转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004447; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027346-RA_Salv SmilChr02G004447 HD-ZIP XP_057797242.1 MP00200 AAAAGTAATGATTAC

可能结合的靶基因

9930 个结合位点 6661 个候选靶基因 第 27 / 134 下载 TSV

上一页 27 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002609 Chr01 NC_080387.1:44296721-44296735promoter 内 2056-2070 bp - 1931 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 44298666-44300591(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTAGATCT
SmilChr02G005160 Chr02 NC_080388.1:72944943-72944957promoter 内 1992-2006 bp + 1995 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 72946952-72949072(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AACGATAATGATTAG
SmilChr01G000785 Chr01 NC_080387.1:17064416-17064430promoter 内 1787-1801 bp - 2200 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 17066630-17072528(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACAATCATTGCTCTT
SmilChr02G003029 Chr02 NC_080388.1:50994800-50994814promoter 内 1622-1636 bp + 2365 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 50997179-51002895(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTTATAATGATTAT
SmilChr01G003799 Chr01 NC_080387.1:56375685-56375699promoter 内 1564-1578 bp + 2423 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 56370038-56373262(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTACATAA
SmilChr02G004158 Chr02 NC_080388.1:63899033-63899047promoter 内 1526-1540 bp + 2461 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 63901508-63904482(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCAAATAATGATTAC
SmilChr01G005376 Chr01 NC_080387.1:70988240-70988254promoter 内 1157-1171 bp - 2830 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 70980715-70985410(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CAGGATAATGATGAT
SmilChr01G001341 Chr01 NC_080387.1:26650200-26650214promoter 内 1056-1070 bp - 2931 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 26653145-26656117(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTCATCATTAGAATT
SmilChr02G001647 Chr02 NC_080388.1:30572589-30572603promoter 内 960-974 bp + 3027 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 30568957-30569562(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CCCATCATTAGCTTC
SmilChr02G003908 Chr02 NC_080388.1:61142088-61142102promoter 内 608-622 bp - 3379 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 61134789-61138709(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AGTTATAATGATGAA
SmilChr02G002001 Chr02 NC_080388.1:36160615-36160629promoter 内 585-599 bp + 3402 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 36164031-36167642(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TAGCGTAATGATTAA
SmilChr03G002050 Chr03 NC_080389.1:31050643-31050657promoter 内 533-547 bp - 3454 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 31041157-31047189(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATTATAATGATGGG
SmilChr03G002029 Chr03 NC_080389.1:30429232-30429246promoter 内 375-389 bp - 3612 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 30424361-30425620(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TGAGATAATGATGAG
SmilChr02G003374 Chr02 NC_080388.1:54880678-54880692promoter 内 88-102 bp + 3899 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 54884591-54887300(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TGTAATAATGATGAT
SmilChr01G000715 Chr01 NC_080387.1:16033817-16033831promoter 内 538-552 bp - 3449 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 5 16037280-16040077(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTGGTATA
SmilChr01G001678 Chr01 NC_080387.1:30986661-30986675promoter 内 2604-2618 bp + 1383 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 4 30978791-30985278(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CCAATCATTATTATT
SmilChr01G003360 Chr01 NC_080387.1:52345396-52345410promoter 内 3862-3876 bp - 125 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 52337701-52345271(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCTAATAATGATGAT
SmilChr02G003211 Chr02 NC_080388.1:53298036-53298050promoter 内 3490-3504 bp - 497 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 53298547-53300564(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTATTATA
SmilChr03G000036 Chr03 NC_080389.1:445612-445626promoter 内 2728-2742 bp + 1259 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 446885-450947(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AACGATAATGATGAA
SmilChr02G005307 Chr02 NC_080388.1:73990079-73990093promoter 内 1588-1602 bp - 2399 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 73985367-73987680(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAAGTAATCATTGT
SmilChr02G003906 Chr02 NC_080388.1:61121567-61121581promoter 内 1266-1280 bp + 2721 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 61124302-61124374(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTGGATAATGATTAT
SmilChr01G004329 Chr01 NC_080387.1:61440205-61440219promoter 内 864-878 bp - 3123 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 61433689-61437082(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTATATAATGATGAA
SmilChr01G003651 Chr01 NC_080387.1:54972384-54972398promoter 内 3754-3768 bp - 233 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 54972631-54975991(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTATTACT
SmilChr02G004284 Chr02 NC_080388.1:65097055-65097069promoter 内 3693-3707 bp + 294 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 65097363-65099823(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTATATAATGATGAA
SmilChr03G001492 Chr03 NC_080389.1:18073702-18073716promoter 内 3681-3695 bp + 306 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 18074022-18075038(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GGAGCTAATGATGAA
SmilChr01G003596 Chr01 NC_080387.1:54518816-54518830promoter 内 3469-3483 bp - 518 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 54519348-54520526(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTATTCAC
SmilChr02G004819 Chr02 NC_080388.1:70313276-70313290promoter 内 3241-3255 bp + 746 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 70314036-70316452(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TATGACAATGATTAT
SmilChr02G002125 Chr02 NC_080388.1:38018926-38018940promoter 内 3023-3037 bp + 964 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 38015292-38017962(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCAATCATTACATAC
SmilChr03G002149 Chr03 NC_080389.1:33435226-33435240promoter 内 2966-2980 bp - 1021 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 33433170-33434205(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AACGATAATGATGAA
SmilChr03G002150 Chr03 NC_080389.1:33445615-33445629promoter 内 2966-2980 bp - 1021 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 33443559-33444594(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AACGATAATGATGAA
SmilChr02G003904 Chr02 NC_080388.1:61121567-61121581promoter 内 2959-2973 bp + 1028 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 61115982-61120539(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTATCCAC
SmilChr02G001571 Chr02 NC_080388.1:29131217-29131231promoter 内 2945-2959 bp + 1042 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 29132273-29135783(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTATGTAATGATTGA
SmilChr02G005259 Chr02 NC_080388.1:73681538-73681552promoter 内 2780-2794 bp + 1207 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 73682759-73685301(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATACTAATGATTAA
SmilChr02G004247 Chr02 NC_080388.1:64657796-64657810promoter 内 2730-2744 bp + 1257 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 64659067-64663174(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAGGATAATGATGGG
SmilChr01G001215 Chr01 NC_080387.1:24407404-24407418promoter 内 2161-2175 bp + 1826 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 24409244-24415649(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCTAATAATGATGAT
SmilChr01G001173 Chr01 NC_080387.1:23786581-23786595promoter 内 2103-2117 bp + 1884 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 23788479-23792190(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCTAATAATGATGAT
SmilChr01G003597 Chr01 NC_080387.1:54518816-54518830promoter 内 1904-1918 bp - 2083 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 54520913-54523342(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTATTCAC
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SmilChr03G003345 Chr03 NC_080389.1:51774440-51774454promoter 内 220-234 bp + 3767 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 51778221-51781009(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CACAGTAATGATTAG
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SmilChr01G004933 Chr01 NC_080387.1:67403926-67403940promoter 内 3738-3752 bp + 249 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 67402173-67403677(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTCATCATTATATAC
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