转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004579; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010264-RA_Salv SmilChr01G004579 MYB XP_057787263.1 MP00132 CTTTTCCAACCACCTTTTC

可能结合的靶基因

9926 个结合位点 7583 个候选靶基因 第 15 / 152 下载 TSV

上一页 15 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002757 Chr02 NC_080388.1:47609851-47609869promoter 内 1557-1575 bp - 2426 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 47612295-47615093(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GACGCTGTGGTTGGGGAGG
SmilChr04G000756 Chr04 NC_080390.1:9255255-9255273promoter 内 745-763 bp - 3238 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 9249185-9252017(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCCACCCAACCACCTAAAC
SmilChr03G000286 Chr03 NC_080389.1:3258970-3258988promoter 内 3874-3892 bp + 109 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 3256730-3258861(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATGAGGGTGGTTGGTGGCG
SmilChr01G003581 Chr01 NC_080387.1:54380193-54380211promoter 内 2462-2480 bp + 1521 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 54376761-54378672(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TAAGAGGTAGTTGGAAAGA
SmilChr03G000229 Chr03 NC_080389.1:2723607-2723625promoter 内 2332-2350 bp - 1651 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 2725276-2727534(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTCGAGGTGGTTGGCCTCG
SmilChr05G000446 Chr05 NC_080391.1:3385939-3385957promoter 内 2246-2264 bp - 1737 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 3387694-3391765(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGAAAGGTGGTTGGTGGCA
SmilChr02G001610 Chr02 NC_080388.1:29967335-29967353promoter 内 1901-1919 bp - 2082 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 29969435-29972595(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACGCCAGTGGTTGGGGGGG
SmilChr02G000793 Chr02 NC_080388.1:13082900-13082918promoter 内 1771-1789 bp + 2212 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 13079223-13080688(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTGTTGGTGGTTGGGTCGG
SmilChr04G000067 Chr04 NC_080390.1:597779-597797promoter 内 1176-1194 bp + 2807 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 600604-619869(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAGCCCCAACCACAAATGC
SmilChr02G003845 Chr02 NC_080388.1:60214263-60214281promoter 内 621-639 bp + 3362 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 60206723-60210901(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATGAAGGCGGTTGGAGAGG
SmilChr04G002588 Chr04 NC_080390.1:41292395-41292413promoter 内 470-488 bp - 3513 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 41295926-41299896(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATAGAGGTGGTTGGATTGA
SmilChr03G000230 Chr03 NC_080389.1:2723607-2723625promoter 内 12-30 bp - 3971 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 2727596-2728591(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTCGAGGTGGTTGGCCTCG
SmilChr02G004847 Chr02 NC_080388.1:70609860-70609878promoter 内 3949-3967 bp + 34 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 70609912-70613661(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAATGCCAACCACCACTGC
SmilChr04G002451 Chr04 NC_080390.1:39230468-39230486promoter 内 3846-3864 bp - 137 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 39230623-39236288(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATGTCGGTGGTTGAGGGAG
SmilChr04G000758 Chr04 NC_080390.1:9255255-9255273promoter 内 3802-3820 bp - 181 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 9252657-9255074(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCCACCCAACCACCTAAAC
SmilChr02G001712 Chr02 NC_080388.1:31514240-31514258promoter 内 3706-3724 bp + 277 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 31512651-31513963(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGAGAGGTGGTTGCAAAAG
SmilChr05G001589 Chr05 NC_080391.1:14591026-14591044promoter 内 3486-3504 bp - 497 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 14585567-14590529(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTGCCGCAACCACCGCCCT
SmilChr02G002890 Chr02 NC_080388.1:49188433-49188451promoter 内 3358-3376 bp - 625 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 49189076-49192507(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATGGAGGTGGTTGAGCCAC
SmilChr03G001511 Chr03 NC_080389.1:18521702-18521720promoter 内 3151-3169 bp + 832 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 18517639-18520870(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GATTTGGTGGTTGGGATGA
SmilChr02G004980 Chr02 NC_080388.1:71690005-71690023promoter 内 3068-3086 bp + 915 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 71690938-71693684(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACCTTCCACCCACCTTTCT
SmilChr02G004902 Chr02 NC_080388.1:71024285-71024303promoter 内 3054-3072 bp + 929 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 71021125-71023356(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGGTGGTGGTTGCAGGGA
SmilChr02G000823 Chr02 NC_080388.1:13850450-13850468promoter 内 3053-3071 bp + 930 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 13851398-13852798(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGCCCTCACCCACCTTATT
SmilChr02G001544 Chr02 NC_080388.1:28694828-28694846promoter 内 3050-3068 bp + 933 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 28690398-28693895(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGAGAGGTGGTTGAATCCG
SmilChr03G002203 Chr03 NC_080389.1:34689371-34689389promoter 内 2920-2938 bp - 1063 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 34685805-34688308(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGTCGTCAACCACCTCCGA
