转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000040; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00000579-RA_Salv SmilChr04G000040 ERF XP_057808382.1 MP00312 AATTGTCGGTGGAGT

可能结合的靶基因

8490 个结合位点 7006 个候选靶基因 第 2 / 141 下载 TSV

上一页 2 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G002341 Chr08 NC_080394.1:22098158-22098172promoter 内 2726-2740 bp + 1261 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 22092171-22096897(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCGCCACCGACGCCT
SmilChr04G002723 Chr04 NC_080390.1:42845371-42845385promoter 内 2406-2420 bp - 1581 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 42842831-42843790(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCTTGTCGGTGGCGG
SmilChr01G000978 Chr01 NC_080387.1:20682218-20682232promoter 内 2343-2357 bp + 1644 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 20678587-20680574(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCGCCACCGACGCCT
SmilChr07G002536 Chr07 NC_080393.1:24071790-24071804promoter 内 2157-2171 bp - 1830 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 24066108-24069960(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AAGTGTCGGTGGTGG
SmilChr01G000649 Chr01 NC_080387.1:14486200-14486214promoter 内 1904-1918 bp + 2083 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 14481123-14484117(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCGCCACCGACGCCT
SmilChr08G002761 Chr08 NC_080394.1:27240574-27240588promoter 内 1709-1723 bp - 2278 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 27242866-27245239(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCGCCACCGACGCCT
SmilChr07G004604 Chr07 NC_080393.1:58844116-58844130promoter 内 806-820 bp + 3181 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 58847311-58847955(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GGGTGTCGGTGGCGT
SmilChr05G000815 Chr05 NC_080391.1:6369360-6369374promoter 内 361-375 bp - 3626 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 6373000-6373649(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCGCCACCGACGCCT
SmilChr05G000270 Chr05 NC_080391.1:2078030-2078044promoter 内 114-128 bp - 3873 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 2081917-2082791(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCACCACCGACACTT
SmilChr01G004323 Chr01 NC_080387.1:61396555-61396569promoter 内 3916-3930 bp - 71 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 61396640-61402054(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCCCCACCGACACCC
SmilChr04G000338 Chr04 NC_080390.1:3116793-3116807promoter 内 1611-1625 bp - 2376 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 3119183-3123775(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCGCCGCCGACAATG
SmilChr05G004188 Chr05 NC_080391.1:55792218-55792232promoter 内 3467-3481 bp + 520 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 55789551-55791698(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCACCACCGACGCCG
SmilChr02G005074 Chr02 NC_080388.1:72383515-72383529promoter 内 2672-2686 bp + 1315 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 72384844-72390199(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGGCGTCGGTGGCGG
SmilChr01G005354 Chr01 NC_080387.1:70778319-70778333promoter 内 1717-1731 bp + 2270 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 70772397-70776049(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCGCCACCGACGCCA
SmilChr07G000467 Chr07 NC_080393.1:3278275-3278289promoter 内 1564-1578 bp - 2423 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 3280712-3283468(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCGCCGCCGACAATG
SmilChr06G001039 Chr06 NC_080392.1:10298044-10298058promoter 内 1540-1554 bp + 2447 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 10291968-10295597(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCGCCACCGACGCCA
SmilChr05G004190 Chr05 NC_080391.1:55792218-55792232promoter 内 682-696 bp + 3305 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 55795537-55798481(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGGCGTCGGTGGTGG
SmilChr06G001041 Chr06 NC_080392.1:10298044-10298058promoter 内 640-654 bp + 3347 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 10301405-10301477(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGGCGTCGGTGGCGG
SmilChr07G003311 Chr07 NC_080393.1:35143505-35143519promoter 内 1061-1075 bp - 2926 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 6 35146445-35153528(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCGCCGCCGACAAAG
SmilChr05G004196 Chr05 NC_080391.1:55829416-55829430promoter 内 2897-2911 bp - 1090 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 3 55830520-55832866(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GCGCCACCGACGCCG
SmilChr08G002217 Chr08 NC_080394.1:20174749-20174763promoter 内 3784-3798 bp + 203 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 20173422-20174546(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCGCCGCCGACAAAG
SmilChr01G000128 Chr01 NC_080387.1:2158947-2158961promoter 内 3676-3690 bp + 311 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 2150771-2158636(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGGCCACCGACACAG
SmilChr08G002564 Chr08 NC_080394.1:24988393-24988407promoter 内 449-463 bp + 3538 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 24983779-24984855(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCACCACCGACACAA
SmilChr04G002397 Chr04 NC_080390.1:38528327-38528341promoter 内 3408-3422 bp + 579 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 38524132-38527748(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCGCCACCGACACTT
