转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G004136; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00000866-RA_Salv SmilChr04G004136 MYB XP_057806072.1 MP00627 TTACCTACCG

可能结合的靶基因

9835 个结合位点 8075 个候选靶基因 第 63 / 162 下载 TSV

上一页 63 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G002459 Chr07 NC_080393.1:23105444-23105453promoter 内 3545-3554 bp - 447 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 23105900-23107806(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CAGTAGGTAA
SmilChr04G002898 Chr04 NC_080390.1:45268426-45268435promoter 内 3530-3539 bp + 462 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 45266190-45267964(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTTA
SmilChr04G003530 Chr04 NC_080390.1:51659922-51659931promoter 内 3522-3531 bp - 470 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 51660401-51660480(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGGTAGGTGT
SmilChr05G003314 Chr05 NC_080391.1:43392121-43392130promoter 内 3515-3524 bp - 477 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 43390751-43391644(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 ACACCTACCT
SmilChr03G002501 Chr03 NC_080389.1:39841412-39841421promoter 内 3510-3519 bp + 482 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 39841903-39857654(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 ACACCTACCT
SmilChr07G001411 Chr07 NC_080393.1:10985052-10985061promoter 内 3510-3519 bp + 482 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 10974393-10984570(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGGTAGGTGT
SmilChr06G000483 Chr06 NC_080392.1:3951970-3951979promoter 内 3504-3513 bp - 488 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 3952467-3954048(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGGTAGGTGT
SmilChr02G003221 Chr02 NC_080388.1:53434177-53434186promoter 内 3499-3508 bp + 493 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 53426847-53433684(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGGTAGGTGT
SmilChr01G003070 Chr01 NC_080387.1:49550874-49550883promoter 内 3494-3503 bp - 498 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 49544645-49550376(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 ACACCTACCT
SmilChr02G003398 Chr02 NC_080388.1:55119846-55119855promoter 内 3486-3495 bp - 506 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 55120361-55122165(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CAGTAGGTAA
SmilChr02G005472 Chr02 NC_080388.1:74981225-74981234promoter 内 3483-3492 bp + 509 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 74981743-74983403(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 ACACCTACCT
SmilChr04G002610 Chr04 NC_080390.1:41498347-41498356promoter 内 3483-3492 bp - 509 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 41498865-41499871(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGGTAGGTGT
SmilChr01G002730 Chr01 NC_080387.1:45657606-45657615promoter 内 3481-3490 bp + 511 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 45658126-45662265(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 ACACCTACCT
SmilChr01G003009 Chr01 NC_080387.1:49128716-49128725promoter 内 3472-3481 bp + 520 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 49127526-49128196(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGGTAGGTGT
SmilChr07G001303 Chr07 NC_080393.1:10007427-10007436promoter 内 3471-3480 bp + 521 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 10007957-10012295(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 ACACCTACCT
SmilChr07G000494 Chr07 NC_080393.1:3435144-3435153promoter 内 3469-3478 bp + 523 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 3435676-3446234(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TTACCTACTG
SmilChr01G004351 Chr01 NC_080387.1:61711602-61711611promoter 内 3466-3475 bp - 526 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 61712137-61716762(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGGTAGGTGT
SmilChr02G000907 Chr02 NC_080388.1:15703213-15703222promoter 内 3432-3441 bp - 560 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 15703782-15707926(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGGTAGGTGT
SmilChr02G000993 Chr02 NC_080388.1:17444267-17444276promoter 内 3425-3434 bp + 567 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 17444843-17447884(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 ACACCTACCT
SmilChr03G002761 Chr03 NC_080389.1:43904622-43904631promoter 内 3420-3429 bp - 572 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 43902231-43904050(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 ACACCTACCT
SmilChr07G000421 Chr07 NC_080393.1:2916571-2916580promoter 内 3410-3419 bp + 582 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 2910059-2915989(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGGTAGGTGT
SmilChr05G000104 Chr05 NC_080391.1:643028-643037promoter 内 3403-3412 bp + 589 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 640304-642439(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTTA
SmilChr04G003546 Chr04 NC_080390.1:51818487-51818496promoter 内 3381-3390 bp + 611 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 51811688-51817876(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGGTAGGTGT
SmilChr04G000600 Chr04 NC_080390.1:6783150-6783159promoter 内 3372-3381 bp - 620 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 6779158-6782530(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TTACCTACTG
SmilChr01G002123 Chr01 NC_080387.1:37230841-37230850promoter 内 3365-3374 bp - 627 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 37227166-37230214(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 ACACCTACCT
SmilChr02G004236 Chr02 NC_080388.1:64544427-64544436promoter 内 3347-3356 bp + 645 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 64545081-64552300(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 ACACCTACCT
SmilChr05G002524 Chr05 NC_080391.1:28084871-28084880promoter 内 3337-3346 bp - 655 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 28085535-28090191(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGGTAGGTGT
SmilChr07G000493 Chr07 NC_080393.1:3435144-3435153promoter 内 3329-3338 bp + 663 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 3432948-3434481(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CAGTAGGTAA
SmilChr02G003897 Chr02 NC_080388.1:61055506-61055515promoter 内 3315-3324 bp - 677 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 61056192-61058680(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGGTAGGTGT
SmilChr02G004694 Chr02 NC_080388.1:69287118-69287127promoter 内 3310-3319 bp - 682 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 69287809-69295931(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGGTAGGTGT
SmilChr06G003219 Chr06 NC_080392.1:44959449-44959458promoter 内 3307-3316 bp - 685 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 44954811-44958764(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TAACCTACCC
SmilChr03G004731 Chr03 NC_080389.1:64472081-64472090promoter 内 3289-3298 bp - 703 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 64468803-64471378(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 ACACCTACCT
SmilChr03G003474 Chr03 NC_080389.1:53268615-53268624promoter 内 3286-3295 bp + 706 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 53269330-53273731(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 ACACCTACCT
SmilChr04G000136 Chr04 NC_080390.1:1165293-1165302promoter 内 3282-3291 bp + 710 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 1166012-1167714(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 ACACCTACCT
SmilChr05G002162 Chr05 NC_080391.1:22857576-22857585promoter 内 3268-3277 bp + 724 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 22858309-22858744(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 ACACCTACCT
SmilChr06G003116 Chr06 NC_080392.1:44007092-44007101promoter 内 3261-3270 bp + 731 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 44007832-44009843(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 ACACCTACCT
SmilChr07G002354 Chr07 NC_080393.1:21849741-21849750promoter 内 3243-3252 bp - 749 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 21850499-21852893(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGGTAGGTGT
SmilChr05G001674 Chr05 NC_080391.1:15869791-15869800promoter 内 3233-3242 bp - 759 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 15866135-15869032(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 ACACCTACCT
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