转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 2 / 142 下载 TSV

上一页 2 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G001447 Chr05 NC_080391.1:13206491-13206505promoter 内 114-128 bp + 3873 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 13210378-13211064(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACCGCTGC
SmilChr08G002875 Chr08 NC_080394.1:28660522-28660536promoter 内 3129-3143 bp - 858 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 5 28661394-28663210(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGTTGGG
SmilChr01G004522 Chr01 NC_080387.1:63347583-63347597promoter 内 2450-2464 bp - 1537 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 4 63342734-63346046(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACCACCTC
SmilChr02G005053 Chr02 NC_080388.1:72237720-72237734promoter 内 2234-2248 bp - 1753 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 3 72239487-72242550(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGTTGGG
SmilChr02G004686 Chr02 NC_080388.1:69179317-69179331promoter 内 3683-3697 bp + 304 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 69170025-69179013(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAGGTGGTAGGTGAG
SmilChr08G002857 Chr08 NC_080394.1:28410098-28410112promoter 内 3433-3447 bp - 554 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 28410666-28414344(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAGGTGGTAGGTGAG
SmilChr07G001536 Chr07 NC_080393.1:12462055-12462069promoter 内 2014-2028 bp + 1973 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 12458383-12460082(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGTTGGG
SmilChr08G004581 Chr08 NC_080394.1:55405952-55405966promoter 内 1968-1982 bp + 2019 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 55393664-55403933(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAAGTGGTAGGTGGG
SmilChr08G004583 Chr08 NC_080394.1:55405952-55405966promoter 内 1390-1404 bp + 2597 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 55408563-55412101(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACCACTTC
SmilChr06G001189 Chr06 NC_080392.1:12109961-12109975promoter 内 1363-1377 bp - 2624 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 12112599-12116033(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGTTGGG
SmilChr03G003211 Chr03 NC_080389.1:49713783-49713797promoter 内 1290-1304 bp + 2697 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 49716494-49725592(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGCACCAACCACCAC
SmilChr08G001382 Chr08 NC_080394.1:11022229-11022243promoter 内 809-823 bp + 3178 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 11017590-11019051(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAGGTGGTAGGTGAG
SmilChr07G004730 Chr07 NC_080393.1:60181730-60181744promoter 内 764-778 bp + 3223 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 60184967-60188167(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACCACCTC
SmilChr07G001537 Chr07 NC_080393.1:12462055-12462069promoter 内 177-191 bp + 3810 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 12465879-12502598(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCAACCACCACCAC
SmilChr04G003975 Chr04 NC_080390.1:55226845-55226859promoter 内 165-179 bp + 3822 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 55221383-55223023(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGTTGGG
SmilChr04G001750 Chr04 NC_080390.1:28821809-28821823promoter 内 3887-3901 bp + 100 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 28819593-28821709(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAGGTGGTAGGTGAG
SmilChr01G002744 Chr01 NC_080387.1:45754960-45754974promoter 内 3656-3670 bp - 331 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 45755305-45757162(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAGGTGGTAGGTGAG
SmilChr03G000862 Chr03 NC_080389.1:9834589-9834603promoter 内 3581-3595 bp + 406 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 9835009-9836011(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACCACCTC
SmilChr07G002349 Chr07 NC_080393.1:21815223-21815237promoter 内 3426-3440 bp + 561 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 21813473-21814662(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGTTGGG
SmilChr02G004155 Chr02 NC_080388.1:63871525-63871539promoter 内 3101-3115 bp - 886 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 63869128-63870639(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACCACCTC
SmilChr03G001761 Chr03 NC_080389.1:24028136-24028150promoter 内 2960-2974 bp + 1027 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 24029177-24030433(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACCGCCGA
SmilChr07G003053 Chr07 NC_080393.1:31856549-31856563promoter 内 2933-2947 bp + 1054 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 31857617-31862524(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACCGCCGA
SmilChr01G000369 Chr01 NC_080387.1:7621707-7621721promoter 内 2625-2639 bp + 1362 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 7620268-7620345(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAGGTGGTAGGTAGG
SmilChr04G000761 Chr04 NC_080390.1:9285626-9285640promoter 内 2240-2254 bp - 1747 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 9279966-9283879(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACCGCCGA
SmilChr07G002350 Chr07 NC_080393.1:21815223-21815237promoter 内 2190-2204 bp + 1797 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 21817034-21822704(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCAACCACCACCAC
SmilChr08G003693 Chr08 NC_080394.1:41310603-41310617promoter 内 2176-2190 bp - 1811 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 41312428-41320540(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGTGGGGTAGGTGGG
SmilChr03G001762 Chr03 NC_080389.1:24028136-24028150promoter 内 1697-1711 bp + 2290 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 24030440-24032840(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACCGCCGA
SmilChr04G001212 Chr04 NC_080390.1:18843501-18843515promoter 内 1537-1551 bp + 2450 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 18845965-18849480(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACCGCCGA
SmilChr01G006051 Chr01 NC_080387.1:76010307-76010321promoter 内 1523-1537 bp + 2464 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 76012785-76016993(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACCACCTC
SmilChr01G000494 Chr01 NC_080387.1:10070694-10070708promoter 内 1182-1196 bp + 2805 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 10073513-10076671(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACCGCCGA
SmilChr03G000863 Chr03 NC_080389.1:9834589-9834603promoter 内 1115-1129 bp + 2872 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 9837475-9839163(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACCACCTC
SmilChr08G004208 Chr08 NC_080394.1:51491933-51491947promoter 内 751-765 bp - 3236 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 51486291-51488697(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACCACCTC
SmilChr02G000344 Chr02 NC_080388.1:4498188-4498202promoter 内 748-762 bp + 3239 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 4492434-4494949(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATGGCGGTAGGTGGG
SmilChr08G004715 Chr08 NC_080394.1:56564296-56564310promoter 内 435-449 bp + 3552 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 56567862-56569413(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACCACCTC
SmilChr07G001895 Chr07 NC_080393.1:16366787-16366801promoter 内 429-443 bp + 3558 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 16359915-16363229(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAGGTGGTAGGTGAG
SmilChr02G001632 Chr02 NC_080388.1:30276765-30276779promoter 内 3939-3953 bp + 48 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 30272237-30276717(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTAGTTGGG
SmilChr02G001650 Chr02 NC_080388.1:30595927-30595941promoter 内 3939-3953 bp + 48 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 30589962-30595879(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTAGTTGGG
SmilChr06G001324 Chr06 NC_080392.1:13742758-13742772promoter 内 3666-3680 bp + 321 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 13743093-13743216(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACCTCCGC
SmilChr06G001325 Chr06 NC_080392.1:13742758-13742772promoter 内 3275-3289 bp + 712 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 13743484-13743606(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACCTCCGC
SmilChr08G002691 Chr08 NC_080394.1:26505907-26505921promoter 内 2853-2867 bp + 1134 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 26503716-26504773(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGAGGTAGGTGGA
SmilChr06G001326 Chr06 NC_080392.1:13742758-13742772promoter 内 2605-2619 bp + 1382 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 13744154-13744276(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACCTCCGC
SmilChr07G000465 Chr07 NC_080393.1:3274631-3274645promoter 内 2162-2176 bp + 1825 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 3271460-3272806(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGGTCGGTAGGTGGA
SmilChr04G001937 Chr04 NC_080390.1:31492590-31492604promoter 内 1730-1744 bp + 2257 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 31494861-31497715(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCCACCACCAC
SmilChr06G001322 Chr06 NC_080392.1:13742758-13742772promoter 内 1281-1295 bp + 2706 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 13735491-13740052(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCGGAGGTAGGTGGA
SmilChr07G000466 Chr07 NC_080393.1:3274631-3274645promoter 内 1172-1186 bp + 2815 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 3277460-3279058(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACCGACCC
SmilChr08G001818 Chr08 NC_080394.1:15347624-15347638promoter 内 2020-2034 bp - 1967 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 5 15343150-15345657(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCAACAACCACCAC
SmilChr05G001129 Chr05 NC_080391.1:9419264-9419278promoter 内 3395-3409 bp + 592 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 9419870-9426929(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACCACAAC
SmilChr01G002682 Chr01 NC_080387.1:45033530-45033544promoter 内 3004-3018 bp - 983 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 45031437-45032547(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCCACCACCAC
SmilChr08G002498 Chr08 NC_080394.1:23978674-23978688promoter 内 2960-2974 bp - 1027 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 23979715-23981554(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTTGTTGGG
SmilChr02G001391 Chr02 NC_080388.1:26408508-26408522promoter 内 1099-1113 bp - 2888 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 26402064-26405620(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCCACCACCAC