转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G000836; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008579-RA_Salv SmilChr07G000836 MYB_related XP_057772437.1 MP00568 TATGGATAAGGTTAT

可能结合的靶基因

9696 个结合位点 6611 个候选靶基因 第 77 / 133 下载 TSV

上一页 77 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003591 Chr01 NC_080387.1:54457597-54457611promoter 内 3056-3070 bp + 931 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 54458542-54509308(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TATGGATAAAGATGG
SmilChr01G003592 Chr01 NC_080387.1:54457597-54457611promoter 内 3044-3058 bp + 943 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 54458554-54462410(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TATGGATAAAGATGG
SmilChr01G000393 Chr01 NC_080387.1:8075229-8075243promoter 内 3039-3053 bp - 948 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 8068297-8074281(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CATGGATAAGACTTC
SmilChr02G000531 Chr02 NC_080388.1:7308568-7308582promoter 内 3019-3033 bp + 968 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 7309550-7325735(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATGGGATAAGCATAC
SmilChr03G000228 Chr03 NC_080389.1:2722282-2722296promoter 内 2933-2947 bp + 1054 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 2719788-2721228(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAATTATTATCCACA
SmilChr03G000346 Chr03 NC_080389.1:3900511-3900525promoter 内 2916-2930 bp - 1071 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 3901596-3902226(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAATTATTATCCACA
SmilChr01G001813 Chr01 NC_080387.1:33083084-33083098promoter 内 2899-2913 bp + 1088 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 33084186-33088888(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATGGGATAAGCATAC
SmilChr02G004115 Chr02 NC_080388.1:63458020-63458034promoter 内 2896-2910 bp - 1091 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 63455483-63456929(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATTGGATAACAATTT
SmilChr03G000140 Chr03 NC_080389.1:1530587-1530601promoter 内 2880-2894 bp + 1107 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 1531708-1532933(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTGGATAAGTCGGA
SmilChr01G001948 Chr01 NC_080387.1:34694909-34694923promoter 内 2857-2871 bp + 1130 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 34696053-34698456(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CAAGGATAAGAGTAA
SmilChr03G000597 Chr03 NC_080389.1:6623176-6623190promoter 内 2840-2854 bp - 1147 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 6620388-6622029(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTGGATAAGTCGGA
SmilChr02G001500 Chr02 NC_080388.1:28045177-28045191promoter 内 2799-2813 bp - 1188 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 28041638-28043989(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGTGGATAATAATTT
SmilChr02G005559 Chr02 NC_080388.1:75536348-75536362promoter 内 2779-2793 bp + 1208 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 75537570-75540144(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GTTGGATAAGAAAGA
SmilChr01G006101 Chr01 NC_080387.1:76518122-76518136promoter 内 2713-2727 bp + 1274 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 76519410-76520333(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTGGATAAGTCGGA
SmilChr01G005417 Chr01 NC_080387.1:71381060-71381074promoter 内 2561-2575 bp - 1426 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 71382500-71388769(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTACGTTATCCACG
SmilChr02G000326 Chr02 NC_080388.1:4089821-4089835promoter 内 2561-2575 bp + 1426 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 4091261-4091788(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTGGATAAGTCGGA
SmilChr02G000324 Chr02 NC_080388.1:4054223-4054237promoter 内 2560-2574 bp + 1427 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 4055664-4056191(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTGGATAAGTCGGA
SmilChr01G001716 Chr01 NC_080387.1:31639629-31639643promoter 内 2554-2568 bp + 1433 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 31635137-31638196(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATCTCCTTATCTTCC
SmilChr02G002126 Chr02 NC_080388.1:38078065-38078079promoter 内 2528-2542 bp + 1459 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 38079538-38081399(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGTGGATAATAATTT
SmilChr02G000178 Chr02 NC_080388.1:2270849-2270863promoter 内 2506-2520 bp + 1481 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 2272344-2285877(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTGGATAAGTCGGA
SmilChr02G004434 Chr02 NC_080388.1:66733738-66733752promoter 内 2402-2416 bp - 1585 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 66729661-66732153(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ACTGGATAATATTAT
SmilChr02G000725 Chr02 NC_080388.1:11786905-11786919promoter 内 2349-2363 bp - 1638 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 11784668-11785267(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TATGGATAATATTGC
SmilChr02G002135 Chr02 NC_080388.1:38466692-38466706promoter 内 2329-2343 bp + 1658 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 38464018-38465034(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TCCGACTTATCCAAA
SmilChr03G000576 Chr03 NC_080389.1:6326800-6326814promoter 内 2273-2287 bp + 1714 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 6324433-6325086(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGTTCCTTATCCTAG
SmilChr01G002143 Chr01 NC_080387.1:37415878-37415892promoter 内 2231-2245 bp - 1756 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 37405867-37414122(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GGGAGATAAGGATTT
SmilChr03G001126 Chr03 NC_080389.1:12977574-12977588promoter 内 2174-2188 bp + 1813 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 12973581-12975761(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGATACTTATCCTTT
SmilChr02G002261 Chr02 NC_080388.1:40053253-40053267promoter 内 2173-2187 bp - 1814 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 40049104-40051439(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GTCGGATAAGGAATG
SmilChr01G000246 Chr01 NC_080387.1:4584478-4584492promoter 内 2166-2180 bp + 1821 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 4586313-4590263(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGTGGATAAAATTTG
SmilChr02G002192 Chr02 NC_080388.1:39145849-39145863promoter 内 2164-2178 bp + 1823 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 39147686-39149943(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AATGGATAACACTAA
SmilChr01G001905 Chr01 NC_080387.1:34143777-34143791promoter 内 2088-2102 bp - 1899 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 34145690-34147238(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TCCGACTTATCCAAA
SmilChr02G003957 Chr02 NC_080388.1:61746606-61746620promoter 内 2038-2052 bp + 1949 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 61739925-61744657(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAATTGTTATCCAAT
SmilChr02G002429 Chr02 NC_080388.1:42308329-42308343promoter 内 2029-2043 bp - 1958 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 42310301-42311440(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAACACTTATCCTTT
SmilChr01G004496 Chr01 NC_080387.1:63070610-63070624promoter 内 2014-2028 bp + 1973 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 63072597-63075081(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GAAGGATAAGATGGC
SmilChr02G002768 Chr02 NC_080388.1:47742344-47742358promoter 内 2014-2028 bp + 1973 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 47744331-47750293(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TAGTGATAAGGTTTA
SmilChr02G003709 Chr02 NC_080388.1:58646521-58646535promoter 内 1981-1995 bp + 2006 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 58648541-58658191(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTGGATAAGTCGGA
SmilChr01G001191 Chr01 NC_080387.1:24065659-24065673promoter 内 1959-1973 bp + 2028 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 24058282-24063631(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CCATCTTTATCCAAA
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