SmilChr04G004039 Chr04 NC_080390.1:55615181-55615195promoter 内 2917-2931 bp - 1070 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 55612476-55614111(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTGTGTCGGTGGTGG
SmilChr08G002548 Chr08 NC_080394.1:24779585-24779599promoter 内 2834-2848 bp + 1153 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 24777108-24778432(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCACCACCGACACAA
SmilChr03G002852 Chr03 NC_080389.1:45113019-45113033promoter 内 1445-1459 bp + 2542 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 45106738-45110477(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GCGCCACCGACGCCG
SmilChr05G003331 Chr05 NC_080391.1:43703534-43703548promoter 内 1107-1121 bp + 2880 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 43699371-43700654(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCGCCACCGACACTA
SmilChr08G000738 Chr08 NC_080394.1:5468042-5468056promoter 内 2695-2709 bp + 1292 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 5469348-5471604(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GGGCGTCGGTGGCGG
SmilChr06G000634 Chr06 NC_080392.1:5599261-5599275promoter 内 2259-2273 bp + 1728 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 5601003-5601076(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CAATGTCGGTGGCGG
SmilChr08G000737 Chr08 NC_080394.1:5468042-5468056promoter 内 857-871 bp + 3130 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 5458776-5464912(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCGCCACCGACGCCC
SmilChr06G000633 Chr06 NC_080392.1:5599261-5599275promoter 内 662-676 bp + 3325 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 5595075-5595936(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCGCCACCGACATTG
SmilChr08G001097 Chr08 NC_080394.1:8464303-8464317promoter 内 3231-3245 bp + 756 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 8465073-8468451(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGTTGTCGGTGGAGG
SmilChr07G003135 Chr07 NC_080393.1:33262745-33262759promoter 内 2317-2331 bp + 1670 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 33264429-33266002(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGGTGTCGGTGGGAG
SmilChr07G003138 Chr07 NC_080393.1:33268256-33268270promoter 内 2316-2330 bp + 1671 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 33269941-33271474(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGGTGTCGGTGGGAG
SmilChr07G003136 Chr07 NC_080393.1:33262745-33262759promoter 内 1688-1702 bp + 2299 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 33265058-33265253(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGGTGTCGGTGGGAG
SmilChr07G003139 Chr07 NC_080393.1:33268256-33268270promoter 内 1687-1701 bp + 2300 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 33270570-33270765(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGGTGTCGGTGGGAG
SmilChr06G002086 Chr06 NC_080392.1:27518430-27518444promoter 内 2778-2792 bp + 1209 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 27519653-27525872(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GATTGTCGGTGGCGG
SmilChr02G000403 Chr02 NC_080388.1:4997239-4997253promoter 内 2569-2583 bp - 1418 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 4998671-5001508(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CAGCCACCGACACCA
SmilChr07G002700 Chr07 NC_080393.1:26353091-26353105promoter 内 2407-2421 bp + 1580 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 26341862-26351511(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ACCCCACCGACACAG
SmilChr01G002308 Chr01 NC_080387.1:40010601-40010615promoter 内 314-328 bp + 3673 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 40014288-40021864(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CAGCGTCGGTGGAGG
SmilChr04G000355 Chr04 NC_080390.1:3414885-3414899promoter 内 2683-2697 bp - 1304 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 4 3410233-3413581(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GTGTGTCGGTGGTGG
SmilChr04G000356 Chr04 NC_080390.1:3414885-3414899promoter 内 3057-3071 bp - 930 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 3 3413581-3413955(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GTGTGTCGGTGGTGG
SmilChr02G002008 Chr02 NC_080388.1:36223526-36223540promoter 内 2887-2901 bp - 1100 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 3 36216486-36222426(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGTTGTCGGCGGCGG
SmilChr04G002514 Chr04 NC_080390.1:40154406-40154420promoter 内 2495-2509 bp - 1492 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 40155912-40157755(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCGCCGCCGACAACA
SmilChr06G003254 Chr06 NC_080392.1:45211896-45211910promoter 内 2720-2734 bp - 1267 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 45201247-45210629(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGTTGTCGGTGGTGG
SmilChr06G003255 Chr06 NC_080392.1:45211896-45211910promoter 内 2660-2674 bp - 1327 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 45213237-45218064(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCACCACCGACAACA
SmilChr01G000504 Chr01 NC_080387.1:10215088-10215102promoter 内 3743-3757 bp - 244 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 3 10212918-10214844(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGCTGTCGGTGGTGG
SmilChr06G002593 Chr06 NC_080392.1:37151529-37151543promoter 内 3312-3326 bp + 675 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 37152218-37153747(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGCTGTCGGTGGTGG
SmilChr05G003638 Chr05 NC_080391.1:48769392-48769406promoter 内 2776-2790 bp - 1211 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 48767218-48768181(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGCTGTCGGTGGTGG