转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G000949; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003681-RA_Salv SmilChr02G000949 bZIP XP_057795176.1 MP00318 TGCCACGTCAGCATT

可能结合的靶基因

9413 个结合位点 6849 个候选靶基因 第 7 / 137 下载 TSV

上一页 7 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003943 Chr01 NC_080387.1:57764790-57764804promoter 内 3704-3718 bp + 283 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 57763782-57764507(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGTGCCGACGTGGCG
SmilChr04G003104 Chr04 NC_080390.1:47617698-47617712promoter 内 3585-3599 bp + 402 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 47611680-47617296(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AAAGATGACGTGGCA
SmilChr06G000085 Chr06 NC_080392.1:623196-623210promoter 内 3254-3268 bp + 733 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 617296-622463(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AAAGATGACGTGGCA
SmilChr01G005308 Chr01 NC_080387.1:70335235-70335249promoter 内 2514-2528 bp - 1473 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 70336722-70337592(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AAAGATGACGTGGCA
SmilChr07G000172 Chr07 NC_080393.1:1079663-1079677promoter 内 2011-2025 bp + 1976 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 1074737-1077687(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AAAGATGACGTGGCA
SmilChr04G002447 Chr04 NC_080390.1:39189397-39189411promoter 内 1979-1993 bp - 2008 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 39180055-39187389(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCATCAGT
SmilChr07G004683 Chr07 NC_080393.1:59797310-59797324promoter 内 1799-1813 bp - 2188 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 59793264-59795122(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCATCTTT
SmilChr03G003962 Chr03 NC_080389.1:58666007-58666021promoter 内 1685-1699 bp - 2302 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 58658477-58663705(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCATCTTT
SmilChr07G001427 Chr07 NC_080393.1:11100336-11100350promoter 内 1184-1198 bp + 2803 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 11095347-11097533(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AAAGATGACGTGGCA
SmilChr08G004168 Chr08 NC_080394.1:50996212-50996226promoter 内 795-809 bp - 3192 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 50990790-50993020(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCATCTTT
SmilChr02G004781 Chr02 NC_080388.1:70009970-70009984promoter 内 792-806 bp + 3195 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 69999839-70006775(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AAAGATGACGTGGCA
SmilChr04G003588 Chr04 NC_080390.1:52321940-52321954promoter 内 667-681 bp + 3320 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 52317441-52318620(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GCAGATGACGTGGCA
SmilChr04G000670 Chr04 NC_080390.1:7572663-7572677promoter 内 378-392 bp - 3609 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 7566103-7569054(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCATCAAC
SmilChr07G000505 Chr07 NC_080393.1:3546541-3546555promoter 内 134-148 bp - 3853 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 3541147-3542688(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCATCTTT
SmilChr04G003590 Chr04 NC_080390.1:52321940-52321954promoter 内 58-72 bp + 3929 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 52325883-52336260(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCATCTGC
SmilChr02G003429 Chr02 NC_080388.1:55507595-55507609promoter 内 40-54 bp + 3947 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 55511556-55513279(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCATCTTT
SmilChr01G003672 Chr01 NC_080387.1:55163659-55163673promoter 内 811-825 bp - 3176 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 4 55155753-55160483(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCACCCGA
SmilChr03G000591 Chr03 NC_080389.1:6575936-6575950promoter 内 1794-1808 bp - 2193 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 3 6572757-6573743(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCACCCGA
SmilChr08G000713 Chr08 NC_080394.1:5293743-5293757promoter 内 3685-3699 bp + 302 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 5294059-5297042(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAGCGGT
SmilChr04G003903 Chr04 NC_080390.1:54801805-54801819promoter 内 3945-3959 bp + 42 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 54801861-54808607(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTCAGCAAT
SmilChr05G003959 Chr05 NC_080391.1:53325381-53325395promoter 内 3863-3877 bp - 124 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 53324242-53325257(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCTGCATA
SmilChr02G004935 Chr02 NC_080388.1:71335674-71335688promoter 内 3309-3323 bp - 678 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 71328852-71334996(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTCAGCCCC
SmilChr04G002857 Chr04 NC_080390.1:44680088-44680102promoter 内 2996-3010 bp + 991 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 44681093-44683097(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCACCCGA
SmilChr02G003708 Chr02 NC_080388.1:58637798-58637812promoter 内 2899-2913 bp + 1088 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 58634544-58636710(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TCTGCCCACGTGGCA
