转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000830; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021489-RA_Salv SmilChr05G000830 NAC XP_057764550.1 MP00058 TACGTAAC

可能结合的靶基因

9855 个结合位点 7440 个候选靶基因 第 7 / 149 下载 TSV

上一页 7 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G001021 Chr04 NC_080390.1:14305199-14305206promoter 内 3898-3905 bp + 96 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 14305302-14306364(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr03G002904 Chr03 NC_080389.1:45781732-45781739promoter 内 3893-3900 bp - 101 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 45781840-45784500(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr01G001329 Chr01 NC_080387.1:26463972-26463979promoter 内 3887-3894 bp + 107 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 26464086-26473494(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr03G002495 Chr03 NC_080389.1:39744003-39744010promoter 内 3887-3894 bp + 107 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 39744117-39747305(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr01G003558 Chr01 NC_080387.1:54195940-54195947promoter 内 3886-3893 bp + 108 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 54196055-54198940(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr03G002992 Chr03 NC_080389.1:46735723-46735730promoter 内 3886-3893 bp - 108 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 46732446-46735615(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr02G001263 Chr02 NC_080388.1:23136782-23136789promoter 内 3884-3891 bp - 110 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 23136899-23137839(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr02G005032 Chr02 NC_080388.1:72042281-72042288promoter 内 3883-3890 bp + 111 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 72038169-72042170(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr05G001682 Chr05 NC_080391.1:15965534-15965541promoter 内 3883-3890 bp - 111 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 15960996-15965423(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr07G000551 Chr07 NC_080393.1:3798531-3798538promoter 内 3882-3889 bp - 112 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 3796234-3798419(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr01G004088 Chr01 NC_080387.1:59287595-59287602promoter 内 3881-3888 bp + 113 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 59287715-59289915(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr02G004356 Chr02 NC_080388.1:65852074-65852081promoter 内 3877-3884 bp - 117 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 65852198-65853308(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr06G001279 Chr06 NC_080392.1:13373329-13373336promoter 内 3872-3879 bp - 122 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 13373090-13373207(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr06G003299 Chr06 NC_080392.1:45525784-45525791promoter 内 3867-3874 bp + 127 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 45519483-45525657(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr04G000621 Chr04 NC_080390.1:7038178-7038185promoter 内 3865-3872 bp - 129 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 7037654-7038049(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr01G001855 Chr01 NC_080387.1:33499151-33499158promoter 内 3850-3857 bp + 144 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 33497684-33499007(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr02G000402 Chr02 NC_080388.1:4976454-4976461promoter 内 3850-3857 bp + 144 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 4975079-4976310(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr03G002743 Chr03 NC_080389.1:43590929-43590936promoter 内 3850-3857 bp - 144 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 43591080-43592390(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr04G003087 Chr04 NC_080390.1:47472728-47472735promoter 内 3850-3857 bp + 144 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 47471279-47472584(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr05G001701 Chr05 NC_080391.1:16214634-16214641promoter 内 3850-3857 bp + 144 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 16213345-16214490(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr08G001513 Chr08 NC_080394.1:12288844-12288851promoter 内 3850-3857 bp - 144 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 12288995-12290488(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr03G000438 Chr03 NC_080389.1:4728538-4728545promoter 内 3849-3856 bp - 145 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 4726876-4728393(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr06G001312 Chr06 NC_080392.1:13607344-13607351promoter 内 3845-3852 bp + 149 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 13604881-13607195(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr03G004157 Chr03 NC_080389.1:60344145-60344152promoter 内 3841-3848 bp + 153 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 60344305-60348450(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr04G001452 Chr04 NC_080390.1:23871224-23871231promoter 内 3840-3847 bp + 154 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 23868397-23871070(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr07G002765 Chr07 NC_080393.1:27512010-27512017promoter 内 3836-3843 bp - 158 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 27512175-27514043(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr02G001374 Chr02 NC_080388.1:25985171-25985178promoter 内 3835-3842 bp - 159 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 25985337-25988773(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr02G000788 Chr02 NC_080388.1:12959247-12959254promoter 内 3827-3834 bp - 167 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 12959421-12959777(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr04G004183 Chr04 NC_080390.1:56395997-56396004promoter 内 3826-3833 bp - 168 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 56396172-56399234(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr07G004607 Chr07 NC_080393.1:58864292-58864299promoter 内 3821-3828 bp + 173 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 58860787-58864119(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr04G000907 Chr04 NC_080390.1:11801112-11801119promoter 内 3814-3821 bp + 180 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 11800549-11800932(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr01G001433 Chr01 NC_080387.1:28002638-28002645promoter 内 3812-3819 bp + 182 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 28002827-28004657(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr05G000507 Chr05 NC_080391.1:3930344-3930351promoter 内 3806-3813 bp + 188 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 3930539-3931111(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr08G001866 Chr08 NC_080394.1:16024994-16025001promoter 内 3805-3812 bp + 189 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 16025190-16025735(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr05G000396 Chr05 NC_080391.1:2980341-2980348promoter 内 3803-3810 bp + 191 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 2980539-2987090(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr07G002487 Chr07 NC_080393.1:23540101-23540108promoter 内 3803-3810 bp + 191 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 23540299-23548117(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
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SmilChr01G000204 Chr01 NC_080387.1:3518077-3518084promoter 内 3758-3765 bp + 236 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 3514613-3517841(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG