转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G000949; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003681-RA_Salv SmilChr02G000949 bZIP XP_057795176.1 MP00318 TGCCACGTCAGCATT

可能结合的靶基因

9413 个结合位点 6849 个候选靶基因 第 11 / 137 下载 TSV

上一页 11 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001269 Chr03 NC_080389.1:14723742-14723756promoter 内 1043-1057 bp - 2944 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 14726700-14727998(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GAAGGCCACGTGGCG
SmilChr02G003218 Chr02 NC_080388.1:53365825-53365839promoter 内 293-307 bp + 3694 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 53358199-53362131(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTGTGTGACGTGGCA
SmilChr02G000485 Chr02 NC_080388.1:6616905-6616919promoter 内 3904-3918 bp - 83 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 6613893-6616822(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCACACAC
SmilChr05G002470 Chr05 NC_080391.1:27218268-27218282promoter 内 3838-3852 bp + 149 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 27218431-27222151(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCAGAATT
SmilChr07G001974 Chr07 NC_080393.1:17306417-17306431promoter 内 3747-3761 bp + 240 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 17303669-17306177(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGTGGACACGTGGCA
SmilChr04G001276 Chr04 NC_080390.1:20291353-20291367promoter 内 3659-3673 bp + 328 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 20291695-20292501(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTCAGCAGC
SmilChr07G001970 Chr07 NC_080393.1:17262860-17262874promoter 内 3576-3590 bp + 411 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 17254652-17262449(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGTGGACACGTGGCA
SmilChr04G001275 Chr04 NC_080390.1:20291353-20291367promoter 内 2591-2605 bp + 1396 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 20273678-20289957(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GCTGCTGACGTGGCT
SmilChr06G003097 Chr06 NC_080392.1:43817356-43817370promoter 内 2499-2513 bp + 1488 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 43818858-43822167(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTCAGCCCT
SmilChr08G002379 Chr08 NC_080394.1:22582386-22582400promoter 内 2302-2316 bp - 1685 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 22577063-22580701(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTCAGCAGC
SmilChr01G000016 Chr01 NC_080387.1:344166-344180promoter 内 1978-1992 bp + 2009 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 346189-354787(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGATCAAA
SmilChr01G003827 Chr01 NC_080387.1:56604057-56604071promoter 内 1728-1742 bp - 2259 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 56599963-56601798(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCGTCTTC
SmilChr01G000111 Chr01 NC_080387.1:1882506-1882520promoter 内 1682-1696 bp - 2305 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 1871608-1880201(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGATCAAA
SmilChr04G002957 Chr04 NC_080390.1:45928501-45928515promoter 内 1267-1281 bp + 2720 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 45931235-45935277(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTCAGCCCT
SmilChr05G001816 Chr05 NC_080391.1:18175688-18175702promoter 内 1074-1088 bp + 2913 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 18178615-18179317(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGATCAAA
SmilChr02G000781 Chr02 NC_080388.1:12840201-12840215promoter 内 715-729 bp + 3272 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 12835022-12836929(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GACGGCGACGTGGCG
SmilChr07G002021 Chr07 NC_080393.1:18161144-18161158promoter 内 633-647 bp - 3354 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 18155188-18157790(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGATCAAA
SmilChr08G003653 Chr08 NC_080394.1:40187865-40187879promoter 内 27-41 bp - 3960 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 40180513-40183905(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCGCCGTC
SmilChr07G001758 Chr07 NC_080393.1:14888826-14888840promoter 内 3033-3047 bp + 954 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 3 14889794-14892447(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTCAGCTTC
SmilChr02G002157 Chr02 NC_080388.1:38796761-38796775promoter 内 2939-2953 bp + 1048 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 3 38797823-38799308(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCGGATTT
SmilChr01G005009 Chr01 NC_080387.1:68116781-68116795promoter 内 2503-2517 bp + 1484 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 3 68118279-68120350(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCGGATTT
SmilChr07G001757 Chr07 NC_080393.1:14888826-14888840promoter 内 1809-1823 bp + 2178 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 3 14885037-14886648(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GAAGCTGACGTGGCT
