转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G002953; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011004-RA_Salv SmilChr04G002953 ARF XP_057809314.1 MP00033 TTTGTCGGC

可能结合的靶基因

9827 个结合位点 7406 个候选靶基因 第 117 / 149 下载 TSV

上一页 117 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001362 Chr02 NC_080388.1:25534837-25534845promoter 内 1978-1986 bp - 2015 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 25531465-25532822(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGCG
SmilChr03G002236 Chr03 NC_080389.1:35251222-35251230promoter 内 1972-1980 bp - 2021 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 35249131-35249201(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGCG
SmilChr02G005393 Chr02 NC_080388.1:74533349-74533357promoter 内 1963-1971 bp - 2030 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 74535387-74537827(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CGCGACAAA
SmilChr01G003256 Chr01 NC_080387.1:51267852-51267860promoter 内 1962-1970 bp - 2031 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 51262243-51265821(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGCG
SmilChr01G005823 Chr01 NC_080387.1:74237807-74237815promoter 内 1945-1953 bp - 2048 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 74231108-74235759(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGCG
SmilChr01G006185 Chr01 NC_080387.1:77363900-77363908promoter 内 1797-1805 bp + 2196 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 77359226-77361704(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CGCGACAAA
SmilChr03G002376 Chr03 NC_080389.1:37496503-37496511promoter 内 1784-1792 bp + 2209 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 37492807-37494294(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CGCGACAAA
SmilChr01G001790 Chr01 NC_080387.1:32752620-32752628promoter 内 1775-1783 bp + 2218 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 32754846-32757805(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGCG
SmilChr04G000499 Chr04 NC_080390.1:5454353-5454361promoter 内 1705-1713 bp - 2288 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 5456649-5458870(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CGCGACAAA
SmilChr01G003257 Chr01 NC_080387.1:51267852-51267860promoter 内 1683-1691 bp - 2310 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 51270170-51273124(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CGCGACAAA
SmilChr01G000743 Chr01 NC_080387.1:16432690-16432698promoter 内 1663-1671 bp - 2330 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 16435028-16436925(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CGCGACAAA
SmilChr01G005398 Chr01 NC_080387.1:71248349-71248357promoter 内 1656-1664 bp - 2337 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 71250694-71253099(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CGCGACAAA
SmilChr01G001649 Chr01 NC_080387.1:30553665-30553673promoter 内 1627-1635 bp + 2366 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 30549545-30551299(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CGCGACAAA
SmilChr01G005711 Chr01 NC_080387.1:73329187-73329195promoter 内 1610-1618 bp + 2383 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 73331578-73334536(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGCG
SmilChr01G002305 Chr01 NC_080387.1:39948084-39948092promoter 内 1595-1603 bp + 2398 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 39941461-39945686(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CGCGACAAA
SmilChr04G001265 Chr04 NC_080390.1:20075414-20075422promoter 内 1578-1586 bp - 2415 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 20070177-20072999(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGCG
SmilChr03G000787 Chr03 NC_080389.1:8959029-8959037promoter 内 1566-1574 bp + 2427 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 8961464-8962555(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGCG
SmilChr01G000125 Chr01 NC_080387.1:2102159-2102167promoter 内 1546-1554 bp + 2447 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 2098596-2099712(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CGCGACAAA
SmilChr02G004727 Chr02 NC_080388.1:69518088-69518096promoter 内 1534-1542 bp - 2459 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 69512346-69515629(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGCG
SmilChr03G003169 Chr03 NC_080389.1:49049905-49049913promoter 内 1497-1505 bp - 2496 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 49044591-49047409(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGCG
SmilChr03G001203 Chr03 NC_080389.1:13870641-13870649promoter 内 1492-1500 bp + 2501 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 13873150-13876332(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGCG
SmilChr01G005297 Chr01 NC_080387.1:70274661-70274669promoter 内 1473-1481 bp - 2520 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 70277189-70277889(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CGCGACAAA
SmilChr03G004042 Chr03 NC_080389.1:59424695-59424703promoter 内 1442-1450 bp - 2551 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 59419441-59422144(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGCG
SmilChr02G004476 Chr02 NC_080388.1:67157350-67157358promoter 内 1438-1446 bp + 2555 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 67144439-67154795(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CGCGACAAA
SmilChr03G000720 Chr03 NC_080389.1:8059067-8059075promoter 内 1417-1425 bp + 2576 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 8061651-8063327(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGCG
SmilChr04G000469 Chr04 NC_080390.1:5015754-5015762promoter 内 1413-1421 bp + 2580 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 5018342-5019145(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGCG
SmilChr03G003586 Chr03 NC_080389.1:54495096-54495104promoter 内 1375-1383 bp - 2618 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 54490323-54492478(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGCG
SmilChr01G000331 Chr01 NC_080387.1:6763047-6763055promoter 内 1337-1345 bp + 2656 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 6759336-6760391(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CGCGACAAA
SmilChr03G003817 Chr03 NC_080389.1:57230201-57230209promoter 内 1297-1305 bp + 2696 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 57232905-57233327(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGCG
SmilChr03G003844 Chr03 NC_080389.1:57563578-57563586promoter 内 1293-1301 bp + 2700 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 57559897-57560878(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CGCGACAAA
SmilChr03G004097 Chr03 NC_080389.1:59849895-59849903promoter 内 1264-1272 bp + 2729 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 59844411-59847166(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CGCGACAAA
SmilChr01G003632 Chr01 NC_080387.1:54839164-54839172promoter 内 1183-1191 bp - 2810 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 54841982-54845695(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CGCGACAAA
SmilChr04G001515 Chr04 NC_080390.1:24954493-24954501promoter 内 1180-1188 bp - 2813 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 24957314-24961441(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CGCGACAAA
SmilChr02G000949 Chr02 NC_080388.1:16498836-16498844promoter 内 1037-1045 bp - 2956 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 16501800-16512624(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CGCGACAAA
SmilChr03G003453 Chr03 NC_080389.1:52893286-52893294promoter 内 1008-1016 bp + 2985 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 52896279-52899417(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGCG
SmilChr01G003228 Chr01 NC_080387.1:51038893-51038901promoter 内 974-982 bp - 3019 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 51041920-51053928(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CGCGACAAA
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