SmilChr08G001912 Chr08 NC_080394.1:16645190-16645204promoter 内 1268-1282 bp + 2719 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 16634210-16642471(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ATTGCAGACGTGGCA
SmilChr02G004937 Chr02 NC_080388.1:71335674-71335688promoter 内 1173-1187 bp - 2814 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 71338502-71341737(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGGGCTGACGTGGCC
SmilChr02G002920 Chr02 NC_080388.1:49511964-49511978promoter 内 1058-1072 bp - 2929 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 49508532-49509035(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCGCCTTG
SmilChr01G004396 Chr01 NC_080387.1:62109148-62109162promoter 内 876-890 bp + 3111 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 62112273-62113970(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCATCATG
SmilChr08G000712 Chr08 NC_080394.1:5292938-5292952promoter 内 767-781 bp - 3220 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 5282715-5289718(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAGCGGT
SmilChr03G001816 Chr03 NC_080389.1:24834935-24834949promoter 内 2545-2559 bp - 1442 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 3 24836391-24838682(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GATGACGACGTGGCG
SmilChr01G004819 Chr01 NC_080387.1:66379184-66379198promoter 内 3890-3904 bp - 97 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 66379295-66382038(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ATCGGTGACGTGGCA
SmilChr02G002360 Chr02 NC_080388.1:41380263-41380277promoter 内 3820-3834 bp + 167 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 41378458-41380096(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GAATCCGACGTGGCA
SmilChr01G000480 Chr01 NC_080387.1:9874835-9874849promoter 内 1930-1944 bp - 2057 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 9876906-9879740(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGAGCTGACGTGGCG
SmilChr04G002490 Chr04 NC_080390.1:39781213-39781227promoter 内 1461-1475 bp + 2526 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 39783753-39786583(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTCAGCACC
SmilChr02G003332 Chr02 NC_080388.1:54563796-54563810promoter 内 3944-3958 bp - 43 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 54563853-54572590(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AATTCCGACGTGGCA
SmilChr04G001829 Chr04 NC_080390.1:29821174-29821188promoter 内 3752-3766 bp - 235 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 29818404-29820939(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCAGCTCG
SmilChr03G003835 Chr03 NC_080389.1:57498646-57498660promoter 内 3680-3694 bp - 307 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 57494674-57498339(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAGAAAA
SmilChr04G003098 Chr04 NC_080390.1:47578109-47578123promoter 内 3536-3550 bp - 451 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 47578574-47579306(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GCTTCCGACGTGGCA
SmilChr01G002067 Chr01 NC_080387.1:36525101-36525115promoter 内 3269-3283 bp + 718 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 36522430-36524383(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTTTCTGACGTGGCA
SmilChr08G002732 Chr08 NC_080394.1:26946719-26946733promoter 内 3175-3189 bp - 812 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 26943230-26945907(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCACATCC
SmilChr03G002843 Chr03 NC_080389.1:44974837-44974851promoter 内 2855-2869 bp + 1132 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 44971882-44973705(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGAGCTGACGTGGCG
SmilChr01G002068 Chr01 NC_080387.1:36525101-36525115promoter 内 2812-2826 bp + 1175 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 36526290-36527839(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAGAAAA
SmilChr04G003965 Chr04 NC_080390.1:55141759-55141773promoter 内 2595-2609 bp + 1392 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 55138128-55140367(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GATGCACACGTGGCA
SmilChr02G000082 Chr02 NC_080388.1:1079268-1079282promoter 内 2329-2343 bp + 1658 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 1080940-1082744(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCGGAACT
SmilChr04G003964 Chr04 NC_080390.1:55141759-55141773promoter 内 2073-2087 bp + 1914 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 55131980-55139845(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GATGCACACGTGGCA
SmilChr02G001318 Chr02 NC_080388.1:24502178-24502192promoter 内 1662-1676 bp - 2325 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 24504517-24509144(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGATGTGACGTGGCA
SmilChr02G000132 Chr02 NC_080388.1:1807596-1807610promoter 内 866-880 bp - 3121 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 1810731-1822372(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGTTCCGACGTGGCA
SmilChr08G001918 Chr08 NC_080394.1:16715161-16715175promoter 内 809-823 bp - 3178 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 16705200-16711983(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGTGCACC
SmilChr02G005289 Chr02 NC_080388.1:73900688-73900702promoter 内 787-801 bp - 3200 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 73895707-73897488(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCGGCGCC
SmilChr04G003509 Chr04 NC_080390.1:51469443-51469457promoter 内 149-163 bp - 3838 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 51460539-51465605(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCAGCTCG