转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002075; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008328-RA_Salv SmilChr07G002075 C2H2 XP_057773918.1 MP00485 TTTTTTTTTGTCGTTTTCTG

可能结合的靶基因

8059 个结合位点 7130 个候选靶基因 第 132 / 143 下载 TSV

上一页 132 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G000861 Chr07 NC_080393.1:6130970-6130989promoter 内 2415-2434 bp - 1567 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 6132556-6142055(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CTAAAAATGACAAAAAATTT
SmilChr03G000343 Chr03 NC_080389.1:3887044-3887063promoter 内 2402-2421 bp + 1580 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 3883590-3885464(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TCCAAACCGACAAACATTCA
SmilChr04G002342 Chr04 NC_080390.1:37773637-37773656promoter 内 2395-2414 bp - 1587 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 37770578-37772050(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TAGGATTTTGTCTTTATTCT
SmilChr04G004054 Chr04 NC_080390.1:55705360-55705379promoter 内 2379-2398 bp + 1603 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 55706982-55707053(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GCAGCTTTTGTCGTTACGTC
SmilChr05G002548 Chr05 NC_080391.1:28520670-28520689promoter 内 2351-2370 bp + 1631 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 28522320-28523873(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAATTTTTTGTCATTTTTAG
SmilChr01G003256 Chr01 NC_080387.1:51267489-51267508promoter 内 2314-2333 bp + 1668 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 51262243-51265821(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAACAAAAGACAAAAATAAC
SmilChr03G000275 Chr03 NC_080389.1:3135174-3135193promoter 内 2297-2316 bp + 1685 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 3130449-3133489(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AATAAAAAAACAAAAAAAAA
SmilChr02G002374 Chr02 NC_080388.1:41586830-41586849promoter 内 2290-2309 bp - 1692 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 41582996-41585138(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAATTTTTTGTCATTTTTAG
SmilChr05G000477 Chr05 NC_080391.1:3682460-3682479promoter 内 2286-2305 bp + 1696 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 3684175-3686619(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 ATTTTTTTTGGCCTTTTCAT
SmilChr01G003159 Chr01 NC_080387.1:50422378-50422397promoter 内 2276-2295 bp + 1706 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 50417757-50420672(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AGAGTGACGACAAAAATAAT
SmilChr08G001777 Chr08 NC_080394.1:14998037-14998056promoter 内 2266-2285 bp + 1716 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 14989427-14996321(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AGTAACCCGACAAAATTAGA
SmilChr06G001220 Chr06 NC_080392.1:12584084-12584103promoter 内 2262-2281 bp - 1720 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 12585823-12588490(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CTAAAAATGACAAAAAATTT
SmilChr05G002686 Chr05 NC_080391.1:30488265-30488284promoter 内 2259-2278 bp - 1723 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 30490007-30495337(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAGAACCCGACAAAGTACAT
SmilChr08G004361 Chr08 NC_080394.1:53342890-53342909promoter 内 2237-2256 bp - 1745 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 53338578-53341145(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTCCGTTTTGTCGTAATCGA
SmilChr01G003655 Chr01 NC_080387.1:54999732-54999751promoter 内 2208-2227 bp + 1774 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 55001525-55004715(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TGGGATTTTGTCCCTTTCCA
SmilChr08G000697 Chr08 NC_080394.1:5177737-5177756promoter 内 2192-2211 bp + 1790 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 5175327-5175947(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AGGAATCCGACAAATACGAC
SmilChr06G001935 Chr06 NC_080392.1:23555675-23555694promoter 内 2178-2197 bp + 1804 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 23557498-23560563(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AATATTTTTGTTTTTTAGTG
SmilChr02G003869 Chr02 NC_080388.1:60700490-60700509promoter 内 2156-2175 bp + 1826 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 60702335-60705004(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TATTTTTTTGGCTTTAAGTG
SmilChr02G000701 Chr02 NC_080388.1:11198870-11198889promoter 内 2147-2166 bp + 1835 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 11196324-11197035(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TATTATACGACAAAATGAAT
SmilChr08G001323 Chr08 NC_080394.1:10586242-10586261promoter 内 2125-2144 bp + 1857 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 10588118-10590866(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAATTTTTTGTCATTTTTAG
SmilChr06G000529 Chr06 NC_080392.1:4336213-4336232promoter 内 2118-2137 bp + 1864 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 4338096-4341021(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTGCAATTTGTCGTATAGTA
SmilChr05G002040 Chr05 NC_080391.1:21231439-21231458promoter 内 2103-2122 bp + 1879 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 21233337-21242290(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CTTCCTTTTGTCATTATTTG
SmilChr03G000244 Chr03 NC_080389.1:2906291-2906310promoter 内 2074-2093 bp + 1908 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 2901348-2904383(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AGATACAAGACAAAAAATGT
SmilChr07G003652 Chr07 NC_080393.1:43439382-43439401promoter 内 2061-2080 bp - 1921 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 43441322-43442038(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GACAAAAAAACAAAAATTGA
SmilChr07G000339 Chr07 NC_080393.1:2295528-2295547promoter 内 2028-2047 bp - 1954 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 2290701-2293574(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAATTTTTTGTCATTTTTAG
SmilChr04G001409 Chr04 NC_080390.1:22935400-22935419promoter 内 2021-2040 bp - 1961 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 22932117-22933439(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CTAATTTTTGTCTTTTCTAG
SmilChr05G003131 Chr05 NC_080391.1:39942147-39942166promoter 内 2008-2027 bp + 1974 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 39944140-39946027(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CGTCTTTTTGTCGACTTTCG
SmilChr02G005125 Chr02 NC_080388.1:72712882-72712901promoter 内 2004-2023 bp - 1978 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 72714879-72730812(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CCCAAAAAAACAAAAATATA
SmilChr03G002236 Chr03 NC_080389.1:35251217-35251236promoter 内 1966-1985 bp - 2016 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 35249131-35249201(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CCATTTTTTGTCGCGTTTTC
SmilChr01G004951 Chr01 NC_080387.1:67594951-67594970promoter 内 1963-1982 bp - 2019 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 67590086-67592932(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 ATCTTTTTTGTCGCATTTCA
SmilChr02G003759 Chr02 NC_080388.1:59237316-59237335promoter 内 1957-1976 bp - 2025 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 59239360-59240873(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TGAAAGACGACAAATTCCTT
SmilChr05G000865 Chr05 NC_080391.1:6859829-6859848promoter 内 1954-1973 bp - 2028 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 6861876-6864054(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CTAAAAATGACAAAAAATTT
SmilChr04G002980 Chr04 NC_080390.1:46227298-46227317promoter 内 1944-1963 bp + 2038 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 46213024-46225260(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CAAAAGCCGACAAACTCTGA
SmilChr02G005472 Chr02 NC_080388.1:74979668-74979687promoter 内 1926-1945 bp - 2056 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 74981743-74983403(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TAGATTATGACAAAAAAAAG
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