转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005217; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00006334-RA_Salv SmilChr02G005217 G2-like XP_057792502.1 MP00022 GAGAATCTGT

可能结合的靶基因

9720 个结合位点 6959 个候选靶基因 第 86 / 140 下载 TSV

上一页 86 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G003204 Chr03 NC_080389.1:49584690-49584699promoter 内 3866-3875 bp - 126 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 49583985-49584564(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CAGAATCTTG
SmilChr02G002244 Chr02 NC_080388.1:39857996-39858005promoter 内 3836-3845 bp + 156 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 39856971-39857840(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CAAGATTCTG
SmilChr03G001017 Chr03 NC_080389.1:11707311-11707320promoter 内 3836-3845 bp - 156 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 11707476-11708342(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CAAGATTCTG
SmilChr02G001552 Chr02 NC_080388.1:28806342-28806351promoter 内 3743-3752 bp - 249 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 28806600-28807767(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CTAGATTCTT
SmilChr03G001801 Chr03 NC_080389.1:24614986-24614995promoter 内 3516-3525 bp - 476 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 24613175-24614510(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 AAGAATCTAG
SmilChr02G002074 Chr02 NC_080388.1:37328936-37328945promoter 内 3439-3448 bp - 553 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 37329498-37330279(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CAAGATTCTG
SmilChr04G000423 Chr04 NC_080390.1:4492393-4492402promoter 内 3343-3352 bp + 649 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 4490669-4491744(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CAAGATTCTG
SmilChr03G001423 Chr03 NC_080389.1:16859380-16859389promoter 内 3239-3248 bp + 753 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 16857776-16858627(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CTAGATTCTT
SmilChr01G000013 Chr01 NC_080387.1:287587-287596promoter 内 3066-3075 bp - 926 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 286077-286661(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 AAGAATCTAG
SmilChr01G000014 Chr01 NC_080387.1:297244-297253promoter 内 3066-3075 bp - 926 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 295734-296318(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 AAGAATCTAG
SmilChr03G003396 Chr03 NC_080389.1:52357221-52357230promoter 内 2764-2773 bp + 1228 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 52358458-52363774(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 AAGAATCTAG
SmilChr03G002733 Chr03 NC_080389.1:43431944-43431953promoter 内 2728-2737 bp - 1264 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 43433217-43434944(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CTAGATTCTT
SmilChr03G000603 Chr03 NC_080389.1:6680800-6680809promoter 内 2678-2687 bp + 1314 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 6682123-6685929(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 AAGAATCTAG
SmilChr01G003825 Chr01 NC_080387.1:56584512-56584521promoter 内 2677-2686 bp + 1315 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 56585836-56587390(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 AAGAATCTAG
SmilChr01G005172 Chr01 NC_080387.1:69473330-69473339promoter 内 2585-2594 bp - 1407 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 69474746-69476712(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CAAGATTCTG
SmilChr03G001691 Chr03 NC_080389.1:22427295-22427304promoter 内 2363-2372 bp - 1629 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 22428933-22429433(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CTAGATTCTT
SmilChr03G003294 Chr03 NC_080389.1:51043034-51043043promoter 内 2274-2283 bp - 1718 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 51044761-51045769(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CTAGATTCTT
SmilChr03G004581 Chr03 NC_080389.1:63674930-63674939promoter 内 2068-2077 bp + 1924 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 63676863-63680716(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CAGAATCTTG
SmilChr04G000649 Chr04 NC_080390.1:7344579-7344588promoter 内 1998-2007 bp + 1994 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 7346582-7347817(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CAGAATCTTG
SmilChr02G004715 Chr02 NC_080388.1:69417228-69417237promoter 内 1741-1750 bp + 2251 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 69409231-69414977(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CAAGATTCTG
SmilChr03G001747 Chr03 NC_080389.1:23656895-23656904promoter 内 1627-1636 bp + 2365 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 23659269-23660906(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 AAGAATCTAG
SmilChr03G000547 Chr03 NC_080389.1:5940298-5940307promoter 内 1591-1600 bp - 2401 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 5936672-5937897(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 AAGAATCTAG
SmilChr03G001800 Chr03 NC_080389.1:24614986-24614995promoter 内 1548-1557 bp - 2444 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 24610358-24612542(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 AAGAATCTAG
SmilChr02G003098 Chr02 NC_080388.1:51849339-51849348promoter 内 1513-1522 bp + 2479 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 51843357-51846860(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CTAGATTCTT
SmilChr02G001786 Chr02 NC_080388.1:32633365-32633374promoter 内 1458-1467 bp - 2534 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 32635908-32639947(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CTAGATTCTT
SmilChr03G003203 Chr03 NC_080389.1:49584690-49584699promoter 内 1371-1380 bp - 2621 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 49579324-49582069(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CAGAATCTTG
SmilChr03G000720 Chr03 NC_080389.1:8059019-8059028promoter 内 1369-1378 bp - 2623 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 8061651-8063327(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CAAGATTCTG
SmilChr01G001164 Chr01 NC_080387.1:23641813-23641822promoter 内 1109-1118 bp + 2883 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 23637805-23638930(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CAAGATTCTG
SmilChr01G000276 Chr01 NC_080387.1:5464016-5464025promoter 内 1077-1086 bp - 2915 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 5466940-5467395(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CAAGATTCTG
SmilChr01G002227 Chr01 NC_080387.1:38739236-38739245promoter 内 1077-1086 bp + 2915 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 38742160-38743032(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 AAGAATCTAG
SmilChr01G000850 Chr01 NC_080387.1:18374736-18374745promoter 内 834-843 bp - 3158 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 18377903-18379460(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CAAGATTCTG
SmilChr02G005332 Chr02 NC_080388.1:74158923-74158932promoter 内 669-678 bp - 3323 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 74153415-74155600(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 AAGAATCTAG
SmilChr02G003873 Chr02 NC_080388.1:60776948-60776957promoter 内 569-578 bp + 3423 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 60771051-60773525(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CAAGATTCTG
SmilChr02G003397 Chr02 NC_080388.1:55093869-55093878promoter 内 530-539 bp - 3462 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 55097340-55103506(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CTAGATTCTT
SmilChr02G004421 Chr02 NC_080388.1:66526093-66526102promoter 内 329-338 bp - 3663 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 66529765-66536844(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CTAGATTCTT
SmilChr03G001018 Chr03 NC_080389.1:11707311-11707320promoter 内 274-283 bp - 3718 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 11711038-11712571(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CAAGATTCTG
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