SmilChr02G000822 Chr02 NC_080388.1:13850450-13850468promoter 内 2843-2861 bp + 1140 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 13837220-13849310(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AATAAGGTGGGTGAGGGCG
SmilChr05G002064 Chr05 NC_080391.1:21503624-21503642promoter 内 2730-2748 bp + 1253 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 21501875-21502371(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TAGAAAGTGGTTGGCGTGG
SmilChr05G002213 Chr05 NC_080391.1:23591070-23591088promoter 内 2478-2496 bp + 1505 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 23592593-23593882(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGGCATCAACCACCCCCTC
SmilChr03G003289 Chr03 NC_080389.1:51000044-51000062promoter 内 2468-2486 bp - 1515 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 50997014-50998529(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTTCTCCAACCACTCTTTC
SmilChr03G000287 Chr03 NC_080389.1:3262005-3262023promoter 内 2415-2433 bp + 1568 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 3263591-3264484(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGCCACCAACCACCCTCAT
SmilChr02G000613 Chr02 NC_080388.1:8947391-8947409promoter 内 2349-2367 bp - 1634 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 8944679-8945757(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACTCTTCAACCACTTTCTT
SmilChr03G002056 Chr03 NC_080389.1:31296125-31296143promoter 内 1929-1947 bp - 2054 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 31291352-31294071(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCTTACCAACCACCATATC
SmilChr02G000719 Chr02 NC_080388.1:11556888-11556906promoter 内 1791-1809 bp + 2192 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 11542462-11554696(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCCGCGGTGGTTGGAAGAG
SmilChr01G002404 Chr01 NC_080387.1:41393657-41393675promoter 内 1751-1769 bp + 2232 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 41395907-41396679(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTCTTCCAACCACCAACAA
SmilChr03G000228 Chr03 NC_080389.1:2723607-2723625promoter 内 1604-1622 bp - 2379 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 2719788-2721228(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGAGGCCAACCACCTCGAC
SmilChr02G002889 Chr02 NC_080388.1:49188433-49188451promoter 内 1590-1608 bp - 2393 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 49185492-49186040(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGGCTCAACCACCTCCAT
SmilChr03G003935 Chr03 NC_080389.1:58409716-58409734promoter 内 1478-1496 bp + 2505 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 58412239-58412667(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGCCACCAACCACCCTCAT
SmilChr03G000772 Chr03 NC_080389.1:8815179-8815197promoter 内 1280-1298 bp - 2703 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 8810690-8812476(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAGCCCCAACCACCAAGAA
SmilChr03G001864 Chr03 NC_080389.1:25756647-25756665promoter 内 1120-1138 bp + 2863 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 25749931-25753784(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTGCTGGTGGTTGGAAAAG
SmilChr01G004026 Chr01 NC_080387.1:58673293-58673311promoter 内 729-747 bp - 3254 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 58667914-58670039(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TATCTCCAACCACCAATAT
SmilChr01G003582 Chr01 NC_080387.1:54380193-54380211promoter 内 362-380 bp + 3621 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 54383832-54388134(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCTTTCCAACTACCTCTTA
SmilChr01G003809 Chr01 NC_080387.1:56467082-56467100promoter 内 174-192 bp + 3809 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 56461262-56463273(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGTTGGTGGTTGACGATG
SmilChr02G000432 Chr02 NC_080388.1:5624431-5624449promoter 内 104-122 bp - 3879 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 5617091-5620552(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTTTTGCAACCACCTCTCT
SmilChr02G000980 Chr02 NC_080388.1:17173610-17173628promoter 内 3-21 bp - 3980 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 17177608-17183859(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAAGAAGTGGTTGAAACGG
SmilChr04G003471 Chr04 NC_080390.1:51173385-51173403promoter 内 3680-3698 bp + 303 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 51173706-51178967(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCACCCCAACCACTAGGCC
SmilChr02G005150 Chr02 NC_080388.1:72880222-72880240promoter 内 2639-2657 bp + 1344 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 72881584-72885734(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCAGCCCAACCACCTATTA
SmilChr04G002466 Chr04 NC_080390.1:39486218-39486236promoter 内 2344-2362 bp + 1639 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 39487875-39498206(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTCACCCAACCACCATGCT
SmilChr04G003744 Chr04 NC_080390.1:53742652-53742670promoter 内 1392-1410 bp + 2591 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 53734711-53740061(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AATGAAGTGGTTGGTGAAG
SmilChr03G000241 Chr03 NC_080389.1:2860018-2860036promoter 内 772-790 bp - 3211 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 2855374-2856807(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGCCACCAACCACCTCTTA
SmilChr01G005961 Chr01 NC_080387.1:75335322-75335340promoter 内 665-683 bp + 3318 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 75338658-75341099(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCCTCTCAACCACATCCAC
SmilChr04G000003 Chr04 NC_080390.1:70193-70211promoter 内 367-385 bp + 3616 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 63610-66577(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGGATGTGGTTGAGGTTT