转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G003439; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00005108-RA_Salv SmilChr03G003439 bHLH XP_057798243.1 MP00195 TTAGCAACTTGCAT

可能结合的靶基因

9832 个结合位点 6878 个候选靶基因 第 2 / 138 下载 TSV

上一页 2 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G003322 Chr03 NC_080389.1:51456727-51456740promoter 内 2163-2176 bp + 1825 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 51458565-51460118(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 CCGGCCACTTGCAA
SmilChr01G002921 Chr01 NC_080387.1:47997163-47997176promoter 内 971-984 bp + 3017 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 48000193-48000921(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 GCTGCAACTTGCCT
SmilChr01G000393 Chr01 NC_080387.1:8075118-8075131promoter 内 3151-3164 bp + 837 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 3 8068297-8074281(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 TTGCAAGTGGGCCC
SmilChr01G005263 Chr01 NC_080387.1:70094726-70094739promoter 内 624-637 bp + 3364 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 3 70098103-70106949(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 ACGGCCACTTGCAA
SmilChr02G001029 Chr02 NC_080388.1:18211921-18211934promoter 内 3778-3791 bp + 210 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 18211138-18211711(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 GTGCAAGTTGCACA
SmilChr01G002078 Chr01 NC_080387.1:36737335-36737348promoter 内 861-874 bp - 3127 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 36740475-36742331(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 TTGCAAGTGGGCGA
SmilChr03G003841 Chr03 NC_080389.1:57539452-57539465promoter 内 271-284 bp - 3717 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 57543182-57545167(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 GCGCAAGTTGCCCG
SmilChr01G003972 Chr01 NC_080387.1:58158772-58158785promoter 内 3958-3971 bp + 30 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 58156146-58158742(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 TTGCAAGTTGCCGA
SmilChr01G004556 Chr01 NC_080387.1:63653066-63653079promoter 内 3347-3360 bp - 641 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 63651415-63652425(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 CGGGCAACTTGCGC
SmilChr02G005604 Chr02 NC_080388.1:75748762-75748775promoter 内 2861-2874 bp - 1127 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 75739543-75747635(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 TGAGCAACTTGCGC
SmilChr02G002370 Chr02 NC_080388.1:41501268-41501281promoter 内 1399-1412 bp + 2589 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 41503870-41505828(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 TCGGCAACTTGCAA
SmilChr01G006046 Chr01 NC_080387.1:75960778-75960791promoter 内 17-30 bp - 3971 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 5 75964762-75967661(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 CTGCAAGTGGCCCG
SmilChr01G006044 Chr01 NC_080387.1:75960778-75960791promoter 内 2075-2088 bp - 1913 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 4 75957755-75958865(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 CGGGCCACTTGCAG
SmilChr03G000112 Chr03 NC_080389.1:1257149-1257162promoter 内 1479-1492 bp + 2509 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 4 1241646-1254640(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 ATGCAAGTGGCTGG
SmilChr01G006039 Chr01 NC_080387.1:75891406-75891419promoter 内 2841-2854 bp - 1147 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 3 75886241-75890259(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 CGGGCCACTTGCAG
SmilChr01G005984 Chr01 NC_080387.1:75484073-75484086promoter 内 2557-2570 bp + 1431 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 3 75481605-75482642(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 CTGCAAGTGGCCCG
SmilChr02G004430 Chr02 NC_080388.1:66654059-66654072promoter 内 2192-2205 bp + 1796 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 66646396-66652263(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 ATGCAAGTTGCCCG
SmilChr03G000785 Chr03 NC_080389.1:8947223-8947236promoter 内 1695-1708 bp - 2293 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 8941038-8944930(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 CCAGCCACTTGCAT
SmilChr01G001061 Chr01 NC_080387.1:21921943-21921956promoter 内 1196-1209 bp + 2792 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 21924748-21926213(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 TTGGCAACTTGCCG
SmilChr03G001982 Chr03 NC_080389.1:28971056-28971069promoter 内 845-858 bp - 3143 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 28963505-28967913(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 CTGGCAACTTGCCT
SmilChr01G006055 Chr01 NC_080387.1:76029582-76029595promoter 内 717-730 bp - 3271 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 76025012-76026311(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 TTAGCAACTTGCCT
SmilChr02G003261 Chr02 NC_080388.1:53897437-53897450promoter 内 704-717 bp - 3284 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 53900734-53908580(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 CTGCAAGTGGCCAA
SmilChr03G000379 Chr03 NC_080389.1:4240923-4240936promoter 内 688-701 bp - 3300 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 4234526-4237623(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 CGGGCCACTTGCAG
SmilChr02G003859 Chr02 NC_080388.1:60397549-60397562promoter 内 504-517 bp + 3484 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 60390848-60394065(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 CTGCAAGTGGCTCC
SmilChr02G003508 Chr02 NC_080388.1:56272582-56272595promoter 内 484-497 bp + 3504 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 56265476-56269078(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 ATGCAAGTGGCTAC
SmilChr02G003560 Chr02 NC_080388.1:56775900-56775913promoter 内 171-184 bp + 3817 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 56768452-56772083(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 ATGCAAGTGGCTAC
SmilChr01G000073 Chr01 NC_080387.1:1266597-1266610promoter 内 1211-1224 bp - 2777 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 5 1269387-1271849(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 AGGCAAGTTGCCAT
SmilChr02G002773 Chr02 NC_080388.1:47802481-47802494promoter 内 1029-1042 bp - 2959 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 5 47805453-47823024(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 AAGCAAGTTGCCGA
SmilChr01G001131 Chr01 NC_080387.1:23004684-23004697promoter 内 2748-2761 bp - 1240 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 4 23005937-23007193(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 AGGCAAGTTGCCAT
SmilChr03G001521 Chr03 NC_080389.1:18655318-18655331promoter 内 3898-3911 bp + 90 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 3 18652653-18655228(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 ATGCAAGTGGCCTA
SmilChr03G002309 Chr03 NC_080389.1:36328897-36328910promoter 内 3854-3867 bp + 134 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 3 36329044-36331922(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 GCTGCAACTTGCCA
SmilChr01G003822 Chr01 NC_080387.1:56558028-56558041promoter 内 2804-2817 bp + 1184 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 3 56553834-56556844(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 CTGCAAGTTGCCCA
SmilChr01G002070 Chr01 NC_080387.1:36572748-36572761promoter 内 2582-2595 bp - 1406 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 3 36565220-36571342(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 TCTGCAACTTGCCA
SmilChr01G003843 Chr01 NC_080387.1:56756839-56756852promoter 内 2418-2431 bp - 1570 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 3 56755196-56755269(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 TGGGCAACTTGCAG
SmilChr01G003823 Chr01 NC_080387.1:56558028-56558041promoter 内 1672-1685 bp + 2316 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 3 56560357-56560430(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 TGGGCAACTTGCAG
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