转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G001252; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00025976-RA_Salv SmilChr03G001252 bZIP XP_057802461.1 MP00291 AATGGTCACGTGGCA

可能结合的靶基因

9321 个结合位点 6894 个候选靶基因 第 63 / 138 下载 TSV

上一页 63 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G004101 Chr03 NC_080389.1:59903241-59903255promoter 内 2088-2102 bp + 1899 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 59905154-59908956(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CAGAACCACGTGGCA
SmilChr06G002007 Chr06 NC_080392.1:25773852-25773866promoter 内 2033-2047 bp + 1954 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 25775820-25776512(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TAAAATGACGTGGCA
SmilChr03G004107 Chr03 NC_080389.1:59966546-59966560promoter 内 2029-2043 bp + 1958 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 59968518-59972315(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CAGAACCACGTGGCA
SmilChr05G002887 Chr05 NC_080391.1:34592954-34592968promoter 内 1883-1897 bp - 2104 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 34595072-34603169(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTGGATTCA
SmilChr02G000709 Chr02 NC_080388.1:11434731-11434745promoter 内 1759-1773 bp - 2228 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 11436973-11442426(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTGGATTCA
SmilChr01G005310 Chr01 NC_080387.1:70351259-70351273promoter 内 1652-1666 bp + 2335 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 70348448-70348924(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTGGTTCTG
SmilChr01G000177 Chr01 NC_080387.1:2911876-2911890promoter 内 1527-1541 bp - 2460 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 2906711-2909416(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GAGAGTCACGTGGCC
SmilChr02G003608 Chr02 NC_080388.1:57322357-57322371promoter 内 1232-1246 bp - 2755 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 57314820-57319602(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCTTACACGTGGCA
SmilChr02G003818 Chr02 NC_080388.1:59808695-59808709promoter 内 1214-1228 bp + 2773 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 59811482-59814508(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CAGAACCACGTGGCA
SmilChr01G005309 Chr01 NC_080387.1:70351259-70351273promoter 内 1058-1072 bp + 2929 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 70347307-70348330(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTGGTTCTG
SmilChr04G001285 Chr04 NC_080390.1:20474836-20474850promoter 内 1020-1034 bp - 2967 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 20471139-20471869(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGAATCCACGTGGCA
SmilChr02G005293 Chr02 NC_080388.1:73919087-73919101promoter 内 853-867 bp + 3134 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 73915211-73915953(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGCCACGTGGGAGTG
SmilChr07G003715 Chr07 NC_080393.1:44940823-44940837promoter 内 651-665 bp + 3336 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 44944173-44945844(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGAATCCACGTGGCA
SmilChr05G001925 Chr05 NC_080391.1:19528338-19528352promoter 内 626-640 bp - 3361 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 19521808-19524977(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGTCAACACGTGGCA
SmilChr05G001564 Chr05 NC_080391.1:14310393-14310407promoter 内 404-418 bp + 3583 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 14313990-14314802(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGAATCCACGTGGCA
SmilChr06G002047 Chr06 NC_080392.1:26866311-26866325promoter 内 209-223 bp + 3778 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 26870103-26872012(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TAAAATGACGTGGCA
SmilChr02G003404 Chr02 NC_080388.1:55219251-55219265promoter 内 19-33 bp - 3968 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 55212150-55215283(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TAAATCCACGTGGCA
SmilChr02G001690 Chr02 NC_080388.1:31159480-31159494promoter 内 3938-3952 bp + 49 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 31159543-31170581(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CAACATGACGTGGCA
SmilChr01G005257 Chr01 NC_080387.1:70073079-70073093promoter 内 3914-3928 bp - 73 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 70073166-70073965(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGCCACGTGTCGAGA
SmilChr01G003149 Chr01 NC_080387.1:50301261-50301275promoter 内 3909-3923 bp + 78 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 50292902-50301183(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTGTTTCTC
SmilChr03G001283 Chr03 NC_080389.1:15014428-15014442promoter 内 3846-3860 bp + 141 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 15014583-15017645(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGTAAAGACGTGGCA
SmilChr01G002367 Chr01 NC_080387.1:40843428-40843442promoter 内 3834-3848 bp - 153 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 40843595-40850842(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTCATGTTG
SmilChr06G003076 Chr06 NC_080392.1:43661333-43661347promoter 内 3833-3847 bp - 154 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 43658716-43661179(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCATGACGTGGCA
SmilChr02G000971 Chr02 NC_080388.1:17008759-17008773promoter 内 3689-3703 bp - 298 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 17005463-17008461(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGAATCCACGTGGCA
SmilChr04G002868 Chr04 NC_080390.1:44801760-44801774promoter 内 3622-3636 bp + 365 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 44802139-44803731(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGAATCCACGTGGCA
SmilChr02G002306 Chr02 NC_080388.1:40683850-40683864promoter 内 3606-3620 bp + 381 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 40684245-40687671(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGTTGACACGTGGAA
SmilChr02G003430 Chr02 NC_080388.1:55523818-55523832promoter 内 3586-3600 bp + 401 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 55524233-55529275(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AAATCCTACGTGGCA
SmilChr05G002035 Chr05 NC_080391.1:21190321-21190335promoter 内 3390-3404 bp - 597 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 21190932-21195848(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTGGTTCTG
SmilChr02G004540 Chr02 NC_080388.1:67972976-67972990promoter 内 3366-3380 bp - 621 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 67966612-67972355(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 ATAGATCACGTGTCA
SmilChr02G001230 Chr02 NC_080388.1:22597987-22598001promoter 内 3260-3274 bp - 727 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 22598728-22601741(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTGGTTCTG
SmilChr02G001237 Chr02 NC_080388.1:22746940-22746954promoter 内 3232-3246 bp + 755 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 22747709-22748731(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGAATCCACGTGGCA
SmilChr02G000322 Chr02 NC_080388.1:4043265-4043279promoter 内 3147-3161 bp - 840 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 4044119-4047447(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTCATTTCA
SmilChr07G001472 Chr07 NC_080393.1:11568240-11568254promoter 内 3088-3102 bp + 899 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 11566007-11567341(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTGTTACGT
SmilChr01G004324 Chr01 NC_080387.1:61401603-61401617promoter 内 3019-3033 bp + 968 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 61402585-61404376(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TCTTCCGACGTGGCC
SmilChr04G002565 Chr04 NC_080390.1:40973840-40973854promoter 内 3015-3029 bp - 972 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 40966533-40972868(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGAATCCACGTGGCA
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