转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001111; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00023725-RA_Salv SmilChr06G001111 MYB XP_057768512.1 MP00388 AAAGTTAGGTATAA

可能结合的靶基因

9774 个结合位点 6870 个候选靶基因 第 84 / 138 下载 TSV

上一页 84 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005073 Chr01 NC_080387.1:68600839-68600852promoter 内 393-406 bp + 3595 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 68604447-68611572(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTAGTTAGGTGTTT
SmilChr03G000703 Chr03 NC_080389.1:7849998-7850011promoter 内 374-387 bp + 3614 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 7841878-7846384(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GGCAACCTAACAAA
SmilChr03G000561 Chr03 NC_080389.1:6098211-6098224promoter 内 316-329 bp + 3672 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 6101896-6104054(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CGAGTTAGGTTTTA
SmilChr02G004772 Chr02 NC_080388.1:69888437-69888450promoter 内 303-316 bp - 3685 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 69892135-69895808(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTGTACCTAAATAT
SmilChr02G005245 Chr02 NC_080388.1:73611743-73611756promoter 内 237-250 bp - 3751 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 73605015-73607992(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AAATTTAGGTACAT
SmilChr03G000428 Chr03 NC_080389.1:4668114-4668127promoter 内 226-239 bp + 3762 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 4657135-4664352(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CATTACCTAATCTT
SmilChr01G002585 Chr01 NC_080387.1:43997674-43997687promoter 内 215-228 bp + 3773 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 43985532-43993901(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AAAAACCTAACTCA
SmilChr02G000871 Chr02 NC_080388.1:14997942-14997955promoter 内 140-153 bp - 3848 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 15001803-15003549(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AACTACCTAACAGA
SmilChr01G002020 Chr01 NC_080387.1:35768853-35768866promoter 内 93-106 bp - 3895 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 35772761-35775153(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTTCACCTAACAGG
SmilChr02G000048 Chr02 NC_080388.1:646571-646584promoter 内 59-72 bp + 3929 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 650513-656626(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AAATTTAGGTACAT
SmilChr02G000173 Chr02 NC_080388.1:2222009-2222022promoter 内 36-49 bp - 3952 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 2211989-2218057(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AAATTTAGGTACAT
SmilChr02G002632 Chr02 NC_080388.1:45701437-45701450promoter 内 19-32 bp - 3969 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 45697397-45697468(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATTGTTAGGTTATG
SmilChr03G002180 Chr03 NC_080389.1:33889314-33889327promoter 内 3927-3940 bp + 61 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 4 33889388-33890394(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ACTAGTAGGTATGA
SmilChr01G001162 Chr01 NC_080387.1:23613224-23613237promoter 内 2450-2463 bp + 1538 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 23614775-23616980(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTTGTTAGGTCATG
SmilChr01G003629 Chr01 NC_080387.1:54827206-54827219promoter 内 1068-1081 bp + 2920 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 54821593-54824286(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GAGGACCTAACATG
SmilChr01G001044 Chr01 NC_080387.1:21688136-21688149promoter 内 2797-2810 bp + 1191 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 21684371-21686945(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AGGGGCCTAACTTT
SmilChr01G002782 Chr01 NC_080387.1:46280115-46280128promoter 内 2610-2623 bp - 1378 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 46272630-46278737(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AATAGTAGGTATCA
SmilChr03G002181 Chr03 NC_080389.1:33889314-33889327promoter 内 2525-2538 bp + 1463 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 33890790-33894444(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ACTAGTAGGTATGA
SmilChr02G004307 Chr02 NC_080388.1:65451875-65451888promoter 内 2075-2088 bp + 1913 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 65445620-65449962(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AAATACCTAATTTT
SmilChr01G005944 Chr01 NC_080387.1:75191309-75191322promoter 内 2060-2073 bp - 1928 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 75188299-75189381(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CGTAGTAGGTATGG
SmilChr02G001090 Chr02 NC_080388.1:19613384-19613397promoter 内 1860-1873 bp + 2128 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 19610036-19611256(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTATACCAAACACC
SmilChr03G001631 Chr03 NC_080389.1:21005663-21005676promoter 内 1441-1454 bp - 2547 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 21008223-21009296(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATATACCTACTTGT
SmilChr02G004308 Chr02 NC_080388.1:65451875-65451888promoter 内 1390-1403 bp + 2598 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 65454486-65460577(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AAAATTAGGTATTT
SmilChr02G003464 Chr02 NC_080388.1:55929710-55929723promoter 内 1305-1318 bp - 2683 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 55932406-55936660(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AACAACCTAACTAC
SmilChr01G002816 Chr01 NC_080387.1:46720858-46720871promoter 内 1304-1317 bp - 2684 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 46723555-46729059(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TCAGACCTAACGCC
SmilChr01G003238 Chr01 NC_080387.1:51132762-51132775promoter 内 1217-1230 bp + 2771 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 51127601-51129991(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GGAAACCTAACCAC
SmilChr02G000632 Chr02 NC_080388.1:9509403-9509416promoter 内 986-999 bp - 3002 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 9512418-9513257(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AGTAACCTAACATC
SmilChr01G000487 Chr01 NC_080387.1:9946467-9946480promoter 内 909-922 bp + 3079 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 9942587-9943388(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GGCTACCTAATTAA
SmilChr02G002876 Chr02 NC_080388.1:49005426-49005439promoter 内 586-599 bp - 3402 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 49008841-49014202(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GCGCACCTAACGCC
SmilChr01G002553 Chr01 NC_080387.1:43649743-43649756promoter 内 149-162 bp + 3839 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 43644592-43645904(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CCGTACCTAAAATA
SmilChr01G001861 Chr01 NC_080387.1:33566345-33566358promoter 内 67-80 bp + 3921 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 33570279-33572198(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GGTGTTTGGTATAA
SmilChr02G000200 Chr02 NC_080388.1:2580479-2580492promoter 内 3987-4000 bp + 1 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 2578649-2580478(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GAAAACCTAACTCC
SmilChr03G002092 Chr03 NC_080389.1:32249338-32249351promoter 内 3948-3961 bp - 40 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 32245226-32249298(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TCTATTAGGTACAT
SmilChr02G000630 Chr02 NC_080388.1:9510687-9510700promoter 内 3931-3944 bp + 57 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 9504658-9510630(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTATACCAACCCAA
SmilChr02G002859 Chr02 NC_080388.1:48777554-48777567promoter 内 3624-3637 bp - 364 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 48772585-48777190(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATTGTTAGGTGATA
SmilChr01G002649 Chr01 NC_080387.1:44813358-44813371promoter 内 3559-3572 bp + 429 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 44812550-44812929(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TCTGACCTAACGCA
SmilChr01G004849 Chr01 NC_080387.1:66640347-66640360promoter 内 3462-3475 bp - 526 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 66636330-66639821(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TGAGTTAGGCAGCT
SmilChr02G002512 Chr02 NC_080388.1:43574484-43574497promoter 内 3460-3473 bp - 528 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 43572007-43573956(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATTATTAGGTATCG
SmilChr02G004410 Chr02 NC_080388.1:66429448-66429461promoter 内 3290-3303 bp - 698 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 66420343-66428750(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTAAGTAGGTATCA
SmilChr03G000197 Chr03 NC_080389.1:2242580-2242593promoter 内 3276-3289 bp - 712 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 2229827-2241868(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GCCGTTAGGTACCG
SmilChr03G000737 Chr03 NC_080389.1:8349391-8349404promoter 内 3239-3252 bp + 749 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 8350153-8351648(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TAATTTAGGTACGT
SmilChr02G004542 Chr02 NC_080388.1:67990735-67990748promoter 内 3088-3101 bp + 900 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 67988961-67989835(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATACACCTAACGTT
SmilChr01G002038 Chr01 NC_080387.1:36007325-36007338promoter 内 3074-3087 bp + 914 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 36008252-36008563(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GGGGTTAGGTCATA
SmilChr02G001393 Chr02 NC_080388.1:26465744-26465757promoter 内 2928-2941 bp + 1060 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 26466817-26470187(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATGGTTAGGTGGTT
SmilChr02G001026 Chr02 NC_080388.1:18188907-18188920promoter 内 2862-2875 bp + 1126 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 18186984-18187781(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AATAACCTAACTCA
SmilChr02G000085 Chr02 NC_080388.1:1121394-1121407promoter 内 2834-2847 bp + 1154 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 1122561-1123919(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TAATTTAGGTATAG
SmilChr03G002335 Chr03 NC_080389.1:36835343-36835356promoter 内 2812-2825 bp - 1176 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 36833359-36834167(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TAATTTAGGTATGA
SmilChr01G004847 Chr01 NC_080387.1:66620327-66620340promoter 内 2778-2791 bp - 1210 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 66621550-66625582(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTATACCTAATAGA
SmilChr01G004571 Chr01 NC_080387.1:63766516-63766529promoter 内 2715-2728 bp + 1273 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 63767802-63779065(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CATATTAGGTATAC
SmilChr02G001797 Chr02 NC_080388.1:32758968-32758981promoter 内 2672-2685 bp - 1316 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 32760297-32763479(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GAGCACCTAACAAA