转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G002503; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027448-RA_Salv SmilChr03G002503 MYB XP_057801356.1 MP00482 AAAATATGACCGTTG

可能结合的靶基因

8940 个结合位点 6899 个候选靶基因 第 125 / 138 下载 TSV

上一页 125 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G001830 Chr04 NC_080390.1:29834410-29834424promoter 内 1508-1522 bp + 2479 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 29826375-29831931(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTTCACAGC
SmilChr04G002523 Chr04 NC_080390.1:40272962-40272976promoter 内 1504-1518 bp - 2483 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 40275459-40278004(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCGCTCATT
SmilChr05G001518 Chr05 NC_080391.1:13915197-13915211promoter 内 1504-1518 bp - 2483 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 13906375-13912714(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TCCCTCTTACCGTTG
SmilChr02G002280 Chr02 NC_080388.1:40290621-40290635promoter 内 1245-1259 bp - 2742 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 40286620-40287879(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CGAAGTGGACCGTTT
SmilChr04G003101 Chr04 NC_080390.1:47608440-47608454promoter 内 1155-1169 bp + 2832 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 47600823-47605608(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCGGAAAAA
SmilChr05G000129 Chr05 NC_080391.1:1037326-1037340promoter 内 1004-1018 bp + 2983 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 1040323-1044183(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GCTGTGAAACCGTTG
SmilChr05G000535 Chr05 NC_080391.1:4102595-4102609promoter 内 970-984 bp - 3017 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 4097265-4099578(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTAAAAAGACCGTTT
SmilChr02G001821 Chr02 NC_080388.1:33080034-33080048promoter 内 947-961 bp - 3040 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 33083088-33085529(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTATCCAAAG
SmilChr08G004470 Chr08 NC_080394.1:54353954-54353968promoter 内 908-922 bp - 3079 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 54348449-54350875(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAAATATTTCCGTTT
SmilChr02G002647 Chr02 NC_080388.1:45860530-45860544promoter 内 787-801 bp + 3200 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 45863744-45866973(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GGAGTTATACCGTTG
SmilChr04G004037 Chr04 NC_080390.1:55611463-55611477promoter 内 779-793 bp + 3208 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 55605554-55608255(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAACGGTCTGAGTGA
SmilChr03G000503 Chr03 NC_080389.1:5418893-5418907promoter 内 750-764 bp - 3237 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 5422144-5426627(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAGGGTGAG
SmilChr05G002401 Chr05 NC_080391.1:26503398-26503412promoter 内 723-737 bp + 3264 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 26506676-26509653(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CCCCAACGACCGTTG
SmilChr06G002737 Chr06 NC_080392.1:39632857-39632871promoter 内 662-676 bp - 3325 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 39636196-39639098(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAAGTCGGC
SmilChr06G002672 Chr06 NC_080392.1:38643621-38643635promoter 内 615-629 bp + 3372 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 38647007-38652275(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CTGGCCTTACCGTTG
SmilChr01G000712 Chr01 NC_080387.1:15889355-15889369promoter 内 597-611 bp - 3390 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 15892759-15905581(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTCTCGCTC
SmilChr02G003103 Chr02 NC_080388.1:51950876-51950890promoter 内 487-501 bp - 3500 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 51954390-51963076(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTACGGCTATATTTT
SmilChr08G004099 Chr08 NC_080394.1:49684784-49684798promoter 内 473-487 bp + 3514 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 49680341-49681270(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCCAAACAT
SmilChr04G002503 Chr04 NC_080390.1:39986801-39986815promoter 内 456-470 bp - 3531 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 39990346-39999829(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTTCACAGC
SmilChr08G003266 Chr08 NC_080394.1:33680377-33680391promoter 内 382-396 bp + 3605 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 33675222-33676772(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAACGGTCTGCAAGC
SmilChr01G002541 Chr01 NC_080387.1:43464123-43464137promoter 内 381-395 bp - 3606 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 43467743-43470353(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTTCACAGC
SmilChr07G000862 Chr07 NC_080393.1:6138660-6138674promoter 内 293-307 bp - 3694 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 6142368-6143992(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCTATGAAG
SmilChr04G002145 Chr04 NC_080390.1:34481686-34481700promoter 内 255-269 bp + 3732 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 34485432-34490275(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTTGTAGTACCGTTG
SmilChr01G003226 Chr01 NC_080387.1:51037172-51037186promoter 内 205-219 bp - 3782 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 51030576-51033390(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GCGTAGGGACCGTTT
SmilChr06G002042 Chr06 NC_080392.1:26697227-26697241promoter 内 181-195 bp - 3806 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 26701047-26702122(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTACGGTCATTTATT
SmilChr07G001879 Chr07 NC_080393.1:16265671-16265685promoter 内 86-100 bp + 3901 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 16259449-16261770(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTATCAGCTG
SmilChr01G005252 Chr01 NC_080387.1:70034018-70034032promoter 内 3883-3897 bp - 104 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 70034136-70036176(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCCGGGCCG
SmilChr04G000051 Chr04 NC_080390.1:453093-453107promoter 内 3249-3263 bp + 738 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 453845-458680(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTTTAACGACCGTTT
SmilChr05G002236 Chr05 NC_080391.1:23971705-23971719promoter 内 3206-3220 bp - 781 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 23972500-23975801(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCCGGGCCG
SmilChr07G003661 Chr07 NC_080393.1:43735131-43735145promoter 内 3182-3196 bp + 805 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 43731085-43734326(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCCGGGCCG
SmilChr05G000913 Chr05 NC_080391.1:7241334-7241348promoter 内 3165-3179 bp + 822 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 7236666-7240512(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCCGGGCCG
SmilChr05G003055 Chr05 NC_080391.1:38348160-38348174promoter 内 2711-2725 bp - 1276 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 38349450-38350808(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCCGGGCCG
SmilChr01G000783 Chr01 NC_080387.1:17048532-17048546promoter 内 2573-2587 bp - 1414 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 17046258-17047118(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CGGCCCGGACCGTTG
SmilChr03G000711 Chr03 NC_080389.1:7892001-7892015promoter 内 2225-2239 bp - 1762 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 7893777-7896454(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCCGGGCCG
SmilChr06G003009 Chr06 NC_080392.1:42975894-42975908promoter 内 1917-1931 bp - 2070 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 42953956-42973824(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CGGCCCGGACCGTTG
SmilChr07G003549 Chr07 NC_080393.1:41215085-41215099promoter 内 1581-1595 bp + 2406 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 41212573-41212679(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCAAGCATC
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