转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003973; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011986-RA_Salv SmilChr04G003973 HD-ZIP XP_057805857.1 MP00013 TAATGATTGG

可能结合的靶基因

9712 个结合位点 5927 个候选靶基因 第 58 / 119 下载 TSV

上一页 58 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004177 Chr02 NC_080388.1:64064551-64064560promoter 内 1357-1366 bp - 2635 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 64059365-64061916(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCATGATTGA
SmilChr01G002501 Chr01 NC_080387.1:42850274-42850283promoter 内 1356-1365 bp + 2636 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 42844910-42847638(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATGC
SmilChr02G002544 Chr02 NC_080388.1:44298963-44298972promoter 内 1317-1326 bp + 2675 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 44294146-44296288(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCAGTC
SmilChr01G004815 Chr01 NC_080387.1:66338178-66338187promoter 内 1279-1288 bp - 2713 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 66340900-66342508(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATGC
SmilChr02G000230 Chr02 NC_080388.1:2978282-2978291promoter 内 1240-1249 bp + 2752 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 2981043-2982776(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCATGATTGA
SmilChr01G002809 Chr01 NC_080387.1:46631882-46631891promoter 内 1209-1218 bp - 2783 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 46625784-46629099(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GACTGATTGG
SmilChr01G001129 Chr01 NC_080387.1:22958275-22958284promoter 内 1185-1194 bp - 2807 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 22961091-22964830(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATGC
SmilChr01G000584 Chr01 NC_080387.1:12604232-12604241promoter 内 1146-1155 bp + 2846 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 12599471-12601386(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATGC
SmilChr02G001267 Chr02 NC_080388.1:23227372-23227381promoter 内 1143-1152 bp + 2849 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 23223735-23224523(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATGC
SmilChr01G001232 Chr01 NC_080387.1:24770443-24770452promoter 内 1128-1137 bp + 2864 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 24762242-24767579(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATGC
SmilChr02G004091 Chr02 NC_080388.1:63181852-63181861promoter 内 1110-1119 bp - 2882 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 63178134-63178970(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCATGATTGA
SmilChr01G003015 Chr01 NC_080387.1:49182558-49182567promoter 内 1080-1089 bp + 2912 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 49178327-49179646(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATGC
SmilChr01G000731 Chr01 NC_080387.1:16270978-16270987promoter 内 1070-1079 bp + 2922 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 16265866-16268056(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATGC
SmilChr01G004125 Chr01 NC_080387.1:59735477-59735486promoter 内 1049-1058 bp - 2943 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 59738429-59750632(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATGC
SmilChr01G002532 Chr01 NC_080387.1:43324301-43324310promoter 内 958-967 bp + 3034 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 43327344-43329010(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GACTGATTGG
SmilChr01G003737 Chr01 NC_080387.1:55696102-55696111promoter 内 735-744 bp - 3257 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 55699368-55701398(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATGC
SmilChr02G001265 Chr02 NC_080388.1:23216217-23216226promoter 内 707-716 bp + 3285 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 23212039-23212932(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATGC
SmilChr01G005010 Chr01 NC_080387.1:68119100-68119109promoter 内 406-415 bp - 3586 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 68122695-68125175(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATGC
SmilChr01G000980 Chr01 NC_080387.1:20761328-20761337promoter 内 364-373 bp + 3628 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 20753926-20757700(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATGC
SmilChr01G001456 Chr01 NC_080387.1:28253983-28253992promoter 内 350-359 bp - 3642 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 28243438-28250341(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCATGATTGA
SmilChr01G005499 Chr01 NC_080387.1:71879625-71879634promoter 内 267-276 bp + 3725 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 71883359-71887955(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCATGATTGA
SmilChr01G000834 Chr01 NC_080387.1:18016773-18016782promoter 内 255-264 bp - 3737 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 18020519-18023491(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATGC
SmilChr02G001301 Chr02 NC_080388.1:24141007-24141016promoter 内 219-228 bp - 3773 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 24135664-24137234(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCATGATTGA
SmilChr01G001287 Chr01 NC_080387.1:25651564-25651573promoter 内 189-198 bp + 3803 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 25655376-25656574(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCATGATTGA
SmilChr01G003269 Chr01 NC_080387.1:51381005-51381014promoter 内 133-142 bp + 3859 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 51371398-51377146(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATGC
SmilChr02G001121 Chr02 NC_080388.1:20212831-20212840promoter 内 61-70 bp + 3931 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 20206755-20208900(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCAGTC
SmilChr01G003363 Chr01 NC_080387.1:52381710-52381719promoter 内 54-63 bp - 3938 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 52376428-52377772(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCATGATTGA
SmilChr02G000693 Chr02 NC_080388.1:11025433-11025442promoter 内 605-614 bp + 3387 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 15 11028829-11030714(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCATGATTGC
SmilChr01G003620 Chr01 NC_080387.1:54749647-54749656promoter 内 1478-1487 bp - 2514 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 4 54752170-54757040(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCAATCATGA
SmilChr01G000547 Chr01 NC_080387.1:11303769-11303778promoter 内 594-603 bp - 3398 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 4 11307176-11308469(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCAATCATGA
SmilChr02G001307 Chr02 NC_080388.1:24314767-24314776promoter 内 130-139 bp + 3862 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 4 24318638-24321474(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCATGATTGC
SmilChr01G000223 Chr01 NC_080387.1:3957527-3957536promoter 内 2219-2228 bp + 1773 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 3953812-3955754(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCAATCATGA
SmilChr01G003530 Chr01 NC_080387.1:53926692-53926701promoter 内 2040-2049 bp + 1952 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 53928653-53930473(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCATGATTGC
SmilChr02G001661 Chr02 NC_080388.1:30834341-30834350promoter 内 1861-1870 bp - 2131 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 30836481-30838937(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCAATCATGA
SmilChr02G001178 Chr02 NC_080388.1:21654727-21654736promoter 内 1298-1307 bp - 2694 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 21648406-21652033(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCATGATTGC
SmilChr02G000912 Chr02 NC_080388.1:15781104-15781113promoter 内 1241-1250 bp - 2751 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 15778015-15778353(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCATGATTGC
SmilChr02G000913 Chr02 NC_080388.1:15789098-15789107promoter 内 918-927 bp - 3074 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 15792181-15792287(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCAATCATGA
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SmilChr02G003651 Chr02 NC_080388.1:57907868-57907877promoter 内 3219-3228 bp - 773 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 57887944-57907095(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCATGATTGC
SmilChr02G000183 Chr02 NC_080388.1:2320720-2320729promoter 内 3205-3214 bp + 787 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 2321516-2326040(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCATGATTGC
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