转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004408; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011278-RA_Salv SmilChr08G004408 MYB XP_057780613.1 MP00114 AAGTTGGTAGGTGAG

可能结合的靶基因

9897 个结合位点 8151 个候选靶基因 第 6 / 164 下载 TSV

上一页 6 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001341 Chr03 NC_080389.1:15654698-15654712promoter 内 3314-3328 bp - 673 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 15649684-15654025(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr07G001100 Chr07 NC_080393.1:8120108-8120122promoter 内 3287-3301 bp + 700 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 8116164-8119408(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACCACACT
SmilChr04G001543 Chr04 NC_080390.1:25528731-25528745promoter 内 3231-3245 bp - 756 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 25524323-25527975(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr01G005097 Chr01 NC_080387.1:68799485-68799499promoter 内 3214-3228 bp - 773 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 68800272-68802269(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACCAGCCG
SmilChr03G004560 Chr03 NC_080389.1:63554200-63554214promoter 内 3188-3202 bp + 799 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 63555013-63557126(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr01G004719 Chr01 NC_080387.1:65395615-65395629promoter 内 3184-3198 bp + 803 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 65396432-65398435(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr04G000906 Chr04 NC_080390.1:11792542-11792556promoter 内 3128-3142 bp - 859 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 11789200-11791683(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr02G002989 Chr02 NC_080388.1:50559264-50559278promoter 内 3053-3067 bp - 934 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 50553903-50558330(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr03G000242 Chr03 NC_080389.1:2864640-2864654promoter 内 3036-3050 bp + 951 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 2865605-2869423(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATGGTGGTAGGTGGC
SmilChr01G002863 Chr01 NC_080387.1:47221110-47221124promoter 内 3023-3037 bp + 964 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 47222088-47227943(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr02G000237 Chr02 NC_080388.1:3019824-3019838promoter 内 3003-3017 bp - 984 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 3020822-3022040(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACCACACT
SmilChr06G003178 Chr06 NC_080392.1:44709579-44709593promoter 内 2990-3004 bp - 997 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 44704511-44708582(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr06G000637 Chr06 NC_080392.1:5636079-5636093promoter 内 2918-2932 bp + 1069 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 5637162-5637936(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr07G001101 Chr07 NC_080393.1:8120108-8120122promoter 内 2914-2928 bp + 1073 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 8121195-8122470(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr04G000454 Chr04 NC_080390.1:4817526-4817540promoter 内 2897-2911 bp - 1090 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 4818630-4819599(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACCACACT
SmilChr04G003642 Chr04 NC_080390.1:52906185-52906199promoter 内 2893-2907 bp - 1094 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 52907293-52913197(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACCACACT
SmilChr04G000477 Chr04 NC_080390.1:5092685-5092699promoter 内 2787-2801 bp + 1200 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 5093899-5096182(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr05G000792 Chr05 NC_080391.1:6214843-6214857promoter 内 2731-2745 bp - 1256 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 6216113-6218034(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACCACACT
SmilChr06G002832 Chr06 NC_080392.1:41116619-41116633promoter 内 2528-2542 bp - 1459 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 41118092-41121332(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACCACACT
SmilChr05G003722 Chr05 NC_080391.1:50334824-50334838promoter 内 2422-2436 bp - 1565 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 50329052-50333259(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr01G005174 Chr01 NC_080387.1:69487597-69487611promoter 内 2417-2431 bp - 1570 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 69482550-69486027(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr07G001279 Chr07 NC_080393.1:9839687-9839701promoter 内 2321-2335 bp + 1666 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 9841367-9842270(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CGGCTGGTAGGTGGG
SmilChr08G001470 Chr08 NC_080394.1:11858188-11858202promoter 内 2288-2302 bp - 1699 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 11859901-11860659(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACCACACT
SmilChr01G004994 Chr01 NC_080387.1:67984294-67984308promoter 内 2164-2178 bp - 1823 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 67978779-67982471(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr01G004713 Chr01 NC_080387.1:65284171-65284185promoter 内 2124-2138 bp - 1863 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 65278485-65282308(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr01G003617 Chr01 NC_080387.1:54700662-54700676promoter 内 2105-2119 bp + 1882 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 54702558-54706971(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr05G001590 Chr05 NC_080391.1:14593890-14593904promoter 内 2033-2047 bp + 1954 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 14595858-14601167(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr05G000865 Chr05 NC_080391.1:6859873-6859887promoter 内 1998-2012 bp - 1989 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 6861876-6864054(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACCACACT
SmilChr01G005901 Chr01 NC_080387.1:74906421-74906435promoter 内 1979-1993 bp + 2008 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 74908443-74909244(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr07G004316 Chr07 NC_080393.1:55713313-55713327promoter 内 1895-1909 bp - 2092 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 55715419-55716357(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACCACACT
SmilChr04G001308 Chr04 NC_080390.1:20869594-20869608promoter 内 1894-1908 bp - 2093 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 20871701-20872882(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACCACACT
SmilChr02G001076 Chr02 NC_080388.1:19252413-19252427promoter 内 1832-1846 bp - 2155 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 19254582-19260044(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACCACACT
SmilChr08G002556 Chr08 NC_080394.1:24870599-24870613promoter 内 1802-1816 bp + 2185 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 24866849-24868414(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACCAAGGC
SmilChr07G004616 Chr07 NC_080393.1:58959255-58959269promoter 内 1792-1806 bp - 2195 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 58961464-58962542(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACCACACT
SmilChr05G001496 Chr05 NC_080391.1:13730761-13730775promoter 内 1767-1781 bp + 2220 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 13732995-13734050(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr04G003732 Chr04 NC_080390.1:53632442-53632456promoter 内 1763-1777 bp + 2224 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 53627892-53630218(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACCACACT
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