转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000040; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00000579-RA_Salv SmilChr04G000040 ERF XP_057808382.1 MP00312 AATTGTCGGTGGAGT

可能结合的靶基因

8490 个结合位点 7006 个候选靶基因 第 75 / 141 下载 TSV

上一页 75 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G004098 Chr08 NC_080394.1:49681552-49681566promoter 内 2538-2552 bp - 1449 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 49674927-49680103(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CACCGTCGGTGCAAT
SmilChr07G001708 Chr07 NC_080393.1:14480302-14480316promoter 内 2498-2512 bp + 1489 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 14481805-14482596(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GGATGGCGGTGGAGG
SmilChr07G003042 Chr07 NC_080393.1:31520841-31520855promoter 内 2468-2482 bp - 1519 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 31517715-31519322(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCGTGTCGGTAGTAG
SmilChr03G003930 Chr03 NC_080389.1:58370054-58370068promoter 内 2428-2442 bp - 1559 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 58371627-58374485(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCTCAACCGACAAAC
SmilChr03G000124 Chr03 NC_080389.1:1363831-1363845promoter 内 2366-2380 bp - 1621 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 1360438-1362210(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GATTGTCGGTGCTAC
SmilChr03G000517 Chr03 NC_080389.1:5571166-5571180promoter 内 2366-2380 bp + 1621 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 5572801-5575096(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GATTGTCGGTGCTAC
SmilChr05G000595 Chr05 NC_080391.1:4486738-4486752promoter 内 2356-2370 bp + 1631 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 4488383-4490668(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GATTGTCGGTGCTAC
SmilChr03G002162 Chr03 NC_080389.1:33659072-33659086promoter 内 2300-2314 bp + 1687 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 33654944-33657385(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCTCCACCGCCAGGA
SmilChr03G000464 Chr03 NC_080389.1:4969444-4969458promoter 内 2294-2308 bp - 1693 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 4966111-4967751(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GATTGTCGGTGCTAC
SmilChr04G000816 Chr04 NC_080390.1:10243660-10243674promoter 内 2293-2307 bp + 1694 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 10245368-10255591(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GGCCGTCGGTGATCG
SmilChr07G003743 Chr07 NC_080393.1:45621607-45621621promoter 内 2289-2303 bp - 1698 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 45623319-45633964(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCTTCACCGACGAGT
SmilChr08G002838 Chr08 NC_080394.1:28259581-28259595promoter 内 2287-2301 bp + 1700 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 28254498-28257881(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCACAACCGACATAG
SmilChr08G002260 Chr08 NC_080394.1:20858436-20858450promoter 内 2269-2283 bp + 1718 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 20860168-20862669(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTATGTCGGTTGTGG
SmilChr03G004325 Chr03 NC_080389.1:61616701-61616715promoter 内 2238-2252 bp + 1749 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 61614255-61614952(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ACGACACCGACGGCC
SmilChr04G003130 Chr04 NC_080390.1:47904345-47904359promoter 内 2218-2232 bp - 1769 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 47902505-47902576(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGCCGTCGGTGAGCC
SmilChr03G003547 Chr03 NC_080389.1:54102290-54102304promoter 内 2190-2204 bp + 1797 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 54104101-54106399(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGGCGGCGGTGGAGT
SmilChr05G002555 Chr05 NC_080391.1:28684363-28684377promoter 内 2143-2157 bp + 1844 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 28686221-28690636(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CAGAGTCGGTGGACC
SmilChr02G002757 Chr02 NC_080388.1:47610379-47610393promoter 内 2085-2099 bp - 1902 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 47612295-47615093(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCCTTACCGACACTC
SmilChr08G000732 Chr08 NC_080394.1:5428956-5428970promoter 内 2017-2031 bp + 1970 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 5422072-5426986(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TAGCTACCGACAGCT
SmilChr06G000637 Chr06 NC_080392.1:5635170-5635184promoter 内 2009-2023 bp - 1978 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 5637162-5637936(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATATCACCGACGCTA
SmilChr02G004374 Chr02 NC_080388.1:66097466-66097480promoter 内 2003-2017 bp + 1984 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 66099464-66100314(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGCCGTCGGTGAGCC
SmilChr06G000814 Chr06 NC_080392.1:7685404-7685418promoter 内 1961-1975 bp - 2026 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 7679903-7683378(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATTCGTCGGTGAACG
SmilChr07G003360 Chr07 NC_080393.1:36184697-36184711promoter 内 1950-1964 bp - 2037 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 36178709-36182660(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTATGTCGGTTGTGG
SmilChr02G004370 Chr02 NC_080388.1:66023675-66023689promoter 内 1941-1955 bp + 2046 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 66025735-66034194(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGCCGTCGGTGAGCC
SmilChr06G002519 Chr06 NC_080392.1:36139484-36139498promoter 内 1863-1877 bp + 2124 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 36141622-36143408(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGGCGGCGGTGGAGT
SmilChr08G002309 Chr08 NC_080394.1:21768553-21768567promoter 内 1798-1812 bp + 2189 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 21770756-21773893(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTATGTCGGTTGTGG
SmilChr03G001548 Chr03 NC_080389.1:19490579-19490593promoter 内 1787-1801 bp - 2200 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 19492793-19497459(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCACAACCGACATAG
SmilChr06G000497 Chr06 NC_080392.1:4090215-4090229promoter 内 1783-1797 bp + 2204 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 4092433-4095893(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTATGTCGGTTGTGG
SmilChr01G004928 Chr01 NC_080387.1:67351060-67351074promoter 内 1755-1769 bp + 2232 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 67346163-67348828(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GAGTCGCCGACAATC
SmilChr07G001085 Chr07 NC_080393.1:7947885-7947899promoter 内 1682-1696 bp + 2305 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 7950204-7951829(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TAATGTCGGTGCGTG
SmilChr07G003891 Chr07 NC_080393.1:48730975-48730989promoter 内 1665-1679 bp + 2322 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 48727613-48728653(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTATCGCCGACAACT
SmilChr03G003546 Chr03 NC_080389.1:54102290-54102304promoter 内 1663-1677 bp + 2324 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 54095789-54099966(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ACTCCACCGCCGCCA
SmilChr02G001024 Chr02 NC_080388.1:18150829-18150843promoter 内 1619-1633 bp + 2368 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 18153211-18157450(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATTCGTCGGTGAACG
SmilChr07G004277 Chr07 NC_080393.1:55276090-55276104promoter 内 1607-1621 bp + 2380 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 55278484-55279518(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GATTGTCGGTGCTAC
SmilChr02G001508 Chr02 NC_080388.1:28104666-28104680promoter 内 1586-1600 bp - 2401 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 28107081-28108787(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GGCTCACCGACGGCG
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