转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004408; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011278-RA_Salv SmilChr08G004408 MYB XP_057780613.1 MP00114 AAGTTGGTAGGTGAG

可能结合的靶基因

9897 个结合位点 8151 个候选靶基因 第 42 / 164 下载 TSV

上一页 42 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G003745 Chr04 NC_080390.1:53746231-53746245promoter 内 2478-2492 bp - 1509 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 53747754-53748552(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCAACTACCAACTC
SmilChr07G000312 Chr07 NC_080393.1:2090210-2090224promoter 内 2478-2492 bp - 1509 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 2091733-2097108(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACCTACAG
SmilChr07G002060 Chr07 NC_080393.1:18744851-18744865promoter 内 2445-2459 bp + 1542 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 18746407-18751276(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAATTAGTAGGTGGA
SmilChr07G001009 Chr07 NC_080393.1:7345449-7345463promoter 内 2283-2297 bp - 1704 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 7341748-7343745(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGTTGGGTAGGTGCA
SmilChr01G001940 Chr01 NC_080387.1:34608022-34608036promoter 内 1606-1620 bp + 2381 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 34587467-34605641(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CATACCTACCACACA
SmilChr06G002900 Chr06 NC_080392.1:41823326-41823340promoter 内 1486-1500 bp + 2501 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 41817754-41820825(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTCACCTACCATATA
SmilChr03G001910 Chr03 NC_080389.1:26733022-26733036promoter 内 1459-1473 bp - 2528 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 26735564-26736589(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTAACAATCT
SmilChr04G000561 Chr04 NC_080390.1:6269475-6269489promoter 内 1135-1149 bp - 2852 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 6264319-6266623(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGAAAGGTAGGTGAC
SmilChr01G005042 Chr01 NC_080387.1:68354043-68354057promoter 内 639-653 bp + 3348 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 68343649-68350695(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCATGGC
SmilChr02G004002 Chr02 NC_080388.1:62347906-62347920promoter 内 409-423 bp - 3578 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 62351498-62356060(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACCCAACC
SmilChr08G000118 Chr08 NC_080394.1:729902-729916promoter 内 230-244 bp + 3757 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 733673-737831(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAGAAAGTAGGTGGA
SmilChr02G004000 Chr02 NC_080388.1:62347906-62347920promoter 内 113-127 bp - 3874 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 62339553-62344032(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGTTGGGTAGGTGGT
SmilChr01G004915 Chr01 NC_080387.1:67180077-67180091promoter 内 3967-3981 bp - 20 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 67180111-67184533(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTTACCTACCCGCCT
SmilChr05G000330 Chr05 NC_080391.1:2466145-2466159promoter 内 3947-3961 bp - 40 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 2463531-2466105(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGGAAGTTAGGTGAG
SmilChr03G002158 Chr03 NC_080389.1:33605706-33605720promoter 内 3635-3649 bp - 352 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 33606072-33607171(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACACCTACCGACCC
SmilChr04G004186 Chr04 NC_080390.1:56419531-56419545promoter 内 3610-3624 bp - 377 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 56419922-56426708(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACTCTCCC
SmilChr01G000584 Chr01 NC_080387.1:12601778-12601792promoter 内 3595-3609 bp + 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 12599471-12601386(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTACCAACCAACTT
SmilChr04G003750 Chr04 NC_080390.1:53780779-53780793promoter 内 3491-3505 bp + 496 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 53781289-53789135(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCGCAGGTAGGTGGA
SmilChr08G002265 Chr08 NC_080394.1:20910236-20910250promoter 内 3438-3452 bp - 549 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 20910799-20913071(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTCTCAA
SmilChr06G000682 Chr06 NC_080392.1:6043424-6043438promoter 内 3364-3378 bp - 623 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 6035134-6042801(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATGTGAGTAGGTGGA
SmilChr04G004037 Chr04 NC_080390.1:55609037-55609051promoter 内 3205-3219 bp - 782 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 55605554-55608255(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTTAAGGTAGGTAAG
SmilChr06G002792 Chr06 NC_080392.1:40619043-40619057promoter 内 3098-3112 bp - 889 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 40616940-40618154(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATAAGGGTAGGTAGG
SmilChr02G004412 Chr02 NC_080388.1:66461864-66461878promoter 内 3028-3042 bp - 959 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 66454537-66460905(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTCAGGTAGGTAGG
SmilChr01G002360 Chr01 NC_080387.1:40771355-40771369promoter 内 2991-3005 bp + 996 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 40764308-40770359(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACTAACAA
