-438 bp + 3563 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 6838115-6840794(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GATTGGCTTTTGCTG
SmilChr02G000007 Chr02 NC_080388.1:65618-65632promoter 内 394-408 bp - 3593 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 60632-62025(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TGTTGGCTTTTGATC
SmilChr02G003829 Chr02 NC_080388.1:59942703-59942717promoter 内 391-405 bp + 3596 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 59946313-59947037(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTCTGGCTTTTCCCG
SmilChr08G001999 Chr08 NC_080394.1:17726837-17726851promoter 内 330-344 bp - 3657 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 17730508-17734003(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TACCAAAAGCCAGGA
SmilChr03G003960 Chr03 NC_080389.1:58650081-58650095promoter 内 323-337 bp - 3664 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 58638148-58646417(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ATTTGGCTCTTTGTA
SmilChr06G000081 Chr06 NC_080392.1:610176-610190promoter 内 273-287 bp + 3714 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 603449-606462(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTCAAAGAGCCAAAA
SmilChr01G001931 Chr01 NC_080387.1:34469167-34469181promoter 内 255-269 bp + 3732 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 34472913-34474261(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TGCTGGCTTTTGGCT
SmilChr01G005578 Chr01 NC_080387.1:72506056-72506070promoter 内 215-229 bp - 3772 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 72509842-72511262(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ATCGAAAAGACAATA
SmilChr08G001722 Chr08 NC_080394.1:14474510-14474524promoter 内 178-192 bp - 3809 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 14469919-14470701(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TGATGGCTTTTCATC
SmilChr07G003899 Chr07 NC_080393.1:49032730-49032744promoter 内 145-159 bp + 3842 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 49036586-49042506(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTTTGTCTTTTCGAA
SmilChr02G002980 Chr02 NC_080388.1:50374062-50374076promoter 内 124-138 bp - 3863 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 50364624-50370199(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ATTTGGCTTTTTGAA
SmilChr04G002947 Chr04 NC_080390.1:45797293-45797307promoter 内 82-96 bp - 3905 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 45801212-45802033(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GGCGAAAAGCCGCCC
SmilChr04G002528 Chr04 NC_080390.1:40366809-40366823promoter 内 72-86 bp + 3915 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 40362097-40362894(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GTCGAAAAGGCAGAA
SmilChr01G003183 Chr01 NC_080387.1:50603014-50603028promoter 内 1883-1897 bp + 2104 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 7 50600254-50600910(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GCAGAAAAGCCAAAA
SmilChr05G000859 Chr05 NC_080391.1:6792658-6792672promoter 内 2430-2444 bp - 1557 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 6 6794229-6794827(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GCAGAAAAGCCAAAA
SmilChr07G000657 Chr07 NC_080393.1:4432301-4432315promoter 内 2395-2409 bp - 1592 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 6 4433907-4434359(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GCAGAAAAGCCAAAA
SmilChr06G000769 Chr06 NC_080392.1:7188043-7188057promoter 内 2055-2069 bp + 1932 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 6 7185653-7186111(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GCAGAAAAGCCAAAA
SmilChr01G004048 Chr01 NC_080387.1:58914409-58914423promoter 内 2309-2323 bp - 1678 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 5 58916101-58916997(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ACAGAAAAGCCAAAA
SmilChr04G001634 Chr04 NC_080390.1:27121634-27121648promoter 内 2022-2036 bp + 1965 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 5 27117745-27119669(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GCAGAAAAGCCAAAA
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