SmilChr04G001361 Chr04 NC_080390.1:22089616-22089630promoter 内 255-269 bp - 3732 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 3 22084731-22085884(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTAGGCACC
SmilChr05G003596 Chr05 NC_080391.1:48065885-48065899promoter 内 80-94 bp - 3907 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 3 48069806-48071920(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTTGATGACGTGGCG
SmilChr03G003517 Chr03 NC_080389.1:53764780-53764794promoter 内 3838-3852 bp - 149 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 53764943-53765617(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TCAGATGACGTGGCA
SmilChr04G003599 Chr04 NC_080390.1:52426178-52426192promoter 内 2087-2101 bp + 1900 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 52428092-52430533(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGACACGTCAGCTTC
SmilChr01G002598 Chr01 NC_080387.1:44157824-44157838promoter 内 527-541 bp + 3460 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 44146211-44154364(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CAGGCCCACGTGGCA
SmilChr03G002798 Chr03 NC_080389.1:44481133-44481147promoter 内 3835-3849 bp - 152 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 44481299-44481996(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TCAGATGACGTGGCA
SmilChr04G000906 Chr04 NC_080390.1:11791865-11791879promoter 内 3805-3819 bp + 182 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 11789200-11791683(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GCATCCGACGTGGCA
SmilChr02G004722 Chr02 NC_080388.1:69468303-69468317promoter 内 3201-3215 bp - 786 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 69460615-69467517(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCTGCTTC
SmilChr05G000068 Chr05 NC_080391.1:332116-332130promoter 内 3123-3137 bp - 864 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 332994-334220(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AATGCTGACGTGGCT
SmilChr05G002103 Chr05 NC_080391.1:22038234-22038248promoter 内 2957-2971 bp + 1030 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 22033520-22037204(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTTGCTGACGTGGAA
SmilChr03G001017 Chr03 NC_080389.1:11706255-11706269promoter 内 2780-2794 bp - 1207 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 11707476-11708342(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGTGTCGACGTGGCA
SmilChr03G002800 Chr03 NC_080389.1:44481133-44481147promoter 内 2527-2541 bp - 1460 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 44482607-44483331(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TCAGATGACGTGGCA
SmilChr05G003412 Chr05 NC_080391.1:45316444-45316458promoter 内 2521-2535 bp + 1466 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 45305308-45314978(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCGCAGACGTGGCA
SmilChr01G003359 Chr01 NC_080387.1:52335366-52335380promoter 内 2052-2066 bp + 1935 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 52325564-52333431(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGGGCCGACGTGGCG
SmilChr08G003046 Chr08 NC_080394.1:30610397-30610411promoter 内 1569-1583 bp + 2418 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 30612829-30613604(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGGGCCTG
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SmilChr03G003626 Chr03 NC_080389.1:54938063-54938077promoter 内 553-567 bp + 3434 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 54941511-54945913(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCCACGTCAGCAAC
SmilChr07G001759 Chr07 NC_080393.1:14888826-14888840promoter 内 382-396 bp + 3605 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 14892445-14894287(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTCAGCTTC
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SmilChr01G001878 Chr01 NC_080387.1:33807121-33807135promoter 内 2819-2833 bp + 1168 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 4 33808303-33811676(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAACTTC
SmilChr06G001680 Chr06 NC_080392.1:19065365-19065379promoter 内 1249-1263 bp - 2738 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 4 19068117-19073100(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GAGGGCCACGTGGCG
SmilChr02G004865 Chr02 NC_080388.1:70763793-70763807promoter 内 3979-3993 bp - 8 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 70763815-70766556(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TATTCTGACGTGGCG
SmilChr07G003833 Chr07 NC_080393.1:47441949-47441963promoter 内 3949-3963 bp - 38 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 47442001-47445704(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AATGTTGACGTGGCA
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SmilChr05G002080 Chr05 NC_080391.1:21740666-21740680promoter 内 3699-3713 bp + 288 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 21740968-21743967(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAACACT