转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G002503; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027448-RA_Salv SmilChr03G002503 MYB XP_057801356.1 MP00482 AAAATATGACCGTTG

可能结合的靶基因

8940 个结合位点 6899 个候选靶基因 第 78 / 138 下载 TSV

上一页 78 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003606 Chr01 NC_080387.1:54595757-54595771promoter 内 1297-1311 bp + 2690 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 54590250-54593067(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAGTTAAAG
SmilChr02G002998 Chr02 NC_080388.1:50664458-50664472promoter 内 1291-1305 bp - 2696 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 50658167-50661762(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CTTTAACTACCGTTG
SmilChr01G005543 Chr01 NC_080387.1:72249085-72249099promoter 内 1244-1258 bp - 2743 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 72244774-72246342(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CTATAAAAACCGTTG
SmilChr02G002999 Chr02 NC_080388.1:50664458-50664472promoter 内 1244-1258 bp - 2743 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 50667215-50669990(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAGTTAAAG
SmilChr05G002089 Chr05 NC_080391.1:21885538-21885552promoter 内 1146-1160 bp - 2841 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 21880892-21882697(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GGGCGGTGACCGTTG
SmilChr01G001904 Chr01 NC_080387.1:34139782-34139796promoter 内 1139-1153 bp + 2848 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 34142644-34143464(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAAGATCAACCGTTG
SmilChr05G000382 Chr05 NC_080391.1:2875116-2875130promoter 内 1120-1134 bp - 2867 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 2877997-2880591(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTTGAAATA
SmilChr05G002064 Chr05 NC_080391.1:21505250-21505264promoter 内 1108-1122 bp + 2879 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 21501875-21502371(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTTTTATAG
SmilChr01G005189 Chr01 NC_080387.1:69591265-69591279promoter 内 1105-1119 bp + 2882 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 69594161-69598476(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATATGTGTACCGTTG
SmilChr03G000157 Chr03 NC_080389.1:1723138-1723152promoter 内 1049-1063 bp - 2938 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 1713154-1720200(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AGATATATACCGTTG
SmilChr03G004346 Chr03 NC_080389.1:61733668-61733682promoter 内 1009-1023 bp - 2978 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 61736660-61739767(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCGCACAGG
SmilChr07G000508 Chr07 NC_080393.1:3583234-3583248promoter 内 993-1007 bp + 2994 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 3577751-3580240(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTAACCTCT
SmilChr02G000549 Chr02 NC_080388.1:7638270-7638284promoter 内 952-966 bp + 3035 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 7641319-7646267(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTGATTGAACCGTTG
SmilChr03G001418 Chr03 NC_080389.1:16812650-16812664promoter 内 948-962 bp + 3039 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 16815703-16820610(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTAGATTTACCGTTG
SmilChr06G001724 Chr06 NC_080392.1:19882185-19882199promoter 内 860-874 bp + 3127 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 19876374-19879058(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAACGGTCAATAGAG
SmilChr06G002989 Chr06 NC_080392.1:42704425-42704439promoter 内 860-874 bp - 3127 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 42707566-42709698(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAAAAGAGC
SmilChr01G004915 Chr01 NC_080387.1:67176964-67176978promoter 内 854-868 bp - 3133 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 67180111-67184533(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCCAATGCA
SmilChr07G000510 Chr07 NC_080393.1:3583234-3583248promoter 内 772-786 bp + 3215 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 3586463-3588873(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AGAGGTTAACCGTTG
SmilChr07G001492 Chr07 NC_080393.1:11802309-11802323promoter 内 765-779 bp - 3222 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 11805545-11806415(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCCAATGCA
SmilChr03G000832 Chr03 NC_080389.1:9558841-9558855promoter 内 742-756 bp - 3245 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 9548359-9555596(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ACCATCCAACCGTTG
SmilChr03G004500 Chr03 NC_080389.1:63125899-63125913promoter 内 706-720 bp - 3281 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 63120016-63122618(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GCGTAACGACCGTTA
SmilChr04G003442 Chr04 NC_080390.1:50946110-50946124promoter 内 703-717 bp + 3284 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 50938830-50942826(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTATCTGCC
SmilChr07G000655 Chr07 NC_080393.1:4410402-4410416promoter 内 671-685 bp + 3316 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 4405150-4407086(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCAACAGAG
SmilChr07G002707 Chr07 NC_080393.1:26453605-26453619promoter 内 670-684 bp + 3317 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 26456936-26459485(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GGGCGGTGACCGTTG
SmilChr01G001841 Chr01 NC_080387.1:33346710-33346724promoter 内 573-587 bp + 3414 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 33350138-33352410(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CACCTGTGACCGTTA
SmilChr02G004897 Chr02 NC_080388.1:70989493-70989507promoter 内 557-571 bp - 3430 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 70984733-70986063(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GGGCGGTGACCGTTG
SmilChr03G000370 Chr03 NC_080389.1:4148614-4148628promoter 内 539-553 bp + 3448 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 4143797-4145166(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAAAGAGTG
SmilChr04G002788 Chr04 NC_080390.1:43758566-43758580promoter 内 530-544 bp + 3457 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 43762037-43765680(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTCATCGGACCGTTG
SmilChr03G001330 Chr03 NC_080389.1:15548151-15548165promoter 内 480-494 bp - 3507 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 15544519-15544644(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTAGATTTACCGTTG
SmilChr08G002936 Chr08 NC_080394.1:29384060-29384074promoter 内 467-481 bp + 3520 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 29378458-29380540(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCGATGCTC
SmilChr07G000248 Chr07 NC_080393.1:1585521-1585535promoter 内 460-474 bp - 3527 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 1589062-1590921(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAAGTGAGT
SmilChr06G002484 Chr06 NC_080392.1:35683636-35683650promoter 内 409-423 bp - 3578 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 35679582-35680058(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTGAGACGACCGTTG
SmilChr03G002849 Chr03 NC_080389.1:45037924-45037938promoter 内 394-408 bp + 3593 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 45041531-45047348(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CCATGAGAACCGTTG
SmilChr08G001058 Chr08 NC_080394.1:8142172-8142186promoter 内 329-343 bp - 3658 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 8137623-8138514(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CTGAATCAACCGTTG
SmilChr01G001262 Chr01 NC_080387.1:25327719-25327733promoter 内 317-331 bp + 3670 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 25323657-25324049(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTACACATAT
SmilChr08G001022 Chr08 NC_080394.1:7760136-7760150promoter 内 307-321 bp - 3680 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 7755571-7756456(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CTGAATCAACCGTTG
SmilChr07G000245 Chr07 NC_080393.1:1585521-1585535promoter 内 246-260 bp - 3741 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 1579872-1581780(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ACTCACTTACCGTTG
SmilChr05G001868 Chr05 NC_080391.1:18833291-18833305promoter 内 243-257 bp + 3744 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 18828257-18829547(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAACAGCCC
SmilChr03G002847 Chr03 NC_080389.1:45037924-45037938promoter 内 242-256 bp + 3745 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 45029734-45034179(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTCTCATGG
SmilChr03G001416 Chr03 NC_080389.1:16812650-16812664promoter 内 215-229 bp + 3772 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 16805945-16808878(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAAATCTAA
SmilChr03G000372 Chr03 NC_080389.1:4163137-4163151promoter 内 114-128 bp + 3873 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 4158434-4159264(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAAAGAGTG
SmilChr03G001057 Chr03 NC_080389.1:12279525-12279539promoter 内 100-114 bp + 3887 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 12283426-12284432(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AGATATATACCGTTG
SmilChr05G001920 Chr05 NC_080391.1:19475980-19475994promoter 内 58-72 bp + 3929 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 19465429-19472051(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTGTTGTAT
SmilChr02G005227 Chr02 NC_080388.1:73475274-73475288promoter 内 53-67 bp - 3934 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 73468206-73471340(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CTGTCCTTACCGTTG
SmilChr04G000675 Chr04 NC_080390.1:7707229-7707243promoter 内 3558-3572 bp - 429 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 9 7707672-7708575(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAACGGTCGTTGTAT
SmilChr03G002888 Chr03 NC_080389.1:45548999-45549013promoter 内 2905-2919 bp - 1082 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 9 45550095-45553642(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAACGGTCGTTGTAT
SmilChr01G003428 Chr01 NC_080387.1:52940336-52940350promoter 内 2240-2254 bp - 1747 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 9 52942097-52942661(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAACGGTCGTTGTAT
SmilChr01G003429 Chr01 NC_080387.1:52940336-52940350promoter 内 1575-1589 bp - 2412 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 9 52942762-52943529(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAACGGTCGTTGTAT
SmilChr01G002984 Chr01 NC_080387.1:48770645-48770659promoter 内 538-552 bp - 3449 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 9 48764304-48767196(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATACAACGACCGTTA
SmilChr08G000639 Chr08 NC_080394.1:4761468-4761482promoter 内 3640-3654 bp + 347 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 8 4754735-4761121(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAACGGTCGTTGTAT