转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001518; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00023584-RA_Salv SmilChr05G001518 WRKY XP_057765511.1 MP00455 AACGTTGACTATT

可能结合的靶基因

9792 个结合位点 6900 个候选靶基因 第 27 / 138 下载 TSV

上一页 27 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004692 Chr02 NC_080388.1:69269157-69269169promoter 内 2159-2171 bp + 1830 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 69270999-69273246(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGCTTTGACTATA
SmilChr01G000469 Chr01 NC_080387.1:9584008-9584020promoter 内 1987-1999 bp + 2002 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 9586022-9587586(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CTCGTTGACCTAA
SmilChr02G003484 Chr02 NC_080388.1:56107271-56107283promoter 内 1899-1911 bp + 2090 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 56105110-56105181(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CATAGTCAACCCA
SmilChr03G001886 Chr03 NC_080389.1:26263899-26263911promoter 内 1533-1545 bp + 2456 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 26266367-26267052(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CTCGTTGACTGTA
SmilChr01G005805 Chr01 NC_080387.1:74102947-74102959promoter 内 1199-1211 bp + 2790 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 74105749-74106857(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GTCGTTGACTCAG
SmilChr03G003494 Chr03 NC_080389.1:53516436-53516448promoter 内 1060-1072 bp + 2929 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 53508101-53513507(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AAAAGTCAACCTC
SmilChr01G002795 Chr01 NC_080387.1:46446247-46446259promoter 内 1021-1033 bp - 2968 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 46449227-46450838(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CAAAGTCAACACC
SmilChr01G004030 Chr01 NC_080387.1:58709427-58709439promoter 内 855-867 bp + 3134 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 58706212-58706293(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTCGGTCAACGAG
SmilChr02G000753 Chr02 NC_080388.1:12268350-12268362promoter 内 679-691 bp + 3310 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 12271672-12277517(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGGGTTGACTTTG
SmilChr01G005306 Chr01 NC_080387.1:70321045-70321057promoter 内 263-275 bp + 3726 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 70324783-70325698(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GACGTTGACTACC
SmilChr01G005526 Chr01 NC_080387.1:72131252-72131264promoter 内 3936-3948 bp + 53 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 72128404-72131199(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGCAGTCAACGCA
SmilChr01G000991 Chr01 NC_080387.1:20931019-20931031promoter 内 3840-3852 bp + 149 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 20931180-20931512(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GCTGTTGACTATT
SmilChr02G003298 Chr02 NC_080388.1:54250711-54250723promoter 内 3792-3804 bp - 197 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 54248813-54250514(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCCGTTGACTGCA
SmilChr01G005133 Chr01 NC_080387.1:69133769-69133781promoter 内 3623-3635 bp - 366 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 69131839-69133403(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGGGTTGACTTTG
SmilChr02G003148 Chr02 NC_080388.1:52507122-52507134promoter 内 3510-3522 bp - 479 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 52505293-52506643(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GGTGTTGACTTTG
SmilChr01G000837 Chr01 NC_080387.1:18087436-18087448promoter 内 3506-3518 bp - 483 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 18083466-18086953(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GGTGTTGACTATT
SmilChr01G002966 Chr01 NC_080387.1:48555264-48555276promoter 内 3329-3341 bp - 660 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 48552879-48554604(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GCTGTTGACTATG
SmilChr01G002097 Chr01 NC_080387.1:37011306-37011318promoter 内 3261-3273 bp + 728 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 37012046-37013792(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCGGTTGACTTGG
SmilChr01G004623 Chr01 NC_080387.1:64254473-64254485promoter 内 2973-2985 bp + 1016 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 64255501-64262368(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CTCGTTGACTTTA
SmilChr01G004986 Chr01 NC_080387.1:67908717-67908729promoter 内 2849-2861 bp + 1140 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 67909869-67912819(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GAGGTTGACTTTT
SmilChr03G002493 Chr03 NC_080389.1:39714010-39714022promoter 内 2808-2820 bp + 1181 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 39715203-39718804(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GCTGTTGACTAGT
SmilChr01G005206 Chr01 NC_080387.1:69720083-69720095promoter 内 2318-2330 bp + 1671 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 69721766-69722389(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGGGTTGACTTGT
SmilChr02G000752 Chr02 NC_080388.1:12268350-12268362promoter 内 2085-2097 bp + 1904 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 12265035-12266446(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CAAAGTCAACCCA
SmilChr01G001161 Chr01 NC_080387.1:23604910-23604922promoter 内 1938-1950 bp - 2051 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 23606973-23612688(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GGTGGTCAACGAT
SmilChr01G002774 Chr01 NC_080387.1:46182965-46182977promoter 内 737-749 bp + 3252 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 46186229-46186729(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GCTGTTGACTTTG
SmilChr02G000026 Chr02 NC_080388.1:282621-282633promoter 内 621-633 bp - 3368 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 286001-288799(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GAGAGTCAACGGA
SmilChr01G005888 Chr01 NC_080387.1:74795716-74795728promoter 内 616-628 bp + 3373 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 74799101-74807566(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATCGTTGACTGCT
SmilChr01G005777 Chr01 NC_080387.1:73880170-73880182promoter 内 290-302 bp + 3699 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 73883881-73885272(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGCGTTGACTTCA
SmilChr01G002793 Chr01 NC_080387.1:46446247-46446259promoter 内 250-262 bp - 3739 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 46437765-46442508(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GGTGTTGACTTTG
SmilChr02G000689 Chr02 NC_080388.1:10983255-10983267promoter 内 245-257 bp + 3744 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 10975909-10979511(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTCAGTCAACGTA
SmilChr01G004027 Chr01 NC_080387.1:58699265-58699277promoter 内 41-53 bp + 3948 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 58694404-58695317(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACAAGTCAACAGC
SmilChr02G002187 Chr02 NC_080388.1:39078391-39078403promoter 内 2119-2131 bp + 1870 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 4 39074556-39076521(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AACAGTCAACAGC
SmilChr02G002188 Chr02 NC_080388.1:39078391-39078403promoter 内 3360-3372 bp + 629 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 39076725-39077762(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AACAGTCAACAGC
SmilChr01G003969 Chr01 NC_080387.1:58138829-58138841promoter 内 3156-3168 bp + 833 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 58134832-58137996(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AAAAGTCAACAGC
SmilChr01G000733 Chr01 NC_080387.1:16294196-16294208promoter 内 2545-2557 bp - 1444 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 16289859-16292752(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AACGTTGACTCGA
SmilChr03G001539 Chr03 NC_080389.1:19304040-19304052promoter 内 2203-2215 bp + 1786 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 19296365-19302254(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCCAGTCAACCCT
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