转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G001896; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004057-RA_Salv SmilChr08G001896 MYB XP_057783815.1 MP00564 AAAAATTAGGTGAAA

可能结合的靶基因

9893 个结合位点 6984 个候选靶基因 第 7 / 140 下载 TSV

上一页 7 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002497 Chr03 NC_080389.1:39760357-39760371promoter 内 3922-3936 bp + 65 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 39758229-39760292(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGCCACCTAATTTGT
SmilChr02G004169 Chr02 NC_080388.1:63996702-63996716promoter 内 3838-3852 bp + 149 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 63990485-63996553(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTTACCTAATTTTT
SmilChr03G002930 Chr03 NC_080389.1:46058176-46058190promoter 内 2665-2679 bp + 1322 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 46053309-46056854(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATTCACCTAACTTTA
SmilChr03G001474 Chr03 NC_080389.1:17686223-17686237promoter 内 2618-2632 bp - 1369 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 17684069-17684854(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATAAATTAGGTGAAG
SmilChr02G001605 Chr02 NC_080388.1:29880194-29880208promoter 内 2325-2339 bp + 1662 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 29881870-29888854(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AAAAATTAGGTAAAA
SmilChr02G001538 Chr02 NC_080388.1:28619288-28619302promoter 内 2262-2276 bp - 1725 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 28607906-28617563(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CATTGGTAGGTGAAC
SmilChr01G005363 Chr01 NC_080387.1:70859815-70859829promoter 内 2080-2094 bp + 1907 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 70861736-70865267(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AAAAATTAGGTAAAA
SmilChr03G002496 Chr03 NC_080389.1:39760357-39760371promoter 内 1851-1865 bp + 2136 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 39757655-39758221(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGCCACCTAATTTGT
SmilChr02G000073 Chr02 NC_080388.1:918235-918249promoter 内 1627-1641 bp + 2360 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 920609-921277(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AAAAATTAGGTAAAA
SmilChr03G000854 Chr03 NC_080389.1:9765888-9765902promoter 内 1621-1635 bp + 2366 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 9762111-9763522(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTTACCTAATTTTT
SmilChr01G001820 Chr01 NC_080387.1:33138627-33138641promoter 内 1370-1384 bp - 2617 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 33133079-33136010(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATAAATTAGGTGAAG
SmilChr02G001842 Chr02 NC_080388.1:33621501-33621515promoter 内 1196-1210 bp - 2791 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 33615806-33618710(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATAAATTAGGTAGAC
SmilChr02G000486 Chr02 NC_080388.1:6627142-6627156promoter 内 1175-1189 bp - 2812 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 6629968-6632943(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CTTCACCTACCTACA
SmilChr02G001931 Chr02 NC_080388.1:34713646-34713660promoter 内 701-715 bp + 3286 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 34716946-34717989(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATAAATTAGGTGAAG
SmilChr01G001564 Chr01 NC_080387.1:29672413-29672427promoter 内 538-552 bp - 3449 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 29666012-29668964(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AATAATTAGGTAGGC
SmilChr01G004909 Chr01 NC_080387.1:67122572-67122586promoter 内 52-66 bp + 3935 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 67126521-67126717(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GAAAATTAGGTGCAC
SmilChr02G003686 Chr02 NC_080388.1:58223046-58223060promoter 内 2563-2577 bp + 1424 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 3 58224484-58228396(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TATAAGTAGGTGAGA
SmilChr01G002203 Chr01 NC_080387.1:38359922-38359936promoter 内 505-519 bp + 3482 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 38350947-38356440(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGCCACCTAATTTTG
SmilChr03G000731 Chr03 NC_080389.1:8220853-8220867promoter 内 218-232 bp - 3769 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 8215976-8217084(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CCAAATTAGGTAAAC
SmilChr02G003003 Chr02 NC_080388.1:50681988-50682002promoter 内 3895-3909 bp + 92 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 50682094-50682520(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GTGAATTAGGTGGGA
SmilChr01G000539 Chr01 NC_080387.1:11070700-11070714promoter 内 1877-1891 bp - 2110 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 11072824-11074457(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GCCCACCTAATATGT
SmilChr03G002626 Chr03 NC_080389.1:41672930-41672944promoter 内 1717-1731 bp + 2270 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 41675214-41679124(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTGAATTAGGTGAGC
SmilChr02G002477 Chr02 NC_080388.1:43149878-43149892promoter 内 790-804 bp + 3197 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 4 43153089-43160224(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGAAATTAGGTGAAG
SmilChr02G003668 Chr02 NC_080388.1:58073287-58073301promoter 内 2812-2826 bp + 1175 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 3 58067179-58072112(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTCACCTACCTAAA
SmilChr02G001939 Chr02 NC_080388.1:34837650-34837664promoter 内 3676-3690 bp + 311 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 34837975-34841390(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TAGAGTTAGGTGGAT
SmilChr02G004269 Chr02 NC_080388.1:64906914-64906928promoter 内 3565-3579 bp - 422 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 64905743-64906492(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AGTAATTAGGTGACC
SmilChr01G004877 Chr01 NC_080387.1:66871001-66871015promoter 内 3509-3523 bp - 478 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 66871493-66876814(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TCTCACCTAATTATG
SmilChr03G000749 Chr03 NC_080389.1:8566436-8566450promoter 内 2632-2646 bp - 1355 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 8567805-8568735(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTCACCTACTTAAC
SmilChr03G000123 Chr03 NC_080389.1:1331206-1331220promoter 内 2438-2452 bp - 1549 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 1326611-1329657(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CATAATTAGGTGAGA
SmilChr01G002475 Chr01 NC_080387.1:42495526-42495540promoter 内 2240-2254 bp + 1747 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 42490204-42493779(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TCTCACCTAATTATG
SmilChr01G005477 Chr01 NC_080387.1:71767958-71767972promoter 内 1598-1612 bp - 2389 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 71759353-71765569(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GCAAATTAGGTGACA
SmilChr02G002828 Chr02 NC_080388.1:48388091-48388105promoter 内 1522-1536 bp + 2465 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 48378626-48385626(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GTCCACCTAATTAAA
SmilChr02G000197 Chr02 NC_080388.1:2491841-2491855promoter 内 3914-3928 bp + 73 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 2490229-2491768(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CCTCACCTAATTTAT
SmilChr02G004271 Chr02 NC_080388.1:64906914-64906928promoter 内 2973-2987 bp - 1014 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 64907942-64908500(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GGTCACCTAATTACT
SmilChr02G004175 Chr02 NC_080388.1:64041038-64041052promoter 内 2778-2792 bp - 1209 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 64039041-64039829(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GTTAAGTAGGTGAAA
SmilChr03G000486 Chr03 NC_080389.1:5189296-5189310promoter 内 2451-2465 bp + 1536 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 5180191-5187760(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTCCACCTAACATTG
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SmilChr02G001912 Chr02 NC_080388.1:34424402-34424416promoter 内 895-909 bp + 3092 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 4 34419529-34421310(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATTCACCTACTTTCC
SmilChr01G001689 Chr01 NC_080387.1:31114174-31114188promoter 内 2868-2882 bp + 1119 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 3 31115307-31115858(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GAGAATTAGGTAAAA
SmilChr02G004782 Chr02 NC_080388.1:70003674-70003688promoter 内 2990-3004 bp - 997 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 70004685-70006856(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TCTCACCTAATTCAC
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