转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G003267; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00018221-RA_Salv SmilChr08G003267 MYB XP_057779249.1 MP00406 AAAAAATTAGGTAAA

可能结合的靶基因

9917 个结合位点 7839 个候选靶基因 第 56 / 157 下载 TSV

上一页 56 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G004716 Chr03 NC_080389.1:64404544-64404558promoter 内 3326-3340 bp + 661 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 64401609-64403883(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TGTACCTAATAATAA
SmilChr01G004218 Chr01 NC_080387.1:60571199-60571213promoter 内 3248-3262 bp - 739 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 60571952-60575509(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 CGTACCTAAATTTTG
SmilChr01G002363 Chr01 NC_080387.1:40783490-40783504promoter 内 2883-2897 bp + 1104 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 40781386-40782386(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TCCACCTAATTAATG
SmilChr02G004987 Chr02 NC_080388.1:71746444-71746458promoter 内 2815-2829 bp - 1172 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 71747630-71751236(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TGTACCTAATAATAA
SmilChr02G002186 Chr02 NC_080388.1:39061872-39061886promoter 内 2798-2812 bp - 1189 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 39063075-39063960(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 GATACCTAATATCAC
SmilChr01G002371 Chr01 NC_080387.1:40903961-40903975promoter 内 2688-2702 bp - 1299 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 40893647-40902662(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 CATTAATTAGGTGGA
SmilChr02G002278 Chr02 NC_080388.1:40266979-40266993promoter 内 2513-2527 bp - 1474 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 40268467-40269588(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 GAGACCTAATTTGTT
SmilChr03G003100 Chr03 NC_080389.1:48063489-48063503promoter 内 2361-2375 bp - 1626 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 48065129-48068124(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 GTTGCCTAATTTTTG
SmilChr01G004820 Chr01 NC_080387.1:66386115-66386129promoter 内 2343-2357 bp + 1644 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 66387773-66391211(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 AATTAATTAGGTGCG
SmilChr01G001784 Chr01 NC_080387.1:32726954-32726968promoter 内 2156-2170 bp - 1831 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 32728799-32731830(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 ATTACCTAACAATAT
SmilChr02G004643 Chr02 NC_080388.1:68873124-68873138promoter 内 2072-2086 bp + 1915 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 68869654-68871209(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TTAACCTAATTTCTA
SmilChr01G002882 Chr01 NC_080387.1:47436909-47436923promoter 内 2070-2084 bp + 1917 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 47438840-47442897(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TTAGAATTAGGTAAA
SmilChr04G003857 Chr04 NC_080390.1:54514739-54514753promoter 内 1961-1975 bp + 2026 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 54516779-54517998(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 GATTTATTAGGTAAT
SmilChr02G005214 Chr02 NC_080388.1:73341245-73341259promoter 内 1674-1688 bp + 2313 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 73343572-73345894(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 AACATGTTAGGTAGT
SmilChr01G004597 Chr01 NC_080387.1:63950115-63950129promoter 内 1591-1605 bp - 2396 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 63944759-63947719(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 GGAAAATTAGGTTTG
SmilChr01G002881 Chr01 NC_080387.1:47436909-47436923promoter 内 1590-1604 bp + 2397 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 47431042-47434512(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TTTACCTAATTCTAA
SmilChr02G003949 Chr02 NC_080388.1:61653307-61653321promoter 内 1477-1491 bp + 2510 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 61650183-61650797(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 AAGACCTAATTTCCC
SmilChr01G004217 Chr01 NC_080387.1:60571199-60571213promoter 内 1453-1467 bp - 2534 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 60565055-60568665(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 CAAAATTTAGGTACG
SmilChr02G004193 Chr02 NC_080388.1:64249188-64249202promoter 内 1324-1338 bp + 2663 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 64251865-64253084(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 AATAATTTAGGTAGA
SmilChr01G002362 Chr01 NC_080387.1:40783490-40783504promoter 内 1253-1267 bp + 2734 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 40777094-40780756(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TCCACCTAATTAATG
SmilChr05G001943 Chr05 NC_080391.1:19796529-19796543promoter 内 1227-1241 bp - 2760 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 19789373-19793769(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 GATTTATTAGGTAAT
SmilChr03G002860 Chr03 NC_080389.1:45203793-45203807promoter 内 1035-1049 bp - 2952 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 45197546-45200841(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TATTAATTAGGTCTG
SmilChr02G002184 Chr02 NC_080388.1:39061872-39061886promoter 内 988-1002 bp - 2999 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 39057442-39058873(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 GTGATATTAGGTATC
SmilChr02G000101 Chr02 NC_080388.1:1299727-1299741promoter 内 897-911 bp - 3090 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 1293366-1296637(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 CATAAATTAGGTGTC
SmilChr04G002590 Chr04 NC_080390.1:41327656-41327670promoter 内 677-691 bp - 3310 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 41321268-41324346(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 ACATAATTAGGTGCG
SmilChr01G003507 Chr01 NC_080387.1:53644063-53644077promoter 内 449-463 bp - 3538 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 53647615-53653795(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 CCAACCTAATTTTAC
SmilChr02G005212 Chr02 NC_080388.1:73341245-73341259promoter 内 416-430 bp + 3571 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 73335162-73337674(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 ACTACCTAACATGTT
SmilChr01G005803 Chr01 NC_080387.1:74093451-74093465promoter 内 356-370 bp - 3631 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 74097096-74099868(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TTTGCCTAATTATTC
SmilChr05G000296 Chr05 NC_080391.1:2270706-2270720promoter 内 92-106 bp + 3895 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 2259730-2266811(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TATACCTAAATTTTA
SmilChr04G002591 Chr04 NC_080390.1:41327656-41327670promoter 内 3982-3996 bp - 5 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 41325877-41327651(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 ACATAATTAGGTGCG
SmilChr01G003931 Chr01 NC_080387.1:57597652-57597666promoter 内 3978-3992 bp + 9 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 57594909-57597643(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TAAACCTAATTTTGT
SmilChr03G001302 Chr03 NC_080389.1:15250065-15250079promoter 内 3954-3968 bp - 33 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 15248385-15250032(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TTAAAATTAGGTCCT
SmilChr04G000227 Chr04 NC_080390.1:2027349-2027363promoter 内 3888-3902 bp - 99 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 2025420-2027250(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 CCAATATTAGGTGAA
SmilChr02G004319 Chr02 NC_080388.1:65507878-65507892promoter 内 3875-3889 bp + 112 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 65508004-65510566(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 GCAAAATTAGGTGTT
SmilChr02G004872 Chr02 NC_080388.1:70805615-70805629promoter 内 3841-3855 bp - 146 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 70805775-70807636(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TGCACCTAATTTAAC
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