转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000040; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00000579-RA_Salv SmilChr04G000040 ERF XP_057808382.1 MP00312 AATTGTCGGTGGAGT

可能结合的靶基因

8490 个结合位点 7006 个候选靶基因 第 3 / 141 下载 TSV

上一页 3 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002056 Chr02 NC_080388.1:37006191-37006205promoter 内 3863-3877 bp - 124 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 37004239-37006067(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGCTGTCGGTGGTGG
SmilChr06G002592 Chr06 NC_080392.1:37146953-37146967promoter 内 3311-3325 bp + 676 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 37147643-37149172(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGCTGTCGGTGGTGG
SmilChr01G004209 Chr01 NC_080387.1:60535856-60535870promoter 内 2917-2931 bp + 1070 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 60528217-60534786(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCGCCACCGACGCAT
SmilChr06G001256 Chr06 NC_080392.1:13070084-13070098promoter 内 1838-1852 bp + 2149 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 13067243-13067935(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCACCACCGACAGCA
SmilChr02G002885 Chr02 NC_080388.1:49164221-49164235promoter 内 1124-1138 bp - 2863 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 49159389-49161358(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGGTGTCGGTGACGG
SmilChr03G001751 Chr03 NC_080389.1:23738124-23738138promoter 内 1023-1037 bp + 2964 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 23741102-23741413(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TAGCGTCGGTGGCGG
SmilChr01G002875 Chr01 NC_080387.1:47348957-47348971promoter 内 669-683 bp + 3318 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 47343786-47345639(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ACGCCACCGACAACA
SmilChr03G003507 Chr03 NC_080389.1:53666920-53666934promoter 内 371-385 bp + 3616 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 53670550-53673864(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGCTGTCGGTGGTGG
SmilChr01G001654 Chr01 NC_080387.1:30608715-30608729promoter 内 356-370 bp - 3631 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 30601165-30605084(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGGTGTCGGTGGAGA
SmilChr05G000357 Chr05 NC_080391.1:2679255-2679269promoter 内 2127-2141 bp + 1860 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 3 2675180-2677395(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGGCCACCGACACCG
SmilChr01G001627 Chr01 NC_080387.1:30334778-30334792promoter 内 3542-3556 bp - 445 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 30335237-30340440(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTGCCACCGACGCCG
SmilChr04G000582 Chr04 NC_080390.1:6470701-6470715promoter 内 3355-3369 bp + 632 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 6466383-6470069(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCGCCGCCGACAACG
SmilChr06G000298 Chr06 NC_080392.1:2128777-2128791promoter 内 1267-1281 bp + 2720 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 2121637-2126057(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCGCCGCCGACAACG
SmilChr01G001625 Chr01 NC_080387.1:30334778-30334792promoter 内 370-384 bp - 3617 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 30329325-30331161(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGGCGTCGGTGGCAG
SmilChr03G004671 Chr03 NC_080389.1:64166484-64166498promoter 内 3926-3940 bp + 61 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 64166559-64168856(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGTTGTCGGTGGCGA
SmilChr03G004670 Chr03 NC_080389.1:64166484-64166498promoter 内 3782-3796 bp + 205 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 64163545-64166279(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCGCCACCGACAACA
SmilChr07G002161 Chr07 NC_080393.1:19771432-19771446promoter 内 3078-3092 bp - 909 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 19764494-19770523(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CACCGTCGGTGGCGG
SmilChr06G002956 Chr06 NC_080392.1:42367030-42367044promoter 内 2334-2348 bp - 1653 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 42364787-42365377(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGGTGTCGGTGACGT
SmilChr01G004069 Chr01 NC_080387.1:59111828-59111842promoter 内 2272-2286 bp - 1715 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 59110042-59110113(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGGTGTCGGTGGTGA
SmilChr06G000249 Chr06 NC_080392.1:1652249-1652263promoter 内 1773-1787 bp + 2214 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 1654477-1655494(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GGGTGTCGGTGGCCG
SmilChr04G000583 Chr04 NC_080390.1:6470701-6470715promoter 内 1668-1682 bp + 2319 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 6473034-6479637(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGTTGTCGGCGGCGA
SmilChr01G004070 Chr01 NC_080387.1:59111828-59111842promoter 内 1613-1627 bp - 2374 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 59114216-59116540(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCACCACCGACACCA
SmilChr07G004297 Chr07 NC_080393.1:55566584-55566598promoter 内 1612-1626 bp + 2375 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 55568973-55570577(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGGTGTCGGTGGTGA
SmilChr05G003729 Chr05 NC_080391.1:50390172-50390186promoter 内 1234-1248 bp + 2753 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 50392939-50393877(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGGTGTCGGTGGTGA
SmilChr05G003728 Chr05 NC_080391.1:50390172-50390186promoter 内 1078-1092 bp + 2909 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 50376345-50387263(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCACCACCGACACCA
SmilChr01G001009 Chr01 NC_080387.1:21218184-21218198promoter 内 1824-1838 bp - 2163 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 21220361-21223520(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCACCACCGACGCCT
SmilChr05G002940 Chr05 NC_080391.1:35449634-35449648promoter 内 2025-2039 bp + 1962 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 35451610-35454831(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GGTTGTCGGCGGCGG
SmilChr01G003682 Chr01 NC_080387.1:55217118-55217132promoter 内 1510-1524 bp + 2477 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 55219609-55220499(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ACGTGTCGGTGGTGG
SmilChr04G000707 Chr04 NC_080390.1:8245503-8245517promoter 内 1389-1403 bp + 2598 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 8241816-8242905(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CAGCCACCGACGCCG
SmilChr03G001354 Chr03 NC_080389.1:15905988-15906002promoter 内 1364-1378 bp - 2623 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 15901754-15903365(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGGCGTCGGTGGCTG
SmilChr05G001682 Chr05 NC_080391.1:15968054-15968068promoter 内 1356-1370 bp + 2631 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 15960996-15965423(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTGCCACCGACAATG
SmilChr01G000645 Chr01 NC_080387.1:14436901-14436915promoter 内 963-977 bp - 3024 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 14439939-14443084(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCGCCACCGACAGCA
SmilChr04G000428 Chr04 NC_080390.1:4529478-4529492promoter 内 652-666 bp + 3335 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 4532827-4533537(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGGCGTCGGTGGTGG
SmilChr08G002091 Chr08 NC_080394.1:18803547-18803561promoter 内 269-283 bp + 3718 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 18798638-18799829(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCGCCACCGACAGCA
SmilChr03G001593 Chr03 NC_080389.1:20187336-20187350promoter 内 212-226 bp + 3775 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 20191125-20194405(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGGCGTCGGTGGTGG
SmilChr02G003227 Chr02 NC_080388.1:53530239-53530253promoter 内 56-70 bp + 3931 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 53534184-53541115(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGGCGTCGGTGGTGG
SmilChr04G000138 Chr04 NC_080390.1:1188923-1188937promoter 内 782-796 bp + 3205 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 5 1179164-1185718(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCGCCGCCGACAAGG
SmilChr01G001703 Chr01 NC_080387.1:31470140-31470154promoter 内 757-771 bp - 3230 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 4 31473384-31473543(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCGCCACCGACATCG
SmilChr04G001045 Chr04 NC_080390.1:14873395-14873409promoter 内 3118-3132 bp + 869 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 3 14874278-14875512(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCTTGTCGGTGGCGG
SmilChr05G000936 Chr05 NC_080391.1:7509019-7509033promoter 内 2750-2764 bp - 1237 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 3 7505021-7507782(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GGCTGTCGGTGGTGG
SmilChr06G003017 Chr06 NC_080392.1:43029377-43029391promoter 内 2234-2248 bp - 1753 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 3 43025343-43027624(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GGCTGTCGGTGGTGG
SmilChr03G002334 Chr03 NC_080389.1:36821091-36821105promoter 内 2185-2199 bp - 1802 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 36817041-36819289(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GGCTGTCGGTGGTGG
SmilChr07G001310 Chr07 NC_080393.1:10093795-10093809promoter 内 1775-1789 bp + 2212 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 10096021-10102481(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AATTGTCGGCGGCGG
SmilChr04G002430 Chr04 NC_080390.1:38920611-38920625promoter 内 924-938 bp + 3063 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 38923688-38940900(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCTTGTCGGCGGCGG
SmilChr01G000935 Chr01 NC_080387.1:19832241-19832255promoter 内 909-923 bp - 3078 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 19827940-19829163(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AATTGTCGGCGGCGG
SmilChr04G001347 Chr04 NC_080390.1:21836764-21836778promoter 内 380-394 bp + 3607 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 21829499-21833157(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ACGCCACCGACAACC
SmilChr08G002448 Chr08 NC_080394.1:23298852-23298866promoter 内 52-66 bp - 3935 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 23287348-23294917(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGATGTCGGTGGCGA
SmilChr02G003007 Chr02 NC_080388.1:50703803-50703817promoter 内 3620-3634 bp - 367 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 50704184-50705021(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCGCCGCCGACAATT
SmilChr05G003155 Chr05 NC_080391.1:40301982-40301996promoter 内 3505-3519 bp + 482 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 40302478-40305271(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AATTGTCGGCGGCGG
SmilChr03G003167 Chr03 NC_080389.1:49033605-49033619promoter 内 3425-3439 bp + 562 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 49027296-49033043(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCACCACCGACAAGG