转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 116 / 142 下载 TSV

上一页 116 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001207 Chr01 NC_080387.1:24290291-24290305promoter 内 3891-3905 bp + 96 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 24290401-24291253(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATAACCACCACCAA
SmilChr04G002951 Chr04 NC_080390.1:45841729-45841743promoter 内 3878-3892 bp + 109 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 45840095-45841620(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGTCGGTAGGTATT
SmilChr07G000410 Chr07 NC_080393.1:2836236-2836250promoter 内 3834-3848 bp - 153 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 2833609-2836083(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTAACTACCACACA
SmilChr03G003927 Chr03 NC_080389.1:58351129-58351143promoter 内 3808-3822 bp - 179 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 58351322-58352302(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTGTGGTAGTTATA
SmilChr02G005117 Chr02 NC_080388.1:72675980-72675994promoter 内 3771-3785 bp - 216 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 72672090-72675764(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACTACTTA
SmilChr01G006019 Chr01 NC_080387.1:75780598-75780612promoter 内 3757-3771 bp + 230 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 75780842-75781189(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCCCCTACCACCCC
SmilChr06G002852 Chr06 NC_080392.1:41283579-41283593promoter 内 3691-3705 bp - 296 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 41283889-41290921(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACTCGAGTAGGTGGG
SmilChr04G000023 Chr04 NC_080390.1:258628-258642promoter 内 3686-3700 bp + 301 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 258943-263908(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCACCTACCCATCG
SmilChr01G001119 Chr01 NC_080387.1:22826002-22826016promoter 内 3662-3676 bp - 325 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 22823266-22825677(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTACCTACCTTCCG
SmilChr06G001672 Chr06 NC_080392.1:18988560-18988574promoter 内 3593-3607 bp - 394 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 18986269-18988166(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCCCCCACCACCAA
SmilChr02G002682 Chr02 NC_080388.1:46464893-46464907promoter 内 3589-3603 bp + 398 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 46465305-46469714(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCGAGT
SmilChr03G002438 Chr03 NC_080389.1:38717510-38717524promoter 内 3558-3572 bp - 429 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 38716641-38717081(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCGAGT
SmilChr05G000387 Chr05 NC_080391.1:2911219-2911233promoter 内 3493-3507 bp + 494 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 2911727-2914144(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CATACCTACCGTGAA
SmilChr07G004690 Chr07 NC_080393.1:59829874-59829888promoter 内 3397-3411 bp + 590 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 59830478-59831552(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCCCCCACCACCAA
SmilChr08G000346 Chr08 NC_080394.1:2402276-2402290promoter 内 3379-3393 bp + 608 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 2400007-2401668(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCATAGTAGGTGGG
SmilChr01G004028 Chr01 NC_080387.1:58698006-58698020promoter 内 3366-3380 bp + 621 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 58698641-58701201(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CACACCTACTCGACC
SmilChr04G003665 Chr04 NC_080390.1:53099359-53099373promoter 内 3328-3342 bp - 659 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 53095125-53098700(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCACCTACCCATCG
SmilChr07G004550 Chr07 NC_080393.1:58226988-58227002promoter 内 3326-3340 bp - 661 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 58223058-58226327(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTACCTACCTGAAT
SmilChr01G004981 Chr01 NC_080387.1:67859180-67859194promoter 内 3300-3314 bp + 687 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 67855820-67858493(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAAGCAGTAGGTGCC
SmilChr08G003896 Chr08 NC_080394.1:46289952-46289966promoter 内 3292-3306 bp + 695 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 46290661-46292549(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTGCCGTCCT
SmilChr02G001691 Chr02 NC_080388.1:31189420-31189434promoter 内 3205-3219 bp + 782 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 31185986-31188638(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTTGAGGTAGGTAAC
SmilChr07G000085 Chr07 NC_080393.1:446238-446252promoter 内 3106-3120 bp - 881 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 440032-445357(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTCACCTACTACACT
SmilChr05G000186 Chr05 NC_080391.1:1498637-1498651promoter 内 3056-3070 bp + 931 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 1493467-1497706(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACATTGGTAGGTATA
SmilChr08G001398 Chr08 NC_080394.1:11207544-11207558promoter 内 3044-3058 bp + 943 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 11206530-11206601(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGGGGGCAGGTGGA
SmilChr02G003151 Chr02 NC_080388.1:52540812-52540826promoter 内 2976-2990 bp - 1011 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 52541837-52543643(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGGTGGTGGGGGGG
SmilChr02G003255 Chr02 NC_080388.1:53842543-53842557promoter 内 2928-2942 bp + 1059 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 53836245-53841484(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACTCGAGTAGGTGGG
SmilChr06G001320 Chr06 NC_080392.1:13706670-13706684promoter 内 2908-2922 bp + 1079 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 13704665-13705591(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACTCGAGTAGGTGGG
SmilChr01G005084 Chr01 NC_080387.1:68719868-68719882promoter 内 2869-2883 bp + 1118 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 68721000-68722304(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTAACAAAAT
SmilChr02G004133 Chr02 NC_080388.1:63596917-63596931promoter 内 2835-2849 bp - 1152 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 63594719-63595765(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACTTGCCA
SmilChr08G003122 Chr08 NC_080394.1:31530638-31530652promoter 内 2811-2825 bp - 1176 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 31531828-31534116(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTTAAGGTAGGTAAT
SmilChr01G002182 Chr01 NC_080387.1:37954610-37954624promoter 内 2791-2805 bp - 1196 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 37950605-37953414(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACTACTTT
SmilChr02G004137 Chr02 NC_080388.1:63635459-63635473promoter 内 2699-2713 bp + 1288 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 63627924-63634171(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGATGGGTAGGTGAT
SmilChr02G002891 Chr02 NC_080388.1:49206474-49206488promoter 内 2685-2699 bp + 1302 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 49204177-49205172(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACTCGAGTAGGTGGG
SmilChr07G001404 Chr07 NC_080393.1:10922988-10923002promoter 内 2682-2696 bp - 1305 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 10924307-10926416(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTAGGGGAG
SmilChr01G003047 Chr01 NC_080387.1:49451839-49451853promoter 内 2649-2663 bp + 1338 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 49448957-49450501(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATGGTGGTGGTTATT
SmilChr01G004840 Chr01 NC_080387.1:66533347-66533361promoter 内 2613-2627 bp + 1374 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 66534735-66537276(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCTCCCCACCACCAC
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