SmilChr08G000013 Chr08 NC_080394.1:117536-117550promoter 内 2970-2984 bp - 1017 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 112386-116519(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTTTGAGTAGGTGGG
SmilChr05G000135 Chr05 NC_080391.1:1094911-1094925promoter 内 2854-2868 bp + 1133 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 1087293-1093778(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACTACAGT
SmilChr07G004347 Chr07 NC_080393.1:56013700-56013714promoter 内 2789-2803 bp - 1198 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 56008962-56012502(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTATAGGTAGGTAGA
SmilChr05G000248 Chr05 NC_080391.1:1899587-1899601promoter 内 2647-2661 bp - 1340 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 1894098-1898247(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTGTAGGTAGGTTGA
SmilChr08G001486 Chr08 NC_080394.1:11970666-11970680promoter 内 2624-2638 bp + 1363 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 11963684-11969303(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTCTCGC
SmilChr07G004341 Chr07 NC_080393.1:55957448-55957462promoter 内 2517-2531 bp + 1470 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 55958932-55962513(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTATAGGTAGGTAGA
SmilChr05G002294 Chr05 NC_080391.1:24772785-24772799promoter 内 2471-2485 bp + 1516 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 24774315-24776394(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCGAGGTAGGTGGC
SmilChr01G001039 Chr01 NC_080387.1:21638851-21638865promoter 内 2371-2385 bp + 1616 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 21635892-21637235(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACTTTCTT
SmilChr02G001624 Chr02 NC_080388.1:30168229-30168243promoter 内 2279-2293 bp + 1708 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 30169951-30171198(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAAATGGTAGGTTGG
SmilChr01G004643 Chr01 NC_080387.1:64462731-64462745promoter 内 2254-2268 bp - 1733 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 64464478-64469989(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACCCTCAC
SmilChr05G000448 Chr05 NC_080391.1:3400640-3400654promoter 内 2037-2051 bp - 1950 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 3402604-3405141(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCAACCTACCCCTCT
SmilChr03G004555 Chr03 NC_080389.1:63520817-63520831promoter 内 1923-1937 bp - 2064 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 63516613-63518753(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAGTAGGTAGGTTGA
SmilChr05G000447 Chr05 NC_080391.1:3400640-3400654promoter 内 1776-1790 bp - 2211 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 3394795-3398429(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGAGGGGTAGGTTGG
SmilChr04G000804 Chr04 NC_080390.1:9901230-9901244promoter 内 1750-1764 bp - 2237 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 9895308-9898993(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGTGTGGTAGGTATG
SmilChr08G001975 Chr08 NC_080394.1:17435683-17435697promoter 内 1637-1651 bp - 2350 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 17438047-17441581(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTACCTACCAATAT
SmilChr05G003222 Chr05 NC_080391.1:41383695-41383709promoter 内 1596-1610 bp - 2391 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 41374855-41381304(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTGTTAGTAGGTGAA
SmilChr02G001459 Chr02 NC_080388.1:27290423-27290437promoter 内 1534-1548 bp + 2453 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 27292890-27294003(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GATCAGGTAGGTGAA
SmilChr02G001463 Chr02 NC_080388.1:27324093-27324107promoter 内 1534-1548 bp + 2453 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 27326560-27327765(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GATCAGGTAGGTGAA
SmilChr04G004182 Chr04 NC_080390.1:56398541-56398555promoter 内 1455-1469 bp + 2532 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 56394557-56396009(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CATACCTACCACACA
SmilChr03G003404 Chr03 NC_080389.1:52403607-52403621promoter 内 1394-1408 bp - 2593 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 52406214-52406799(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACCTTCAA
SmilChr06G002793 Chr06 NC_080392.1:40619043-40619057promoter 内 1374-1388 bp - 2613 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 40621670-40623770(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCTACCTACCCTTAT
SmilChr02G000927 Chr02 NC_080388.1:16132962-16132976promoter 内 1212-1226 bp - 2775 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 16127729-16130187(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGGTTGGTAGGTTTG
SmilChr03G004222 Chr03 NC_080389.1:60780397-60780411promoter 内 1066-1080 bp - 2921 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 60783332-60786462(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTACCTACCAATAT
SmilChr07G001708 Chr07 NC_080393.1:14478776-14478790promoter 内 972-986 bp - 3015 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 14481805-14482596(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATCACCTACCACTTT
SmilChr03G003405 Chr03 NC_080389.1:52403607-52403621promoter 内 636-650 bp - 3351 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 52406972-52407911(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACCTTCAA
SmilChr01G004415 Chr01 NC_080387.1:62294840-62294854promoter 内 554-568 bp + 3433 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 62298287-62300829(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAGTTGGTTGGTAAA