转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 23 / 121 下载 TSV

上一页 23 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002865 Chr02 NC_080388.1:48817489-48817503promoter 内 3444-3458 bp - 543 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 48813301-48816946(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAAACAGATCTGGA
SmilChr01G002391 Chr01 NC_080387.1:41175479-41175493promoter 内 3310-3324 bp - 677 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 41176170-41179598(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTAATTCA
SmilChr05G000394 Chr05 NC_080391.1:2966797-2966811promoter 内 3052-3066 bp - 935 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 2967746-2970156(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGTCTGC
SmilChr05G000662 Chr05 NC_080391.1:5012163-5012177promoter 内 2778-2792 bp + 1209 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 5009800-5010954(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGCGGATCTAGACCC
SmilChr03G000723 Chr03 NC_080389.1:8084012-8084026promoter 内 2691-2705 bp + 1296 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 8079517-8082716(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCGGATCTAGAACC
SmilChr01G004026 Chr01 NC_080387.1:58671367-58671381promoter 内 2659-2673 bp - 1328 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 58667914-58670039(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAAACGGATCTGAA
SmilChr04G002317 Chr04 NC_080390.1:37476502-37476516promoter 内 2640-2654 bp + 1347 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 37474034-37475155(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTGTTTTT
SmilChr03G002481 Chr03 NC_080389.1:39397932-39397946promoter 内 2573-2587 bp + 1414 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 39393354-39396518(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGGGAAC
SmilChr04G002187 Chr04 NC_080390.1:35351074-35351088promoter 内 2542-2556 bp + 1445 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 35342142-35349629(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGGGAAC
SmilChr01G003114 Chr01 NC_080387.1:49954031-49954045promoter 内 2434-2448 bp + 1553 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 49951069-49952478(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCGTTTTC
SmilChr02G001876 Chr02 NC_080388.1:34066172-34066186promoter 内 2428-2442 bp + 1559 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 34059139-34064613(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGGGAAC
SmilChr03G002094 Chr03 NC_080389.1:32357343-32357357promoter 内 2416-2430 bp + 1571 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 32358928-32362842(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGACATAGATCTGGG
SmilChr03G000585 Chr03 NC_080389.1:6504656-6504670promoter 内 2294-2308 bp - 1693 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 6506363-6510208(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTGATCCA
SmilChr01G002390 Chr01 NC_080387.1:41175479-41175493promoter 内 2216-2230 bp - 1771 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 41170890-41173708(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGAATTAGATCTGGA
SmilChr04G004176 Chr04 NC_080390.1:56367685-56367699promoter 内 2172-2186 bp - 1815 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 56362912-56365870(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTAGCTGGATCTGAT
SmilChr02G000139 Chr02 NC_080388.1:1866138-1866152promoter 内 1812-1826 bp + 2175 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 1868327-1870030(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCTTCCAGATCTGAT
SmilChr01G004823 Chr01 NC_080387.1:66403782-66403796promoter 内 1733-1747 bp - 2254 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 66406050-66412791(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGCGGATCTAGACCC
SmilChr02G005392 Chr02 NC_080388.1:74537391-74537405promoter 内 1667-1681 bp + 2320 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 74532819-74535071(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GACAGATCTGAATCT
SmilChr02G003985 Chr02 NC_080388.1:62111174-62111188promoter 内 1451-1465 bp + 2536 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 62105829-62108638(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGATCTGGAGGC
SmilChr02G003765 Chr02 NC_080388.1:59349696-59349710promoter 内 1188-1202 bp - 2799 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 59352509-59353943(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGGGAAC
SmilChr03G003609 Chr03 NC_080389.1:54724595-54724609promoter 内 1074-1088 bp - 2913 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 54718005-54721682(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGTTCTAGATCTGGC
SmilChr02G004764 Chr02 NC_080388.1:69820916-69820930promoter 内 1062-1076 bp - 2925 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 69823855-69827544(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGGGAAC
SmilChr02G003857 Chr02 NC_080388.1:60364570-60364584promoter 内 983-997 bp - 3004 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 60367588-60369177(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCAGAAGG
SmilChr03G004647 Chr03 NC_080389.1:64026668-64026682promoter 内 452-466 bp + 3535 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 64020398-64023133(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGGGAAC
SmilChr03G003043 Chr03 NC_080389.1:47333930-47333944promoter 内 437-451 bp + 3550 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 47324922-47330380(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGGGAAC
SmilChr02G005466 Chr02 NC_080388.1:74945858-74945872promoter 内 297-311 bp - 3690 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 74949562-74959898(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCTGAAATT
SmilChr03G000583 Chr03 NC_080389.1:6504656-6504670promoter 内 247-261 bp - 3740 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 6500139-6500916(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGGATCAGATCTGAA
SmilChr04G002285 Chr04 NC_080390.1:37109271-37109285promoter 内 230-244 bp + 3757 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 37103580-37105514(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGGGAAC
SmilChr01G000432 Chr01 NC_080387.1:8654123-8654137promoter 内 100-114 bp + 3887 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 8643226-8650236(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCAGCAGC
SmilChr02G004980 Chr02 NC_080388.1:71690881-71690895promoter 内 3944-3958 bp + 43 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 71690938-71693684(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGGTCTAGATCCGCG
SmilChr03G002672 Chr03 NC_080389.1:42441959-42441973promoter 内 3935-3949 bp - 52 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 42440658-42441907(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATTTAGATCTGCA
SmilChr05G000833 Chr05 NC_080391.1:6556479-6556493promoter 内 3788-3802 bp - 199 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 6556692-6557778(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGCGGATCTAGACCC
SmilChr05G000214 Chr05 NC_080391.1:1687098-1687112promoter 内 3771-3785 bp - 216 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 1683802-1686882(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATATATAGATCTGGG
SmilChr03G002671 Chr03 NC_080389.1:42432242-42432256promoter 内 3706-3720 bp - 281 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 42430941-42431961(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATTTAGATCTGCA
SmilChr03G002361 Chr03 NC_080389.1:37238357-37238371promoter 内 3575-3589 bp + 412 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 37238783-37243764(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATTTAGATCTGCA
SmilChr04G002718 Chr04 NC_080390.1:42819132-42819146promoter 内 3179-3193 bp + 808 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 42819954-42820708(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACAGTTAGATCTGGG
SmilChr04G003133 Chr04 NC_080390.1:47918371-47918385promoter 内 2976-2990 bp + 1011 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 47919396-47920450(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAAACGGATCTGAA
SmilChr01G002405 Chr01 NC_080387.1:41412309-41412323promoter 内 2877-2891 bp - 1110 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 41411060-41411199(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGGTCTAGATCCGCG
SmilChr02G001912 Chr02 NC_080388.1:34422444-34422458promoter 内 2853-2867 bp - 1134 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 34419529-34421310(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATGTACAGATCTGAG
SmilChr03G004729 Chr03 NC_080389.1:64460815-64460829promoter 内 2822-2836 bp + 1165 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 64461994-64465379(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TAACCTAGATCTGGG
SmilChr04G003700 Chr04 NC_080390.1:53358288-53358302promoter 内 2725-2739 bp - 1262 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 53355611-53357026(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGTTTTAGATCTGAA
SmilChr03G003333 Chr03 NC_080389.1:51598612-51598626promoter 内 2596-2610 bp + 1391 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 51600017-51606714(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCTATAGATCTGAA
SmilChr05G001489 Chr05 NC_080391.1:13657706-13657720promoter 内 2525-2539 bp - 1462 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 13655594-13656244(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGTTTTAGATCTGAA
SmilChr02G003856 Chr02 NC_080388.1:60364570-60364584promoter 内 2368-2382 bp - 1619 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 60366203-60366763(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCAGAAGG
SmilChr01G002425 Chr01 NC_080387.1:41770796-41770810promoter 内 1951-1965 bp + 2036 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 41763315-41768760(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTAAAACA
SmilChr01G002386 Chr01 NC_080387.1:41110456-41110470promoter 内 1877-1891 bp - 2110 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 41098661-41108346(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGTTTTAGATCTGAA
SmilChr04G001813 Chr04 NC_080390.1:29631240-29631254promoter 内 1859-1873 bp + 2128 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 29633382-29634236(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGAAATAGATCTGGA
SmilChr03G000901 Chr03 NC_080389.1:10318289-10318303promoter 内 1803-1817 bp - 2184 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 10320487-10323925(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTAATACT
SmilChr02G000096 Chr02 NC_080388.1:1263060-1263074promoter 内 1750-1764 bp + 2237 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 1256990-1260823(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCAGCAGC
SmilChr02G000764 Chr02 NC_080388.1:12448464-12448478promoter 内 1692-1706 bp - 2295 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 12444913-12446169(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGTTTTAGATCTGAA