转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00019539-RA_Salv SmilChr04G003955 ERF XP_057805828.1 MP00120 GATATTGTCGGTGGT

可能结合的靶基因

7514 个结合位点 6144 个候选靶基因 第 6 / 123 下载 TSV

上一页 6 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004786 Chr01 NC_080387.1:66082546-66082560promoter 内 1600-1614 bp - 2387 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 66084947-66086132(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACACAACA
SmilChr08G000916 Chr08 NC_080394.1:6786146-6786160promoter 内 1549-1563 bp + 2438 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 6781406-6783708(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACAAGGAC
SmilChr01G001761 Chr01 NC_080387.1:32339459-32339473promoter 内 1515-1529 bp - 2472 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 32341945-32346332(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACAGATCT
SmilChr08G002241 Chr08 NC_080394.1:20556199-20556213promoter 内 1465-1479 bp + 2522 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 20552907-20553677(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACACAACA
SmilChr06G002474 Chr06 NC_080392.1:35575046-35575060promoter 内 1261-1275 bp - 2726 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 35577786-35578736(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACAGATCT
SmilChr02G004155 Chr02 NC_080388.1:63873428-63873442promoter 内 1198-1212 bp + 2789 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 63869128-63870639(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACACAACA
SmilChr04G001750 Chr04 NC_080390.1:28824577-28824591promoter 内 1119-1133 bp - 2868 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 28819593-28821709(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TGTTGTGTCGGTGGA
SmilChr02G005449 Chr02 NC_080388.1:74849579-74849593promoter 内 1043-1057 bp - 2944 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 74843521-74846635(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCCTGTGTCGGTGGT
SmilChr02G004686 Chr02 NC_080388.1:69182082-69182096promoter 内 918-932 bp - 3069 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 69170025-69179013(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TGTTGTGTCGGTGGA
SmilChr01G002744 Chr01 NC_080387.1:45752210-45752224promoter 内 906-920 bp + 3081 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 45755305-45757162(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TGTTGTGTCGGTGGA
SmilChr06G000735 Chr06 NC_080392.1:6776690-6776704promoter 内 866-880 bp + 3121 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 6779825-6782999(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGATCTGTCGGTGGC
SmilChr01G002286 Chr01 NC_080387.1:39670943-39670957promoter 内 693-707 bp + 3294 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 39664252-39667649(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACAGCATC
SmilChr05G004190 Chr05 NC_080391.1:55792216-55792230promoter 内 680-694 bp + 3307 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 55795537-55798481(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCGGCGTCGGTGGT
SmilChr08G002857 Chr08 NC_080394.1:28407332-28407346promoter 内 667-681 bp + 3320 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 28410666-28414344(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TGTTGTGTCGGTGGA
SmilChr01G004522 Chr01 NC_080387.1:63349496-63349510promoter 内 537-551 bp + 3450 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 63342734-63346046(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACACAACA
SmilChr06G002346 Chr06 NC_080392.1:34153953-34153967promoter 内 502-516 bp - 3485 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 34146560-34150468(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGATCTGTCGGTGGC
SmilChr03G004712 Chr03 NC_080389.1:64378439-64378453promoter 内 498-512 bp + 3489 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 64372608-64374950(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACACAACA
SmilChr04G001046 Chr04 NC_080390.1:14873393-14873407promoter 内 209-223 bp + 3778 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 14877185-14877936(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GATCTTGTCGGTGGC
SmilChr03G000709 Chr03 NC_080389.1:7889404-7889418promoter 内 187-201 bp - 3800 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 7878409-7885604(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACAGTTGTCGGTGGC
SmilChr06G001302 Chr06 NC_080392.1:13555443-13555457promoter 内 3744-3758 bp - 243 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 13555700-13556164(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACGCATTC
SmilChr06G001300 Chr06 NC_080392.1:13555443-13555457promoter 内 3229-3243 bp - 758 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 13551704-13554685(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GAATGCGTCGGTGGC
SmilChr01G005440 Chr01 NC_080387.1:71522229-71522243promoter 内 3203-3217 bp - 784 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 71519011-71521445(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGAGTTGTCGGCGGC
SmilChr08G003871 Chr08 NC_080394.1:45793395-45793409promoter 内 2272-2286 bp + 1715 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 45789266-45791680(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACGACCCC
SmilChr04G004163 Chr04 NC_080390.1:56300362-56300376promoter 内 3772-3786 bp + 215 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 56300591-56302912(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GAGGTTGTCGGTGGA
SmilChr04G002003 Chr04 NC_080390.1:32435559-32435573promoter 内 3279-3293 bp + 708 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 32431662-32434851(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACGACCCC
SmilChr05G003812 Chr05 NC_080391.1:51405436-51405450promoter 内 2681-2695 bp - 1306 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 51406756-51414878(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACAGTGCA
SmilChr02G004497 Chr02 NC_080388.1:67457473-67457487promoter 内 1988-2002 bp + 1999 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 67459486-67477871(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GATACTGTCGGTGGT
SmilChr05G003811 Chr05 NC_080391.1:51405436-51405450promoter 内 1695-1709 bp - 2292 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 51400181-51403144(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TGCACTGTCGGTGGC
SmilChr02G000596 Chr02 NC_080388.1:8602838-8602852promoter 内 1693-1707 bp - 2294 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 8605146-8607318(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACGACGGC
SmilChr01G002043 Chr01 NC_080387.1:36129490-36129504promoter 内 1559-1573 bp - 2428 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 36131932-36134712(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCCACCGACGCATCC
SmilChr03G002533 Chr03 NC_080389.1:40395844-40395858promoter 内 1309-1323 bp - 2678 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 40387035-40393166(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGTTTTGTCGGTGGT
SmilChr06G002056 Chr06 NC_080392.1:27079855-27079869promoter 内 1227-1241 bp - 2760 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 27082629-27083252(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTCACCGACACGACC
SmilChr06G000581 Chr06 NC_080392.1:4988736-4988750promoter 内 732-746 bp + 3255 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 4981630-4985481(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTCACCGACAGCACC
SmilChr02G000356 Chr02 NC_080388.1:4592583-4592597promoter 内 1956-1970 bp - 2031 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 4594628-4601151(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTCACCGACAACGCC
SmilChr02G000718 Chr02 NC_080388.1:11533031-11533045promoter 内 3526-3540 bp - 461 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 11533506-11537729(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGACGATGCC
SmilChr06G003282 Chr06 NC_080392.1:45366111-45366125promoter 内 3192-3206 bp + 795 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 45366920-45371244(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCTTCTGTCGGTGGA
SmilChr07G002682 Chr07 NC_080393.1:26231402-26231416promoter 内 3131-3145 bp + 856 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 26227546-26230546(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGACGATGCC
SmilChr02G002887 Chr02 NC_080388.1:49169669-49169683promoter 内 3098-3112 bp - 889 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 49170572-49173761(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGACGATGCC
SmilChr02G000717 Chr02 NC_080388.1:11533031-11533045promoter 内 2265-2279 bp - 1722 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 11527730-11531309(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCATCGTCGGTGGT
SmilChr07G003854 Chr07 NC_080393.1:47835767-47835781promoter 内 1133-1147 bp + 2854 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 47831413-47832913(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACAGAAGC
SmilChr08G000738 Chr08 NC_080394.1:5468040-5468054promoter 内 2693-2707 bp + 1294 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 5469348-5471604(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCGGGCGTCGGTGGC
SmilChr01G001955 Chr01 NC_080387.1:34797419-34797433promoter 内 2543-2557 bp - 1444 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 34795571-34795975(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AAGAGTGTCGGTGGC
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SmilChr08G004677 Chr08 NC_080394.1:56263233-56263247promoter 内 1672-1686 bp - 2315 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 56265562-56266599(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACACTCGG
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