转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003688; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003637-RA_Salv SmilChr02G003688 MYB XP_057794248.1 MP00028 GGCTCAGCGCG

可能结合的靶基因

9024 个结合位点 6764 个候选靶基因 第 1 / 136 下载 TSV

1 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G000846 Chr08 NC_080394.1:6277666-6277676promoter 内 1256-1266 bp - 2735 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 6280411-6283130(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGAGCC
SmilChr08G002235 Chr08 NC_080394.1:20461909-20461919promoter 内 494-504 bp + 3497 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 20465416-20471175(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCGCG
SmilChr03G003644 Chr03 NC_080389.1:55115253-55115263promoter 内 2239-2249 bp + 1752 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 55117015-55119453(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCTCAGCGCG
SmilChr04G001057 Chr04 NC_080390.1:15143107-15143117promoter 内 1972-1982 bp - 2019 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 15145136-15145752(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGAGCG
SmilChr05G002862 Chr05 NC_080391.1:34121711-34121721promoter 内 1887-1897 bp - 2104 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 34123825-34124359(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGAGCG
SmilChr08G000937 Chr08 NC_080394.1:6949199-6949209promoter 内 3237-3247 bp - 754 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 1 6948373-6948445(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCTCAGCGCG
SmilChr01G000925 Chr01 NC_080387.1:19607644-19607654promoter 内 2077-2087 bp - 1914 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 1 19590326-19605730(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCTCAGCGCG
SmilChr02G002050 Chr02 NC_080388.1:36915528-36915538promoter 内 1202-1212 bp + 2789 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 1 36918327-36927870(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCTCAGCGCG
SmilChr07G003611 Chr07 NC_080393.1:42366673-42366683promoter 内 85-95 bp - 3906 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 1 42360303-42362767(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCTCAGCGCG
SmilChr05G002645 Chr05 NC_080391.1:29843071-29843081promoter 内 3212-3222 bp - 779 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 4 29839348-29842292(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCGCC
SmilChr02G000546 Chr02 NC_080388.1:7530523-7530533promoter 内 3867-3877 bp + 124 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 7530657-7533489(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCGCC
SmilChr07G000464 Chr07 NC_080393.1:3270981-3270991promoter 内 3129-3139 bp - 862 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 3268767-3270119(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCGCC
SmilChr01G004170 Chr01 NC_080387.1:60192879-60192889promoter 内 2912-2922 bp + 1079 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 60188254-60191800(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAGCC
SmilChr01G004171 Chr01 NC_080387.1:60192879-60192889promoter 内 602-612 bp + 3389 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 60196278-60197701(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCGCC
SmilChr03G001473 Chr03 NC_080389.1:17668908-17668918promoter 内 3758-3768 bp + 233 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 17666529-17668675(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAGCC
SmilChr02G000972 Chr02 NC_080388.1:17015515-17015525promoter 内 3538-3548 bp + 453 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 17015978-17017336(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCGCC
SmilChr01G004107 Chr01 NC_080387.1:59589350-59589360promoter 内 3438-3448 bp - 553 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 59584356-59588797(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCGCC
SmilChr05G003716 Chr05 NC_080391.1:50283351-50283361promoter 内 3248-3258 bp - 743 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 50284104-50285354(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAGCC
SmilChr01G002771 Chr01 NC_080387.1:46151831-46151841promoter 内 3215-3225 bp + 776 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 46152617-46155559(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCGCC
SmilChr06G000295 Chr06 NC_080392.1:2085949-2085959promoter 内 3215-3225 bp - 776 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 2082229-2085173(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCGCC
SmilChr03G002872 Chr03 NC_080389.1:45383131-45383141promoter 内 3211-3221 bp + 780 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 45383921-45386756(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCGCC
SmilChr08G004284 Chr08 NC_080394.1:52486737-52486747promoter 内 3211-3221 bp - 780 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 52482008-52485957(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCGCC
SmilChr02G000151 Chr02 NC_080388.1:1991738-1991748promoter 内 3188-3198 bp + 803 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 1992551-1995058(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCGCC
SmilChr02G001712 Chr02 NC_080388.1:31514944-31514954promoter 内 3010-3020 bp - 981 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 31512651-31513963(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCGCC
SmilChr02G000071 Chr02 NC_080388.1:900883-900893promoter 内 2986-2996 bp - 1005 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 897628-899878(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCGCC
SmilChr03G004647 Chr03 NC_080389.1:64024204-64024214promoter 内 2920-2930 bp + 1071 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 64020398-64023133(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAGCC
SmilChr02G001367 Chr02 NC_080388.1:25761842-25761852promoter 内 2732-2742 bp - 1259 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 25759521-25760583(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCGCC
SmilChr02G001234 Chr02 NC_080388.1:22658877-22658887promoter 内 2718-2728 bp - 1273 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 22656557-22657604(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCGCC
SmilChr04G001568 Chr04 NC_080390.1:25987742-25987752promoter 内 2680-2690 bp - 1311 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 25989063-25993539(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAGCC
SmilChr02G000973 Chr02 NC_080388.1:17015515-17015525promoter 内 2078-2088 bp + 1913 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 17017438-17018094(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCGCC
SmilChr07G002718 Chr07 NC_080393.1:26638819-26638829promoter 内 2028-2038 bp - 1963 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 26640792-26648171(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAGCC
SmilChr01G000487 Chr01 NC_080387.1:9945889-9945899promoter 内 1490-1500 bp + 2501 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 9942587-9943388(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAGCC
SmilChr01G003381 Chr01 NC_080387.1:52509226-52509236promoter 内 1427-1437 bp - 2564 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 52505069-52506662(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCGCC
SmilChr08G004468 Chr08 NC_080394.1:54341545-54341555promoter 内 1078-1088 bp + 2913 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 54344468-54345071(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCGCC
SmilChr01G003382 Chr01 NC_080387.1:52509226-52509236promoter 内 986-996 bp - 3005 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 52512241-52516320(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAGCC
SmilChr01G004108 Chr01 NC_080387.1:59589350-59589360promoter 内 822-832 bp - 3169 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 59592529-59599790(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAGCC
SmilChr04G001567 Chr04 NC_080390.1:25987742-25987752promoter 内 800-810 bp - 3191 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 25983405-25984551(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCGCC
SmilChr08G003412 Chr08 NC_080394.1:36142730-36142740promoter 内 712-722 bp + 3279 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 36137833-36139451(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAGCC
SmilChr02G002216 Chr02 NC_080388.1:39409725-39409735promoter 内 558-568 bp - 3433 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 39404594-39406292(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCGCC
SmilChr01G000615 Chr01 NC_080387.1:13568162-13568172promoter 内 519-529 bp - 3472 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 13571644-13579885(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAGCC
SmilChr08G001329 Chr08 NC_080394.1:10627093-10627103promoter 内 208-218 bp + 3783 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 10619952-10623310(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAGCC
SmilChr07G002842 Chr07 NC_080393.1:28523773-28523783promoter 内 185-195 bp + 3806 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 28516198-28519967(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAGCC
SmilChr05G003715 Chr05 NC_080391.1:50273621-50273631promoter 内 83-93 bp - 3908 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 50277539-50280247(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAGCC
SmilChr06G002662 Chr06 NC_080392.1:38467955-38467965promoter 内 3622-3632 bp - 369 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 4 38467070-38467586(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCGGG
SmilChr03G002511 Chr03 NC_080389.1:39975866-39975876promoter 内 2758-2768 bp + 1233 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 4 39977109-39978918(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCGGG
SmilChr03G002510 Chr03 NC_080389.1:39975866-39975876promoter 内 229-239 bp + 3762 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 3 39962334-39972104(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCCGCTGAGCC
SmilChr07G000585 Chr07 NC_080393.1:3998392-3998402promoter 内 2222-2232 bp + 1769 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 2 4000171-4002213(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCGGG
SmilChr01G002821 Chr01 NC_080387.1:46771252-46771262promoter 内 2148-2158 bp + 1843 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 1 46765440-46769409(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCCGCTGAGCC
SmilChr04G002553 Chr04 NC_080390.1:40834270-40834280promoter 内 1004-1014 bp + 2987 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 4 40830663-40831283(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGAGGC
SmilChr04G002554 Chr04 NC_080390.1:40834270-40834280promoter 内 3778-3788 bp + 213 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 40831681-40834057(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGAGGC